早在1640年，衛拉特各部曾與喀爾喀部達成盟約，製定《蒙古衛拉特法典》，以共同對付咄咄逼人的滿洲。在清軍銳不可當的進軍之下，喀爾喀部最終選擇了臣服，被納入了天朝的朝貢體係。每年喀爾喀部須進“九白年貢”，即每年入貢一匹白駝，八匹白馬。雖臣服於清廷，但喀爾喀內部也彼此爭鬥，內訌不已，這為噶爾丹的幹預提供了機會。
對於準噶爾攻擊喀爾喀，清廷最初以調停為主，不想過多卷入。清廷的本意是由達賴出麵加以調停，不想五世達賴去世，之後的第巴桑結嘉措又全力支持噶爾丹的爭雄大業。
噶爾丹兵強馬壯，咄咄逼人，貌似不可抵擋，但在部落之中卻麵臨著雄才大略的侄子策妄阿拉布坦的威脅。
策妄阿拉布坦是噶爾丹的親侄子，其父僧格被殺時年方四歲，與母親依附於噶爾丹，直至成年。十三歲時，策妄阿拉布坦就追隨叔父噶爾丹，參與了一係列對外的征服戰事，戰功卓著。隨著時間的推移，噶爾丹發現侄兒成了自己最大的威脅。盡管噶爾丹創立了準噶爾汗國，依照蒙古部傳統，在策妄阿拉布坦成人之後，噶爾丹就該將汗位交還給侄兒。而立誌於創設政教（喇嘛教—蒙古帝國）合一大帝國的噶爾丹，怎肯拱手讓出汗位。
康熙二十八年（1689），噶爾丹派出刺客，準備殺掉二十三歲的侄子策妄阿拉布坦。在行刺的當夜，策妄阿拉布坦恰好不在大帳內，弟弟索諾木拉布坦被殺掉。策妄阿拉布坦發現情況不妙後，帶了七名父親僧格的舊臣及五千名部下，迅速逃回父親僧格的領地博羅塔拉。博羅塔拉在今天的烏魯木齊與伊犁之間，水草豐盛，土地肥沃，是塊極好的遊牧地。
噶爾丹得知侄子逃跑後，立刻帶兵追擊。策妄阿拉布坦此時得到僧格舊部的全力支持，反而擊敗噶爾丹，控製了準噶爾部本部領地。噶爾丹的雄心壯誌，屢屢征戰，想創建政教合一帝國的夢想，在準噶爾內部招到很多人的反對。所以當具有汗位繼承權的策妄阿拉布坦起來對抗噶爾丹後，很快得到了有力支持。
在失去本部後，噶爾丹全力南下，發動了對大清的戰爭，以獲得領地和物資補給。康熙二十九年（1690），噶爾丹狂驅直入，進至烏蘭布通（今內蒙古翁牛特旗西南），此地距離北京不過七百裏。整個京師一片恐慌，物價暴漲，民眾紛紛出逃。戰事的順利，也使噶爾丹擺脫了與侄子戰事中失敗的陰影。噶爾丹豪情萬丈，策馬揚鞭，以草原霸主的氣勢，向康熙發出了“聖上君南方，我長北方”的挑戰。
在烏蘭布通，噶爾丹以兩萬軍隊迎戰清軍。噶爾丹指揮軍隊，事先占據山險，依河布陣。清軍以密集隊形衝鋒，遭到重大傷亡，康熙的舅舅佟國綱也死於是役。但在後世文人的筆下，清軍取得了輝煌的勝利，噶爾丹不得不求和後退。
實際情況是，軍事上取勝之後，噶爾丹憂慮孤軍深入，會被清軍合圍，遂向清軍統帥福全提出停戰議和。
福全沒有看穿噶爾丹的意圖，且噶爾丹主動提出議和，為福全提供了一個向康熙吹噓勝績的資本，於是欣然同意。在歸途之中噶爾丹全軍遭遇瘟疫，軍力幾乎損失殆盡，不得不與清廷保持和平，暫時偃旗息鼓，休養生息。休養數年，得到了西藏宗教集團的鼎力支持，噶爾丹恢複了軍力，又開始出擊，目標仍是喀爾喀蒙古。康熙三十四年（1695），噶爾丹再次入侵喀爾喀。
但此時情況已發生變化，早在四年之前，喀爾喀部的領主，雲集在內蒙的諾論諾爾，宣誓屬於清王朝，自此喀爾喀成為大清領土的一部分。此次噶爾丹對喀爾喀的進攻，等同於對大清的直接宣戰。
準噶爾部的威脅，邊陲的無限紛擾，雄心萬丈的噶爾丹，終於引發了康熙的三次親征噶爾丹。
康熙三十五年（1696）二月三十日，康熙下令兵分三路，討伐噶爾丹。中路軍由康熙親自統帥，直指克魯倫河。西路軍由費揚古統帥，分寧夏、歸化兩路，以截斷噶爾丹退路，東路由黑龍江將軍薩布素統帥。此戰共動員軍力十五萬人，每名士兵準備了八十天的口糧，動員馬匹在二十二萬匹以上。康熙的親征，也得到了策妄阿拉布坦的支持。策妄阿拉布坦向康熙表示，如果噶爾丹“逼近我土，必竭力擒剿”。
行軍途中，康熙下令東路軍暫停前進，在水草豐盛之處喂養馬匹，等候命令。中路軍一路行軍順利，很快抵達目的地克魯倫河，等待西路軍截斷噶爾丹退路。康熙親自登上高山，以望遠鏡極目遠眺，大山縱橫，草原連綿，雄兵密陳，甲胄如林，他現在所等待的就是西路軍切斷噶爾丹後路，與噶爾丹做最後交戰。