在這一問題上，美國等西方部分國家的高等學校已開始采用權責發生製。就美國來說，在會計確認和計量方麵，要求大專院校的收入和支出均采用應計製基礎確認。其具體做法是：對於預收的學生的學費、培訓費等，暫記入“遞延收入”科目，待實際發生時再確認為當期收入；通過設置諸如“應收賬款”“應收利息”“應付賬款”“應付債券”等科目，用以核算高校應收應付而實際尚未收付的各種款項；對於高校正在修建但尚未完工或轉入改良的固定資產，通過“在建工程”科目核算；對那些因接受捐贈投資而持有的長期有形資產的折舊，通過“累計折舊”科目核算；對發放給學生和老師的貸款計提壞賬，並通過“備抵壞賬”科目進行核算。通過這樣的處理，達到最終目的：向財務信息使用者提供更加真實、準確的財務信息。
就這一問題，我國學者有著各自不同的想法。學者王耕針對這一問題提出了兩種選擇方法：第一，實行雙軌製核算即在同一個會計主體內采用兩種會計原則、二套會計製度並用，即采用權責發生製以反映教育成本情況；采用收付實現製以反映經費預算的執行情況。第二，在按現行製度設立的總賬科目基礎上，增設待攤費用、預提費用、折舊費、累計折舊等四個明細科目。日常按照權責發生製的原則進行相應的明細分類核算，隻是在期末（或定期）根據收付實現製原則，通過編製調整表對相應賬戶進行必要的調整，使月末、年末總賬和各明細賬與現行製度保持一致。袁連生則建議運用混合采用權責發生製與收付實現製的不完全的權責發生製進行日常會計核算：與費用支出相關的業務，在進行教育成本核算時，采用權責發生製，不進行教育成本核算時，則采用收付實現製；對那些與費用支出無關的業務，一律采用收付實現製。王耕提出的雙軌製核算加大了高校財務人員的工作量。袁連生提出的不完全的權責發生製隻在涉及費用支出的時候采用權責發生製，而涉及收入的時候采用收付實現製，無法有效地實行配比原則，也不能真實反映財務的績效情況。王耕提出的第二種混合采用權責發生製與收付實現製的方法，雖然得到了權責發生製下的教育成本信息，但對於財政、物價等相關管理部門所需要的收付實現製下的信息的獲得就會變得非常困難。
綜上所述，在現行的《事業單位會計準則》及《高等學校會計製度》下，在涉及會計基礎問題上，高等學校可采用下述做法：並行設置兩套賬戶即高等學校日常會計核算賬戶和根據成本核算需要單獨設置的教育成本核算賬戶。高等學校在日常的會計核算中，在日常會計核算賬戶中進行，仍然采用收付實現製；單獨設置的教育成本帳戶的核算，則采用權責發生製。這樣，高等學校在進行教育成本核算時，就可以充分利用高等學校事業支出核算的信息係統和會計體係，直接獲取支出數據並轉換成進行教育成本核算所需數據，為教育成本核算提供了直接的便利條件。
五、高等學校教育成本核算的原則
高等學校實行教育成本核算的原則是實行教育成本核算應該遵循的基本行為規範，是指導會計人員進行成本核算的基本準則。結合高等學校的實際情況，高等學校的會計人員在進行高等學校教育成本核算時，應遵循下列基本原則：
（一）可靠性原則
可靠性原則是對會計記錄和會計報告的可靠性和完整性所作的具體要求。在這一原則下，要求教育成本計量必須以實際發生的經濟業務為依據，按教育成本核算的相關要求對高等學校所發生的各項經濟業務予以如實的記錄和反映。對某些存在不確定性而需要估計的經濟業務，應本著實事求是的原則作出合理的判斷，避免主觀隨意性；會計人員對所有會計程序的選擇、會計數據的獲取、會計信息的加工過程等都應是可驗證的，以保證所提供信息的真實、完整。
（二）相關性原則
相關性原則是指高等學校在進行教育成本核算的過程中，所提供的相關信息應當符合各類信息需要者的要求，並按這一要求提供準確、詳實的成本信息，以滿足國家有關部門、高等學校管理者及社會各界對教育成本信息的需求。
（三）曆史成本原則
曆史成本原則是指高等學校對所取得的各種資源應按其最初取得時的成本，采用一定的方法記入相應教育成本當中，並且不得隨意調整其價值。采用曆史成本原則，使得不同時期的教育成本信息具有了可比性。
（四）一致性原則