世界上任何事物在其發展中都會遇到一些針對於其自身而言的特殊問題。對於不斷發展中的中國高校而言，在從計劃經濟向市場經濟轉軌的過程中，同樣存在著若幹帶有濃厚曆史痕跡的具有中國特點的特殊問題，而這些問題的解決也成為核算高等學校教育成本的關鍵。
科研支出計入教育成本的問題
從這些統計數據上我們可以看出，高等學校的科研無論是在參與人員、經費及科研成果上都顯示出明顯的攀升趨勢。這也使得高等學校的科研與教學共同成為高等學校最主要的兩項工作。然而，盡管廣大高校教學及科研人員在科研水平提高的同時，其教學水平也會隨之長進，但教學與科研畢竟在服務對象上存在差別，教學工作直接的受益者是學生，而科研工作則有著更為廣泛的目的。因此，對於科研支出是否應計入高等學校教育成本的問題，出現了不同的見解和主張。
對於在進行高等學校教育成本核算時，是否應將科研支出計入高等學校教育成本，在理論界目前主要存在以下兩種不同觀點：一種觀點認為，高等學校教育成本所核算的應該是那些直接為提供高等教育服務所發生的支出，科研支出雖與教育服務有關，但並不是直接發生在提供教育服務上的支出，如果把這部分科研支出也列入教育成本之中，勢必會使教育成本加大，從而導致教育成本的虛增，這對於高等學校教育成本的主要承擔者——學生和政府有失公允，因此不能將其計入高等學校教育成本；另一種觀點則認為，高等學校科研活動是高等教育活動的重要組成部分，並且直接關係到教育服務的質量和水平，學校的教育教學活動可以從科研中獲益，對於那部分使教學活動受益的科研支出應計入教育成本。而如果將這部分科研支出剔除在高等學校教育成本之外，便不能完整地反映高等學校教育服務的全部耗費。
針對上述兩種觀點，普遍認為較為合理的是應將與教學有關的那部分科研支出計入教育成本。這主要是由於高校的科研工作確實對教育教學工作有著重大的影響和促進作用，並且高等學校的教學活動與科研活動之間存在十分緊密的互動關係，這一點在研究型大學中，顯得尤為直接和明顯，具體表現在以下三個方麵：第一，科研活動能夠鍛煉和培養教師。在科研活動中，教師的知識體係得到了不斷更新，通過科研活動，不但加深對相關知識的理解，而且對本學科領域的最前沿的知識及其發展動態也有了相應的了解和把握，進而能夠在自身的教學實踐中引入這些前沿知識，從而使學生能學到更多更先進的前沿性知識。因此，在這一方麵講，可以把科研費看做是一種教學工作中投入的、旨在提高教師教學水平及技能的培訓支出。第二，高校的科研活動水平一定程度上決定了高校的學科建設水平。高水平的大學，一般都會有高水平的學科。而要辦出一流的學科，就必須不斷為這一學科內容增添新的理論和方法。而要達到這一點，就必須進行大量的科學研究，尤其是基礎研究。因此，這方麵的科研支出，就可以被看做是投入到教學工作中的學科建設支出。第三，學生是科研活動的直接受益者。學生在參與科研活動的過程中，不但從中獲取了新知識使自身素質直接得到提高，還增強了自身的實踐力和創造力。因此，這方麵的科研費用，可以看做投入教學工作中的用於培養、鍛煉學生創新能力的學生科技活動創新經費。基於上述，高等學校的科研支出計入高等學校教育成本是合理的也是十分必要的。
解決了是否計入的問題，接下來需要解決的就是如何計入的問題。在具體核算教育成本時，如何將與教學有關的科研支出計入教育成本，是一個很複雜的問題。這主要是因為：第一，教育活動與科研活動往往同時發生，例如研究生導師指導學生做實驗，這本身既是教學工作，同時產生的研究結論也可以作為科研成果；第二，許多科研活動是無形的，比如教師閱讀書籍、整理材料，這種在研究過程中耗費又該如何去認定？解決的方法隻有一種：對各種科研支出予以區別對待。具體方法如下：
1.對於高校承接的文理科博士點基金項目、社科基金項目、軍工項目、科技三項、高技術“863”項目、國家自然科學基金、科技攻關等基礎性研究的縱向科研項目經費支出全部計入高等學校教育成本。
2.高等學校為了進行教育改革而設立的校內教育改革科研項目所發生的支出，由於它的設立與學校所提供高等教育服務直接相關，應當全部計入高等學校教育成本。