按照現代企業會計製度的規定，土地不計提折舊，高校使用的土地也不應計提折舊。但土地作為一種稀缺的資源，高等學校進行教育成本核算時有必要核算其占用成本，隻是在核算時要區分不同情況：第一種情況，即高校有償征用的土地且地上有建築物，其土地成本已分攤計入房屋建築物原值中，土地價值隨同房屋折舊計入高等學校教育成本，不應再計提折舊；第二種情況是有償征用的土地沒有地上建築物，土地價值是單獨入賬的，按照成本費用原則，核算教育成本時，這類土地應按一定的標準單獨計提折舊，其折舊率應低於房屋建築物的折舊率，折舊年限可按照國家現行規定的土地使用年限70年來確定；第三種情況是國家無償劃撥的土地，沒有原值。目前高等學校對這類土地折舊存在兩種看法：其一，無償劃撥的土地，雖屬高等學校的固定資產，但因其未支付成本費用，所以這類土地不應計提折舊，避免計算時虛增教育成本。其二，盡管在財務上土地沒有發生實際費用，在計算實際成本時可不計算其成本，但在核算教育成本時，考慮到教育成本計算的完整全麵及科學性，要對土地價值按照同類土地市場價格進行初步估算，確定虛擬原值計提折舊。
（三）職工住宅的折舊問題
根據國家房改的要求，高校絕大部分職工住宅都已出售給教職工，產權發生了轉移，成為職工個人的商品，理論上不存在折舊問題。但是，按房改政策，出售給職工的售房款收入遠遠低於房屋的價值，因此，無論高校職工住宅產權是否發生轉移，其售房款和房屋價值的差都應作為折舊的基數，計提折舊。
職工住宅應提折舊總額=（房屋價值－售房款收入）×折舊率綜上所述，高等學校在進行教育成本核算時，對固定資產折舊的核算要持謹慎態度，慎重選擇折舊方法，一旦選定，在各期的核算時應保持一致，不能隨意變動。同時，在有關會計報表中將折舊的計提狀況、金額及計提方法等，應予以特別揭示，便於不同高校之間加以比較。
職工住房補貼計入教育成本的問題
按理論上講，職工實際工薪包括直接工資和間接的福利，直接工資通常包括基本工資、獎金、津貼等，間接福利包括帶薪休假、醫療保險、社會保險等。新中國曆史上實行高福利政策，住房采用分配製度，這種福利並不納入職工的工薪範疇。
1991年，國務院提出城鎮住房製度改革的總目標是逐步實現住房商品化，將現行公房的實物分配製度逐步轉變為貨幣工資分配製度。1998年，國務院提出1998年下半年開始停止住房實物分配，逐步實行住房分配貨幣化。同時，全麵推行和不斷完善住房公積金製度。
從理論上說，學校應將對職工的住房補貼計入到教育成本中，在純粹的公積金製度下，學校每年為職工支付的公積金就是這種補貼的具體形式。但由於曆史原因，在陸續推進住房改革的過程中，出現了有的職工享受到了福利分房，有的職工雖然沒有分到住房但得到了貨幣形式的補助，並且在高等學校實際的會計核算中，福利分房不計入成本，發放的貨幣補助也被一次性計入當期支出，從而產生了教育成本核算不準確的問題。從實質上看，無論是福利分房還是貨幣補助，都是對職工曆史上低收入的補償，因此，對於這部分福利住房，應采用現行的重置價值以“攤銷”的方式計入教育成本。
2000年，財政部發布了《財政部關於企業住房製度改革中的有關財務處理問題的通知》，允許企業將按規定為職工繳納的住房公積金計入成本（費用）；將按月發給無房老職工和1999年1月1日以後參加工作的新職工的住房補貼資金，計入成本（費用）；發給1998年12月31日以前參加工作的無房老職工的一次性住房補貼資金，調整年初未分配利潤，並在計算應納稅所得額時予以扣除。
借鑒企業住房改革的做法，高校在核算教育成本中的住房福利費用時，將為職工繳納的住房公積金、按月發放給無房老職工和1999年1月1日以後參加工作的新職工的住房補貼資金，計入教育成本中；對於已經福利分房的職工享受的住房福利費，以職工住宅折舊費的形式計入成本；發給1998年12月31日以前參加工作的無房老職工的一次性住房補貼資金，數額巨大的，根據《高等學校教育培養成本監審辦法》規定，采取按學校教職工平均工作年數（即從參加工作到退休之間的年數，一般可按30年計算）的方法進行分攤，按年度分攤額計入教育成本。
職工養老保險計入教育成本的問題
在我國，由於高等學校一直被劃分為事業單位，因此在相當長的一段時間內，行政機關和事業單位的人員的養老保險，不需個人繳納，而是由財政預算安排資金支付。但是，對於退休人員的退休費用，政府撥款安排的隻是基本的退休費用，高等學校還要對退休人員進行大量的補貼。據統計，北京市高校退休人員的退休收入中，大約一半來自國家撥款，另一半來自學校的補貼。這樣一來，對於那些退休人員較多的曆史悠久的高等學校來說，便形成了一個十分沉重的負擔，傳統養老保險製度存在的弊端越來越突出。