但官僚體係一旦形成，即成為一個客觀的存在，它有著自己發展運行的軌道，不完全依君主的主觀意願而存廢，它是皇權進行統治不可或缺的工具。以整個官僚體係的中心宰相為例，在所有的官職中，宰相的變化最多，這是由於君主既需要宰相幫助辦理政事，又擔心宰相的權位過重，危及自身的權力。
朱元璋廢除過相權，但最後不得不以四輔官製代替。明成祖時，因為政務繁忙，選了七人入值文淵閣，幫助皇帝處理政務，在此基礎上，內閣發展出來。初期的內閣並無公開身份，內閣成員品秩不過五品，被視作是皇帝的顧問和機要秘書。
內閣出現後，其地位日益重要，皇帝的詔書諭旨，無不出於內閣之手。此後內閣的品秩也被提高，內閣大學士開始兼各部尚書銜，權勢日重。在內閣製度成熟定型後，內閣首輔的地位相當於宰相。朱元璋絞盡腦汁想除去的相權再次出現，且權力日益增強，並在一定程度上分散了皇權。
而內閣對皇權的分散，則來自“票擬權”。
明代各級官吏遞交給皇帝的公文，首先要送到內閣，由內閣用墨筆在紙條上先擬旨，然後貼在公文上交給皇帝審定。皇帝如果同意，就用朱筆批改，即“批朱”。一般而言，皇帝都是“照閣批朱”。皇帝對 “批朱”這樣的差事感到膩煩，於是設立了司禮監秉筆太監來幫助自己“批朱”。這樣，隻要內閣擺平太監，雙方合作，也就能操作一切政務，這也是明代太監得以弄權的一個重要原因。內閣權勢一大，也出現了如張居正、嚴嵩這樣的權臣。
之所以曆代帝王不能清除掉相權，因為中國是一個依賴於文官和文書統治的國家，再天才橫溢的皇帝，一個人也無法處理繁重如山的政務，批閱無盡的文書。皇權與相權之間，彼此存在著互為利用的關係。在一定的曆史時期，皇權來不及集中權力，造成相權的膨脹，而引發皇權與相權之爭。曆史上，相權命運多舛，名字多變，最後變化的隻是稱謂，相權仍然是君主統治中的不可或缺的一環。
集中了皇權，苦的是皇帝；分散權力給內閣，皇帝卻不高興。在皇權與相權上，清代多有變化，總的趨勢是在抑製相權的同時，創設其他機構，以提高軍政效率，保證皇權集中。
努爾哈赤初定國政時，有五大臣議政，即費英東、何和裏、扈爾漢、額亦都、安費揚古五人。皇太極時期，設立議政王大臣會議（又稱“議政處”），權勢極重，“軍國重務，不由內閣票發者，皆交議政大臣。”
同時皇太極借鑒明朝的政治機構，設立了內閣與六部，但議政王大臣會議的權勢淩駕內閣之上，相權不複再有明代之勢。
議政王大臣會議，是清廷“會議國家機要事宜”的機關。議政王大臣最初是武職，以適應滿清入關時的戰爭需要。到滿清入關之後，開始重視“文治”，相應地文官增多。議政王大臣會議始終為滿洲貴族所壟斷，人數變化較大，最多時達五十人，康熙朝保持在二十人左右，雍正朝軍機處設立後則寥寥無幾。
對用人行政，軍國大事，議政王會議有議論權，無決定權，最後的決定權在皇帝手中。但議政王大臣會議也對皇帝形成了一定的製約，並對皇帝的決策產生影響。皇帝如果得不到議政王大臣會議的支持，其政務也難推行。
康熙年間，為消除議政王大臣會議的影響，康熙於1677年設立南書房，與議政王會議、內閣三足鼎立。南書房設在乾清宮西南，本意是讓翰林院的官員在此間陪皇帝研究學問，吟詩作對。陪伴皇帝，自然得挑選才學優異者入值，這些人稱“南書房行走”。
康熙所挑選的都是當世之名士，如王士禎、查慎行、高士奇、方苞、沈荃等。除了名氣與才華之外，康熙還要親自麵試入選者，以判斷是否可用。如張英入宮麵試時表現上乘，康熙極為滿意，當即入選南書房。由於漢人讀書好，學問高，自然入南書房的占據多數。
招了一批才華橫溢的人在身邊，康熙就讓南書房根據自己的意思起草各類詔令，擬寫諭旨，這樣南書房得以幹預政務。在南書房重要性日益提高的情況下，其工作人員的選擇標準開始提高，也更注意保密性，南書房漸漸地成為了皇帝的禦用秘書機構。南書房這個地方，除了康熙及工作人員之外，絕無外人可到，極其機秘。工作人員也都“慎密恪勤”，注意保密。
總體說來，南書房分散了議政王會議和內閣的權力，而因其形式靈活，依附於皇帝，可控性強，保密性佳等特點，使它備受康熙青睞，也為軍機處的成立提供了雛形。