西路軍經過的路線，多是苦寒貧瘠之地，行軍困難。經曆諸多風險，西路軍在行軍七十七天後，最終有一萬七千人到達目的地昭莫多，切斷了噶爾丹的退路。
噶爾丹得知康熙親征消息後，帶領全軍快速撤退，他想以空間換時間。在廣闊的草原之上，來去縱橫，自由翱翔的隻能是準噶爾的健騎。拖上一個月，清軍後勤補給必然斷絕，萬千雄師，不勞噶爾丹動手，就會餓斃於無邊草原之中。然而，清軍及時地切斷了他的退路，噶爾丹唯一的選擇就是正麵交鋒。
為了衝開退路，噶爾丹與妻子阿奴哈敦親自率軍衝鋒。看著噶爾丹揮刀血戰，準噶爾的將士們無不賣力，這不單單是為了噶爾丹，為了自己，更是為了隨軍出戰的婦孺們。戰至傍晚時，清軍突襲噶爾丹軍後方的輜重和婦孺。婦孺們的哭喊聲，輜重裏彌漫而起的煙塵，頓時動搖了噶爾丹軍殊死決戰之心，於是全軍大敗，主力損失殆盡。噶爾丹帶了數十人拚死衝出包圍，妻子阿奴哈敦也戰死於此。
康熙與噶爾丹兩個霸主的交鋒，也使此場戰役受到西方世界的矚目。跟隨康熙出征的法國傳教士張誠，戰後將戰況發往歐洲，刊登在法國報紙上，讓歐洲人也得以了解了此次戰役。
此戰清軍雖獲大勝，但噶爾丹仍然潛逃。噶爾丹在準噶爾人心中具有崇高的宗教地位，隻要他不死，必然會再次崛起，帶領著虎狼般的健兒們騎馬南下，挑戰康熙。
康熙視噶爾丹為心腹之患，下定決心加以鏟除。此年康熙第二次出塞，親征噶爾丹。此次親征曆時九十一天，未能擒獲噶爾丹。康熙三十六年（1697）二月，康熙發動了第三次親征噶爾丹，在塞外尋覓良久，終未獲得噶爾丹蹤跡。
就在此年的三月十三日，五十四歲的噶爾丹病逝。噶爾丹是一個傳奇人物，他本來也可成為成吉思汗這樣的征服者，被後世傳誦。隻是他碰上了國力鼎盛，又秉承了白山黑水之間騎射雄風的康熙，隻能黯然謝幕。法國傳教士張誠在他的日記裏曾說過，如果噶爾丹不是遇上了英武過人的康熙，不是雄才大略的侄兒策妄阿拉布坦的叛離，等待他的也許將是另一個命運，世界曆史也將是另外一個寫法。
噶爾丹死後，遺體當日即被火化。部下準備將骨灰送去西藏交給六世達賴，不想被策妄阿拉布坦截獲。此後，清廷一再要求策妄阿拉布坦將噶爾丹骨灰和後人交出。策妄阿拉布坦將噶爾丹的兒子交給了清廷，但拒絕交出骨灰和噶爾丹的女兒，因為這與準噶爾部的風俗不合。依照準噶爾風俗，如果與已死人的骨灰及其女兒為仇，將為世人所不齒。
清廷以斷絕關係、停止貿易相威脅，策妄阿拉布坦不得不交出了噶爾丹的骨灰及女兒，但對清廷的不滿已經滋生。
康熙三十七年（1698）九月十二日，噶爾丹的骨灰送抵北京，被高高懸掛於城門上示眾，隨後骨灰被搗碎撒在刑場上。康熙視噶爾丹為最大敵人，三次出塞未能將之擒獲，隻能以此種方式宣示自己的勝利。噶爾丹的小兒子色卜騰巴爾珠爾被擒獲後移送北京，因為年齡還小，被拘禁起來待成年後再斬首。這小廝在監獄裏無憂無慮，貪吃貪玩，養的白白胖胖，“自到京城，從未患病。”康熙知道後說他是“候斬之人，自有候斬之福。”後來康熙也沒有處死色卜騰巴爾珠爾，讓他做了個侍衛。
1698年，策妄阿拉布坦正式成為準噶爾大汗。康熙以為由他把持準噶爾，斷不會造成威脅。策妄阿拉布坦表麵上對清朝恭順進貢，暗中發展實力，擴充吞並了哈薩克各部。準噶爾的左翼是喀爾喀，右翼是西藏，康熙三次親征，不過將準噶爾部趕回阿爾泰山以西，但準噶爾仍然持續對喀爾喀用兵，並待機幹預西藏事務。
自噶爾丹死後，第巴桑結嘉措失去了同盟者，與拉藏汗的關係也開始惡化。第巴桑結嘉措千方百計對拉藏汗進行排斥打擊，甚至買通侍衛，想毒死拉藏汗。拉藏汗發覺後，動員兵力，於康熙四十四年（1705）攻殺第巴桑結嘉措，廢倉央嘉措，另立伊喜嘉措為六世達賴喇嘛。
拉藏汗的行動遭到了拉薩城內喇嘛們的痛恨，聚集起來要保護倉央嘉措。為了避免喇嘛們的傷亡，倉央嘉措自願受縛，並被解往北京，途中死在青海湖附近。倉央嘉措生性浪漫，寫下了大量情詩，有“情僧”之稱，若不卷入政治鬥爭，必在文壇留下更多妙筆。
倉央嘉措被廢後，青海的藏人與蒙古和碩特部貴族對拉藏汗新立的達賴拒絕接受，又在青海塔爾寺另立噶桑嘉措為達賴。這樣，同時出現了兩個六世達賴。一些第巴桑結嘉措的餘部此時投奔策妄阿拉布坦，並請他入藏幹預達賴喇嘛之爭。策妄阿拉布坦的介入，使得局麵更加複雜，而準噶爾部與清廷之間維係了二十年的和平局麵也被打破。