馬秀英很仁慈，又愛好書籍，朱元璋的文書都是由她保管的。朱元璋能力出眾，郭子興對他有所懷疑。馬皇後想方設法討好郭子興的妻子，調解雙方的矛盾。朱元璋攻下太平後，馬秀英帶領將士的女眷們縫衣做鞋，還拿出自己的錢財出來犒賞將士。
朱元璋當上皇帝後，馬氏被冊封為皇後。當初朱元璋因為得罪郭子興而被關押了起來，連飯都不讓吃。馬皇後偷了燒餅，揣在懷裏偷偷拿給朱元璋吃，結果燒餅太燙，把她皮膚都燙傷了。軍隊缺糧的時候，她總是把好吃的省下來給朱元璋吃，自己卻經常餓著肚子睡覺。朱元璋經常把這些事拿出來回憶，稱讚馬皇後賢德。
馬皇後管理內宮很辛苦，但一有空就學習古代管理內宮的經驗。宋代出了很多賢明的皇後，她就要求女官把宋代管理內宮的方法記錄下來，讓嬪妃們每天學習。有人說宋朝治國過於寬厚，馬皇後說：“過於寬厚總比過於嚴酷要好吧。”
朱元璋脾氣暴躁，經常生一肚子氣回宮。馬皇後等朱元璋回宮後就婉轉勸導，好幾次讓朱元璋打消了亂殺人的念頭。有人控告參軍郭景祥的兒子要刺殺父親，朱元璋大怒，要把其兒子殺掉。馬皇後說：“郭景祥隻有一個兒子，我怕萬一是誣告的話，郭景祥就沒有後代了。”後來查出果然是誣告。宋濂是太子的老師，他的孫子宋慎被牽連進胡惟庸一案，所以宋濂也要被連坐處死。馬皇後勸說道：“老百姓家請個老師還能以禮相待，更何況皇帝家？再說宋濂早就退休了，他孫子的事他肯定不知道的。”朱元璋正在氣頭上，根本聽不進去。吃晚飯的時候，馬皇後擺出一副悲傷的樣子，也不吃酒肉。朱元璋覺得奇怪，問她是怎麼回事。馬皇後說：“我是在為宋先生祈福。”朱元璋非常感動，第二天就宣布赦免宋濂。吳興富豪沈秀（也就是沈萬三）幫助修築城牆，還請求讓他出錢犒賞軍隊。朱元璋很生氣，說：“一個老百姓竟然要犒賞我的軍隊，簡直是犯上作亂！一定要殺了他！”馬皇後說：“法律是用來懲治不法之徒的，不是用來懲治不祥之物的。一個百姓居然富到能和國家並肩的程度，對他來說當然不是好事。老天爺自然會降災給他，不用陛下操刀了。”朱元璋就沒有殺沈秀，隻把他發配到雲南去了。朱元璋曾經下令讓重罪犯修築城牆，馬皇後說：“罰罪犯做勞役本來沒有什麼不對，但那些囚犯已經很疲憊了，如果還讓他們幹重活的話，我擔心會死很多人。”朱元璋就下令赦免了他們。
有一天，馬皇後問道：“現在天下百姓生活安定嗎？”朱元璋說：“這不是你應該問的事。”馬皇後說：“陛下是天下人的父親，我當然就算天下人的母親了，母親為什麼不能問兒女生活是否安定呢？”遇到災荒之年，馬皇後就帶領宮裏所有人吃素，還準備飯菜救濟災民。馬皇後曾經嚐過朝廷供應給大臣的夥食，覺得不好吃，她就勸皇帝要改善夥食，對賢德之士一定要優厚。有一天朱元璋視察太學回來，馬皇後問有多少學生，回答是幾千人。馬皇後高興地說：“人才這麼多啊！他們每個月有國家發的補助，可他們的妻子兒女又怎麼辦呢？”從此明朝就建立了供應太學生家屬衣食的製度。
馬皇後平時穿得很樸素，衣服很舊了也舍不得換新的。她讓人用絲織成被帳送給老弱孤寡，剩餘的布料和絲她親手縫成衣服賞賜給王妃和公主，讓她們知道養蠶織布的艱難。大臣的妻子進宮拜見的時候，馬皇後對待她們像對待自己親人一樣。
馬皇後的家人很早就失散了，朱元璋幫她找到家人後，打算封他們做官。馬皇後謝絕道：“把官位賜給外戚不是好事。”由於馬皇後的堅持，這事就作罷了，但馬皇後並非不關心家人，每次說起早逝的父母都會淚流滿麵。
洪武十五年（1382年）8月，馬皇後患了重病。她對朱元璋說：“生死有命，即使是祈禱祭祀也沒用的。大夫也不能起死回生，如果吃了藥沒有效果的話，我擔心陛下會為了我而怪罪大夫的。”所以她堅持不吃藥，不久就去世了，享年5l歲。朱元璋悲痛大哭，從此不再立皇後。