總理於六月十六日夜，自觀音山退出，即登永豐艦，駛入黃浦。十八日晨，由黃浦率艦隊攻沙基寨，冒險進駐白鵝潭，命蔣中正為參謀長，程潛為討逆軍總司令，並征軍入援。許崇智乃由南雄回師來援，與陳逆部鏖戰月餘，以餉械兩缺，而移師閩省，驅走李厚基，據有福州。時總理駐白鵝潭已兩月餘，知逆氛正熾，非一時所能靖，遂赴滬。此時餘病未愈，總理常親臨視。痊後乃時晉謁，並與胡漢民、廖仲愷、程潛等謀恢複，奉命先行赴港。未幾滇軍楊希閔、範石生，桂軍劉震寰、沈鴻英等，均向總理輸誠。總理益與優接，令討陳逆，遂由蒙江進兵驅陳，陳逆敗走東江。總理乃命胡漢民為省長，先行回粵。到粵後，商餘部署就職。餘派軍隊嚴密警戒，護送就職。漢民約餘與滇、桂將領會於江防司令部。餘以沈鴻英意存反複，且慮有變，乃派代表參加；一麵於江防署附近，預為防範。沈鴻英欲驅胡據粵，既蒞會議，未久，忽出手槍置議案，厲聲曰：“今夕之會，有不接受餘之意見者，請試此！”漢民見形勢有變，乘間逸出，越樓梯而下。餘所派遣防範於江防署附近之官弁，扶擁漢民而出，始免於難。其弟敬生，與漢民同遭困危，亦拯之出。餘平素對長官恭謹，對友輩篤愛，然漢民、精衛輩，每不見諒於餘，可慨也。時程潛奉命撫慰粵軍，因移一、三兩師於南路，進據江門，聲威大振。乃合楊、劉迫沈出廣州，恭迎總理回粵，粵局複定。餘在港奉令，先行回粵，即赴潮汕，收撫陳部洪兆麟、尹驥、李雲複諸悍將，以通閩、粵之道。並收編尹驥、李雲複、翁式亮、賴世璜、蘇世安五師待命。旋奉令與許崇智調防，餘複率部赴閩，以潮梅全部，交許接防。是時廈門閩軍總司令臧致平，頗持兩端，餘至片言折服，遂招待以禮，並時加接濟，餉糈得以無憂。駐閩甫數月，而洪兆麟複潛至汕，並誘餘所部各師，又迫許部撤退，潮梅複失。餘以事變若此，乃由閩遣散幹部，赴港休養。未幾複奉命赴粵。總理時用大元帥名義，令餘為大本營參謀總長。餘遂以七月入粵，供職大本營。共設外交、內政、財政、
軍政、建設五部，以伍朝樞、譚延愷、廖仲愷、程潛、林森分任部長。
是時陳炯明踞東江，又得洪兆麟占潮梅，勢張甚。大元帥派滇軍範石生、廖行超及李福林率師討伐，增城、博羅相繼克複。乃命餘隨節，親赴石龍督師。詎陳炯明增援反攻，各軍先後挫敗，紛紛退卻，博羅、增城複陷。餘隨節返粵，一麵令滇將李根源收容各部，甚得力，乃策劃反攻，調楊希閔、劉震寰諸部，加入作戰。時陳逆已迫近瘦狗嶺，廣州震動。餘激勵將士，猛烈反攻，大破之。不旬日，複克博羅、增城，陳乃退保惠州，不敢動。是為討陳之役。十三年春，本黨（中國國民黨）在廣州舉行第一次全國代表大會，餘被選為中央執行委員。邇時容共主張，本黨同誌，意見頗不一致，爭論至烈。總理詢於餘，餘以健全本黨，急應培儲黨軍幹部對，總理韙之。乃創設軍官學校於黃浦，任命蔣中正為校長。蔣謙辭，予則請於總理曰：“校長一席，非蔣莫屬。”廖仲愷時長財長，乃請其充分籌款，冀收速效。開學之日，餘與譚延愷隨總理蒞該校，參加典禮，餘並奉總理命，說明本黨建軍之旨。秋，複有北伐之師，大元帥親赴韶關督師。會北方事變，段祺瑞以執政名義，主政北平，電大元帥請移節北平，共商國是。大元帥以和平、奮鬥、救中國為職誌，遂允其請，並命餘先行赴日以待。於是北伐之師，停止北進，而餘亦首途赴滬焉。
追隨總理北上及作客張垣
十三年，奉直之戰爆發，北方騷然，南方諸賢，慮牽入漩渦，均為作戰之準備。總理時約餘商議，餘答以中國有事，日本關係至大，宜加注意。數日間，總理乃定派大員赴日之計，招餘至臥室曰：“君前日之言，確有見地，現擬派大員赴日，作聯絡鼓吹調查諸工作，君謂誰當其可？”餘答之曰：“倉猝之際，略當無見逾者。”總理遂決定派餘赴日。翌日複召見，授方略與到日本後應注意之言行，作長時之談話（時孫夫人宋慶齡尚在座也）。複發款數萬。餘領諭遂首途赴日。既抵東京，則聞段祺瑞以執政名義，執政於北京，任黃郛為國務總理，郛遂組閣，並有任餘為參謀總長之命。