雍正登基之後，培養親信大臣，打擊朋黨，整頓吏治，集中皇權，又在思想領域打擊異端，爭奪輿論陣地，宣傳清廷統治的合法性。在此係列過程中，雍正已開始構思創設一個政治機構，這個政治機構專屬於皇帝，由皇帝任命，唯皇帝是從。這個政治機構效率極高，又具備保密性，但卻沒有專屬府衙，也沒有專門官吏。它既能滿足皇帝集權的需要，又能高效地處理軍政，控製思想，預防朋黨。
雍正七年，帶著這個機構的藍圖，雍正一手創設了影響清國國運，主持清國大政一百八十三年的軍機處。
創設契機：征戰準噶爾
王朝內持續不斷的的朋黨之亂，各地湧現的反清思潮，刺激了雍正的權力控製欲，而對準噶爾部的用兵，則直接導致了軍機處的產生。
有清一代，對於天下大勢有著清晰的主線，即要經略中原，就要聯盟蒙古各部；要得到蒙古支持，就要控製住藏傳佛教；要控製藏傳佛教，則須保持對西藏的影響力。
清初，西藏一直處於蒙古和碩特部的控製之下，與清廷關係和睦，彼此相安無事，直到準噶爾人出來爭雄。
準噶爾（又稱綽羅斯）部本是蒙古四衛拉特（準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特）的一部，在曆史上四衛拉特分化演變，彼此爭雄（衛拉特在明代音變稱為瓦剌）。至17世紀，由於內部人口壓力，土爾扈特部轉向伏爾加河流域發展，和碩特部則向青海、西藏發展。此時藏傳佛教內部的爭執，也為和碩特部的發展提供了契機。
藏傳佛教的噶舉派，麵臨著新崛起的格魯派的挑戰。在藏語中，“噶舉”中的“噶”字本意指口，而“舉”字則意為傳，“噶舉派”即口傳宗派。噶舉派僧人的僧裙中加有白色條紋，又稱“白教”。噶舉派開創於宋朝，在明代盛極一時。明代，青海藏人宗喀巴進西藏大雪山修行，破關而出後創立格魯派，喇嘛均戴黃帽，故稱“黃教”。至清代，噶舉派與格魯派鬥爭激烈，噶舉派得到了西藏與青海等地方勢力的支持，反對以達賴為領袖的格魯派。
格魯派在1635年派出“溫薩活佛”向蒙古和碩特部求援。和碩特部遂進入青海，以支持格魯派。在擊敗西藏、青海地方勢力的軍隊之後，和碩特領袖顧實汗發現青海水草豐美，土地廣袤，遂決意將部落的大部分人口遷至青海，由此也奠定了和碩特部對青海、西藏的控製權。
到了康熙二十一年（1682），五世達賴去世，權勢人物第巴桑結嘉措立倉央嘉措為六世達賴，又聯合準噶爾汗噶爾丹，驅逐和碩特部。準噶爾入藏幹涉宗教衝突，也導致了清廷出兵幹涉。此後，與準噶爾的戰事，經曆了康、雍、乾三代帝王，持續了將近百年。
噶爾丹本來是沒有機會走上曆史前台的，隻是1670年，噶爾丹的哥哥，準噶爾的首領僧格，被同父異母兄弟車臣台吉、卓圖巴巴圖爾謀殺。正在西藏當喇嘛的噶爾丹還俗，在達賴喇嘛和僧格舊部的支持下，平息了內亂（噶爾丹取自藏文甘丹，意彌勒菩薩的兜率天）。此後，在噶爾丹領導下，準噶爾部日漸強盛，以伊犁為中心，縱橫天山南北，控製著中亞的遼闊地域。此時清廷正忙於平定三藩之亂，對準噶爾的崛起與擴張，暫時無暇顧及。
噶爾丹是個魅力型的人物，身材高大，長相威武。他十三歲時前往西藏，跟隨四世班禪學經。四世班禪圓寂後，又轉到五世達賴門下學經，深得五世達賴喜愛，並被認定是“溫薩活佛”的轉世。“溫薩活佛”是第四世班禪的師傅，曾在衛拉特各部傳教，直接推動了1640年衛拉特四部的會盟，在蒙古各部影響深遠。
噶爾丹被認定是“溫薩活佛”的轉世，無疑增加了他的政治與宗教影響力。在蒙古衛拉特地區，噶爾丹被視為“神”。當他剛返回準噶爾部時，“眾人審視驚喜，下馬羅拜為神。”在平息內亂的戰事中，噶爾丹親自衝鋒陷陣，“入其軍，莫敢當，皆大驚以為神，棄其弓，下馬趨拜降。”
既是宗教地位最高，知識最淵博的活佛，又是僧格的弟弟，且神武過人，諸多條件合於一身，噶爾丹得到萬眾膜拜，一呼百應。噶爾丹迅速平息內亂，進而統一了衛拉特各部。
在噶爾丹領導下，準噶爾部崛起於中亞。1678年，噶爾丹統一衛拉特各部，建立準噶爾汗國。此後，噶爾丹又將勢力延伸至天山南路，並向中亞積極擴充，而喀爾喀蒙古部也成為了準噶爾吞並的對象。