1666年9月2日，一場倫敦曆史上最嚴重的大火吞噬了整個城市。大火洗劫後，倫敦的80%地區變為廢墟，90%的倫敦住房被燒毀，大約有10～20萬人無家可歸。雖然在大火中喪生的人隻有6名，但眾多的人卻經受了大火帶來的饑餓，疾病和其他困苦。
1666年9月2日，一場大火吞噬了倫敦，使剛從大瘟疫中掙紮過來的倫敦人又經曆了一場大火的襲擊。大火是從倫敦橋附近的皇家麵包房引起的。9月1日是星期六。晚上10點，皇家麵包師托馬斯·法裏諾如同往常一樣壓培好麵包爐中的火，檢查了一下四周，然後滿意地休息去了。9月2日淩晨2點，法裏諾的幫手突然從夢中驚醒，發現屋子裏充滿了濃煙。他急忙跳下床來朝麵包烤房跑去，可火焰已吞沒了麵包烤房。他急忙叫醒法裏諾一家。由於整個底樓被大火吞噬，法裏諾與其家屬不得不從樓上窗戶爬出，通過房頂逃向鄰居的房子。法裏諾的女仆驚恐萬分，一下子癱倒在地，被熊熊大火燒死。
剛開始時火勢發展得不快。法裏諾的麵包房整整燒了1小時，火苗才開始舔舐鄰居的房屋。盡管東北風勁吹，麵包房周圍緊挨著一堆搖搖晃晃的瀝青覆蓋的木板房屋，可從當時的火情看來，這場火災與經常發生的無數的貧民區火災沒有多大區別，用不了多少力量就可撲滅。
幾乎同時，以寫日記而聞名的英國文學家兼海軍行政長官佩皮斯也被其女仆喚醒，說是城裏著火了。佩皮斯趄窗外望去，認為這火算不了什麼，於是重新躺回床上睡覺。不多久，火勢向泰晤士大街蔓延。突然之間火勢如脫韁之馬，難以控製。地方消防人員單憑著皮革水桶和手壓水泵滅火，在無情的烈火麵前如杯水車薪，毫無效果。早晨8點，倫敦橋腳下的聖馬格努斯教堂已處於一片火海之中。一旦教堂燒毀，倫敦橋便岌岌可危了。
風越吹越猛，火愈燒愈旺。人們雖然已放棄了救火的希望，卻竭力地想搶救可能得到的財產。佩皮斯決定親自去懷特豪爾王宮，向國王稟告火情。到達王宮後佩皮斯不僅彙報了自己的所見所聞，而且建議國王命令立即拆毀一些房屋，否則火勢無法控製。查理二世聽完彙報後，要求佩皮斯立即奔向市政府，命令市長不惜損失任何民房以阻止火勢蔓延。
此時，倫敦市長已經下了命令，要求民兵拆除房屋，擴大防火帶。可是這一工作受到了房主的阻撓。除非該建築已麵臨毀滅，不然房主極不願意讓手持斧和火鉤的民兵拆毀自己的房屋。但到那時卻已為時過晚，火勢蔓延的速度已大大超過房屋拆遷的速度。當佩皮斯帶著國王的命令坐馬車找到市長時，市長驚呼道：“天哪，我還能做什麼？我能辦到的事都試過了，但人們已不聽我的了。房子是在拆除，可火比我們跑得快得多。”
星期一上午，全震已有1/6的地區陷入火海之中。火勢逐漸向西蔓延，侵入倫敦富人住宅區。也許直到這時，倫敦人才真正意識到大火將造成多大的損失，倫敦郵局被毀，官方的《倫敦公報》出完星期一版後，被迫停刊。倫敦城中謠言四起，外國特務陰謀縱火的傳說不脛而走。查理二世也認識到了這一嚴峻局勢，命令約克公爵取代倫敦市長負責組織滅火工作。火區周圍很快就建立了7個滅火哨，每個哨位布置了30個軍人和100多平民。整個星期一，公爵一直與這些哨所的人們戰鬥在一起，就連國王本人也幾次親臨火場，指揮滅火。但這一切努力卻收效甚微。到半夜時，大火向西北方向蔓延，覆蓋了比24小時以前大4倍的地區。在被燒毀的建築中還包括倫敦商人進行外貿交易的古老的皇家證券交易所。