由於高等學校進行教育成本核算的目的是為了滿足政府、學校及社會各界對教育成本信息的相關需要，因此，在現行的條件下，選擇會計核算法進行高等學校教育成本的計量更有應用價值。在這一方法下，我國高等學校應按照權責發生製的原則，以現行的高等學校事業支出的會計核算資料為基礎，按照教育成本核算的要求，通過單獨設置成本核算賬戶和會計科目，結轉各項事業支出，從而連續、係統、完整地進行教育成本核算。
要進行教育成本核算，為相關使用者提供可靠的教育成本信息，就必須設定一套規範的程序，使得教育成本的核算完全依照設定的程序進行，以保證所提供的成本信息的可靠性。參照企業成本核算程序，本文將高等學校教育成本核算的一般程序分為如下幾個步驟：獲取教育成本核算所需的財務和非財務資料；確定成本核算對象和成本核算期；設置成本核算科目；記錄、歸集、分配及核算教育成本；編製教育成本報表。
一、獲取教育成本核算所需的財務和非財務資料
這一步驟中所需的財務資料主要是從學校財務部門取得的，其資料來源是學校財務部門的日常核算係統所彙集的各項財務數據。具體包括：
（一）彙總數據
（二）各類明細數據
1.人員支出
包括支付給教學人員、科研人員、教輔人員、行政人員和後勤產業人員的基本工資、校內津貼、崗位工資、課時費等支出。
2.公用經費支出
包括學校行政管理部門和各學院的公用經費，具體包括辦公費、印刷費、水電費、郵電費、取暖費、物業管理費、交通費、差旅費、會議費、培訓費、招待費、專用材料費等日常運行和管理方麵的支出。
3.對個人和家庭的補助支出
包括離休費、退休費、撫恤金、生活補助、救濟費、助學金、獎勵金、住房公積金、提租補貼、購房補貼等補助支出。
4.設備購置等資本性支出
包括設備購置支出和大修理支出等。
所需的非財務資料，主要是從資產管理部門、後勤部門、教學管理部門等與教育服務直接相關的部門那裏獲取。主要包括對高等學校的曆史及現狀的介紹、用來反映高等學校教職工、學生人數和事業成果等基本數字及機構設置情況等內容。
二、確定成本核算對象和成本核算期
按照以上內容所述，我們把高等學校所提供的教育服務作為高等學校教育成本核算的對象，按照不同層次、不同專業、不同年級開設教育成本明細賬或教育成本計算單，將各具體教育成本核算對象一學年耗費的教育資源進行歸集和分配，計算各類教育服務的教育成本，並將高等學校教育成本的核算期確定為一學年，而不是像企業成本核算那樣按月分配成本費用。
三、設置教育成本核算科目
按照高等學校進行教育成本核算的要求，在高等學校事業支出核算的基礎上，根據權責發生製的原則和配比原則，單獨設置如下教育成本核算的科目，對事業支出數據進行相應轉換，從而連續、係統、完整地進行教育成本核算。這些單獨設置教育成本核算的科目有：“教育成本”“間接成本”“待攤費用”“預提費用”“在建工程”“固定資產”“累計折舊”“固定資產清理”“養老保險費”“人才引進費用”。各科目具體核算內容如下：
（一）“教育成本”科目
本科目核算高等學校全部教育產品的完全成本，它是對外提供教育成本信息的主要來源。對於提供高等教育服務所發生的直接支出，在支出發生時直接計入“教育成本”總賬和明細賬。借方登記本期應記入教育成本的各項直接成本和分配轉入的間接成本；貸方登記本期轉出的成本。在實行校、院係二級核算的高等學校，教育成本科目作為總賬科目可按不同年級不同專業設置二級明細科目，在二級科目下，按成本項目設置人員經費支出、公用經費支出、資本性支出、對個人和家庭的補助支出、其他支出等三級明細科目。為了進行成本分析和成本管理，還需在三級科目下再設成本細目，如人員支出下設工資、津貼等，使得教育成本核算更細化。本科目借方反映教育成本支出數，貸方反映學年末結轉數，即每學年的教育總成本，會計期末，該賬戶無餘額。
（二）“間接成本”科目
本科目核算高等學校提供教育服務而發生的各項間接支出。
高等學校中，由於教育活動協作性強，各教育產品的直接支出並不多，大量的是與各教育產品相關的間接支出和公共支出。借方登記本期從高等學校事業支出中轉入的各項間接成本、通過待攤和預提分配轉入的間接成本以及固定資產折舊和固定資產損失形成的間接成本；貸方登記固定資產清理淨收益和分配轉出的間接成本；會計期末，該賬戶無餘額。“間接成本”總賬科目下按與“教育成本”總賬科目係統的要求設置明細科目，該科目可按不同部門或支出發生地點和成本項目設置明細科目進行歸集。