當大火燒向倫敦塔時，人們不得不用炸藥炸毀房屋以開辟隔火帶。這一想法實際上在星期日就有人提出過，但由於它太危險了，未被采納，直到大火逼向倫敦塔時，人們才不得已采用這一方式，以保全倫敦塔和海軍部。
在城市其他區域，火勢有增無減。下午8時，英國最大的教堂聖保羅大教堂被大火圍住。起初，人們相信聖保羅大教堂能挺住大火的襲擊。因為它周圍是高大的石牆，上方是鉛包房頂，再加上其寬敞的庭院，雖說會遭受一點損失，但不至於被大火燒毀。然而人們沒有估計到風的強度。強烈的風把劈啪直響的火星送上了教堂的屋頂，點燃了一些用於堵漏洞的木板，不一會兒，火苗向下，燃著了教堂的木梁，整個大教堂一下子變成了一個巨大的焚場，火焰衝天，大火燒炸了巨大石塊，火紅的石塊如同手榴彈一般散向四方，整個房頂被烈火熔化。熔化的火紅鉛汁如同陣雨一樣灑向地麵。在聖保羅大教堂的拱頂地下室中有一個稱作聖費斯的小教堂，它是書販行會的教堂。這一行會的成員在此存放著價值20萬英鎊的貨物，其中包括珍貴的莎士比亞劇本全集。一場大火，這些珍貴書籍全都付之一炬了。
星期二深夜，大火開始減弱，最後熄滅。大火洗劫後，倫敦的80%地區變為廢墟。87個教堂、44家行會被火吞噬。除去郵政局、吉爾德廳、皇家證券交易所，大火還燒了海關大樓、約蓋特監獄和眾多的圖書館及醫院。90%的倫敦住房被燒毀，大約有10～20萬人無家可歸。雖然在大火中喪生的人隻有6名，但眾多的人卻經受了大火帶來的饑餓、疾病和其他困苦。
剛剛從瘟疫中爬出來的倫敦人又遭受了一次沉重的打擊。那時英國正與法國和荷蘭交戰，憤怒的英國人自然猜疑大火的起因來自敵國的蓄意破壞。一個瘋狂的法國人偏偏在這時跳出來，自稱大火是他所放，盡管他的自供中充滿了矛盾，但在人們憤怒的情緒下，他還是被定罪，處以絞刑。
17世紀中葉的倫敦街巷狹窄，木板結構的房屋鱗次櫛比，早在12世紀，英國就頒布了建築法令，要求任何房屋的外牆都必須用磚或石塊築成，然而該法令卻一直沒有得到人們的重視。而1666年的夏末，氣候炎熱幹燥，整個倫敦如同一堆幹柴，所有這些都促發了這場倫敦曆史上最大的火災，倫敦人也因此經受了這場大火帶來的深重災難。
但壞事有時也會變成好事，雖然大火造成了一片廢墟，卻也給人們帶來了重建城市的希望。從1667年起，城市嚴格按照建築法令用磚和石塊重建起來。在一片混亂之中，一個較整潔、安全、現代化的新倫敦慢慢地矗立起來。更具有深遠意義的是，第一個火災保險公司開始在倫敦創辦，它不僅保證各家各戶不會再因火災而蒙受巨大的經濟損失，而且建立了一支正規的消防隊伍，隨時準備把火災所受損失控製到最低程度。看來，一場大火不僅僅燒毀了倫敦，更燒醒了人們，使人們認識到防止災害的重要性，這是惟一值得慶幸之處。