由於成本核算是會計主體所進行的會計活動的一部分，對於企業來說，成本核算主體與會計主體是一致的。與其對應，具體到高等學校，高等學校教育成本核算主體也就不例外的是高等學校本身。
在會計主體問題上，相對於高等學校來說，還有另外一種觀點，就是把高等學校中的院係作為會計主體看待。結合會計主體假設，我們認為這一觀點是不恰當的。主要原因在於：首先，作為教育產品的提供者，院係是不能獨立擔當的，隻有附著在學校的名義下才能達到提供教育服務的目的，並且在提供相應的教育服務過程中所需要的諸如政管理、教學輔助、後勤保障等各項服務也需要由學校提供。這樣，各院係才能開展正常的教學服務，院係的教學服務成本也隻能是組成高等學校教育成本的一個部分。其次，院係沒有經濟上的獨立性。作為維持學校正常運轉的重要經費來源的那部分財政的經常性撥款或專項撥款，都是由政府或上級主管部門以高等學校的名義直接撥付的；而作為維持學校正常運轉的另一重要經費來源的學費收入，也是由學校統一組織收取的。由此看來，院係無法獨立獲得用於提供教學保障的相應經費及學費收入，在經濟上不具有相應的獨立性，而隻能作為學校的一個一級記賬單位或記賬主體，由學校控製其日常支出。
雖然把院係作為會計主體看待是不恰當的，然而結合高等學校教育成本核算，為了能夠提供管理所需的各類成本信息，可以從學校管理的層次上去考慮，將院係作為一個具體的單位去組織其內部成本核算，以考核、控製各院係的成本支出。在進行高等學校教育成本核算時，對外提供教育成本信息和對內提供內部管理所需的院係教育成本信息的執行主體分別由高等學校及各院係擔當。在具體的組織成本核算時，可以按學校及院係兩級進行相應的教育成本核算：其中院係一級所核算的是類似於企業成本核算中的製造成本部分的教學成本部分；學校一級的核算則分為兩個步驟：首先要核算出公共成本，其次是將所核算出的公共成本分配到教學成本中去，進而核算出完全的教育成本。從而達到對內提供學校內部管理所需的成本信息，以對內部各單位的成本進行相應的考核、控製；對外提供完全的教育成本信息，滿足外部信息使用者在進行教育投資、撥款、捐贈等各項決策時所需教育成本信息的目的（袁連生，2000）。
通過以上討論，對於高等學校教育成本核算，我們可以作如下分類：對內提供內部管理所需成本信息的成本核算和對外提供相關教育成本信息的成本核算。對內提供內部管理所需成本信息的成本核算，可以采用以院係為單位進行內部成本核算，考核、控製院係的成本支出，提供管理所需要的成本信息；對外提供相關教育成本信息的成本核算，由校級成本核算機構對全校教育成本進行綜合核算後，再以高等學校作為成本核算主體對外提供高等學校教育成本信息。
2.持續經營
持續經營是指會計主體在可預見的未來能夠持續的存在和發展下去。持續經營假設對會計工作作了時間上的界定。由於會計核算必須以企業持續、正常的生產經營活動為前提，因此，持續經營必須以特定的會計主體的存在為前提，缺乏必要的會計主體，也就談不上生產、經營，更談不上持續經營了。持續經營假設是在會計主體假設的基礎上，對會計主體假設所作的進一步延伸。有了會計主體，相應要考慮的就是該會計主體的生存及發展，這就必須有持續經營作為基礎，這樣，會計主體才能從經營中獲利，為其生存和發展創造必要條件，才能采用一定的會計原則、會計程序和會計處理方法進行必要的會計核算。持續經營假設還奠定了按曆史成本原則計量的會計計量屬性的基礎，使曆史成本計價得到普遍認可，並解決了會計主體的會計計量中的資產評價和費用分攤等實際問題，為權責發生製奠定了基礎，成為一致性、可比性等會計信息質量要求的依托。
我國《事業單位會計準則》總則第五條明確規定：會計核算應當以事業單位各項業務活動持續正常地進行為前提。這一規定所體現的就是持續經營假設。如果沒有這一要求，同樣，教育成本核算也必須遵循持續經營假設，高等學校日常所進行的如固定資產折舊、跨期費用的預提、待攤等相關賬務處理，就會失去相應基礎，據此所核算出的教育成本就不準確。有了這一前提，高等學校就能在日常的會計核算中采用相應的會計原則和會計處理方法，進行必要的教育成本核算，同時提供所需的各種會計信息。
3.會計分期
會計分期又稱會計期間，就是將會計主體的整個持續運作過程人為地劃分為若幹個連續的、長短相同的期間，並按所劃分的期間分別進行會計核算和編製會計報告。會計分期假設，人為地將持續經營的期間進行了相應劃分，從而解決了由於會計主體經營時間過長導致的會計信息不能及時提供的問題，保證了會計主體能夠及時取得可靠的會計信息，是持續經營假設的必然結果。沒有持續經營假設，會計分期假設也就失去了它存在的必要性。而也正是因為有了會計分期假設，會計上才出現了本期與非本期之分，才有了“應計”“遞延”“分配”“攤提”等業務處理程序，產生了權責發生製與收付實現製等記賬基礎的劃分和收益性支出與資本性支出的劃分，並為配比性、一致性等會計核算原則確立了相應的時間基準。從這一層麵上也能反映出會計基本假設是會計核算原則建立的基礎。