按照現行的高等學校會計製度，對於高等學校固定資產的購置支出，在發生的當期，全部列為當期支出處理，同時增加固定資產和固定基金。這種處理方式是以收付實現製為基礎的。而對於高等學校教育成本核算來說，遵循的是權責發生製，對固定資產的購置支出采用的是以折舊的方式，分期計入高等學校教育成本。在核算高等學校教育成本時，將教育事業支出中的固定資產購置支出轉入教育成本核算係統的“固定資產”賬戶，並計入相應的明細賬。作如下會計分錄：
借：固定資產（按類別）
貸：教育事業支出——固定資產購置
計提固定資產折舊時，一般采用平均年限法，也可以根據具體的情況分別采用個別折舊方式或分類折舊方式，還可以采用雙倍餘額遞減法或年數總和法等加速折舊法計提折舊，最終使固定資產的價值以折舊的形式分期計入高等學校教育成本。同時，計提固定資產折舊時，屬於直接成本的固定資產折舊費應直接計入教育成本核算對象；屬於間接成本的固定資產折舊費應先計入間接成本，再將固定資產折舊與其他間接成本一起，采用適當的分配標準，分別計入高等學校教育成本核算對象。在高等學校教育成本核算係統中，編製如下會計分錄：
借：教育成本（按成本核算對象）貸：累計折舊
或
借：間接成本（按部門）貸：累計折舊
處置高等學校的固定資產時，應進行相應的清理。並按照如下程序進行相應的會計處理：
首先，注銷固定資產原值和累計折舊。在高等學校教育成本核算係統中，編製分錄如下：
借：固定資產清理累計折舊
貸：固定資產
其次，支付清理費用。按照一般的會計處理，高等學校支付的固定資產清理費用，應在修購基金中列支。由於高等學校教育成本屬於完全成本，其支付的固定資產清理費用相應地也應計入高等學校教育成本。在高等學校教育成本核算係統中，應編製的會計分錄為：
借：固定資產清理貸：修購基金
在上述會計分錄中，“修購基金”科目的金額應與教育事業支出中修購基金的金額相一致。如果高等學校的固定資產清理費用直接計入了當期的教育事業支出，由於該支出將以一定的方式轉入教育成本，則無需再進行調整。
再次，取得殘值或變價收入。一般情況下，高等學校取得的固定資產殘值和變價收入，均應計入修購基金。由於高等學校教育成本屬於完全成本，取得的固定資產殘值和變價收入應衝減高等學校教育成本。在高等學校教育成本核算係統中，編製的分錄為：
借：修購基金
貸：固定資產清理
上述會計分錄中，“修購基金”科目的金額應與教育事業支出中修購基金的收入金額相一致。如果高等學校將取得的固定資產殘值和變價收入直接衝減了當期的教育事業支出，則無需再進行調整。
最後，結轉固定資產清理淨損益。在高等學校教育成本核算係統中，應編製的會計分錄為：
清理結果如為清理淨損失：
借：教育成本
貸：固定資產清理
或
借：間接成本
貸：固定資產清理如果清理結果為清理淨收益：借：固定資產清理貸：教育成本
或
借：固定資產清理貸：間接成本
經過上述結轉後，“固定資產清理”賬戶應無餘額。
（2）結轉自籌基本建設支出的相關核算
對於高等學校發生的基本建設支出，在進行高等學校教育成本核算時，應全額轉入高等學校教育成本核算係統的“在建工程”賬戶；如果該工程同時發生了相關的借款費用，並且這些借款費用符合會計製度所規定的資本化條件，則這部分借款費用也要轉入教育成本核算係統的“在建工程”賬戶。待工程完工辦理竣工決算後，一並轉入“固定資產”賬戶。
在高等學校教育成本核算係統中，結轉基本建設支出應編製的會計分錄為：
借：在建工程（按項目）
貸：教育事業支出——基本建設支出
——借款費用
在以上會計分錄中，“教育事業支出”科目的金額應與教育事業支出中結轉自籌基建支出、借款費用的金額相一致。
在高等學校教育成本核算係統中，結轉完工固定資產應編製的會計分錄為：
借：固定資產（按類別）
貸：在建工程（按項目）