民國九年二月，連接雲南唐督軍繼堯電，派滇軍總司令李根源為建沒會議滇省代表，解除總司令任務，撤銷總司令部，其駐粵滇軍兩師，直隸滇省，而由餘就近指揮。餘以滇軍雖舊部，雅不與人爭名，乃滇軍在省會部隊，對本部及餘駐地，步步壓迫。粵督莫榮新實讚助之，軍府總裁，亦不加製止。幸滇軍兩師，多數服從唐督命令。惟團長趙德裕、營長何福昌為莫所動，附之。餘以事勢至此，擬親赴南、始，撫慰滇軍。乃以出巡報軍府，由次長蔣尊簋代部隊（務），二月二十四日，率少數幹部及警衛部隊出發，取道龍眼洞、太和墟，出從化、翁源、始興以達南雄。詎餘方離城，而趙、何已紛紛出動堵截，莫更派桂軍、福軍、各路統領，計沈鴻英四營，楊錦龍三營，呂定國三營，黃如雲二營，申葆藩二營，喻炳倫三營，江永隆三營，黃業興三營，莫正聰兩團，黃雁賓、盧炎山各一團，鄧文輝二營，邱渭南六營，魏邦平四營，合各遊擊隊等，不下五十餘營，益以附莫各滇軍，為數乃至數萬，水陸並進，沿途截擊。餘為自衛及安全計，乃不得不稍稍部署，一麵派隊警戒，一麵繞道疾行。中經多次接觸，各有傷亡，致餘行程阻滯，至三月十六日始達始興。
時魯旅長子材、楊旅長益謙，均駐始興，及附近地區。餘力加撫慰，仍以避免內戰為詞。而韶關方麵，則備戰益急，且迭與我軍接戰。我軍畋趙德裕於江口，趙部潰退。是時成桄方以第一軍長駐南雄，本餘舊屬，乃亦率隊占領古錄，圖犯始興。餘以軍紀蕩然，決計掃蕩之。三月二十五日九時，成部犯我馬子坳，餘立命抵禦，成不支稍卻。魯旅長乘勝逐北，胡團長複由羅壩，率兵增援，成部遂土崩。我軍長驅掃蕩，成部紛紛投誠，下午三時，即下南雄，成桄以數宵遁。軍府聞訊，乃由岑總裁春煊，派吳介璋赴始興前線，命停戰。岑並親蒞韶待餘。餘之出巡，本求免除內哄，乃卒勞莫榮新等糜餉費師，以為潢池之弄，實非意料所及。既奉岑命，即於四月一日首途赴韶。時岑已返省，留李書城、王有蘭候餘，乃同返廣州。是為出巡之役。
餘返廣州後，寓軍政府旬日，即赴港轉滬。謁總理，奉命赴滇與唐督會商國是後，即經黔入川。餘乃複回港，率少數幹部，買舟經海防至滇。時朱培德所部魯、楊各旅，已取道湘省，達川邊。餘與唐督會商後，率兵兩營入川，與魯、楊部會合，駐川待命。而川軍各部多誤會，致起衝突，魯旅長子材、趙軍長又新，均死之。餘乃間關率餘部赴黔，駐鎮遠。當餘率部入川時，先慈及所部軍官家屬男女老小數十人，皆賃寓香港，由內子華世琦負責調理。其時予入川，軍事頗不利，文電達香港，日必數起，均由內子親譯，目不交睫者達月。加以經濟困難，而家用及所部眷屬之日用，為數不貲，內子典質殆盡，複多方籌措，卒能接濟無虞。予及部屬，均無內顧憂，安心供職，世琦為助甚多，所部至今猶稱道之。世琦平日與餘患難相共，侍舅姑克盡婦職，先慈尤鍾愛之也。
九年冬，陳炯明率所部及粵軍各部，驅桂林陸榮廷軍隊出粵，收複廣州。軍府解組，陳等乃迎總理返粵。十年五月，總理就總統職於廣州，設總統府於觀音山。先是桂陸軍隊，退守廣西，十年春，餘奉總理命，率師會攻廣西，根本解決桂陸。乃命將出師，以所屬滇軍先遣軍司令官胡若愚，率部由湖南洪江經三江口，直搗桂林、柳州；並以滇軍旅長李友勳率龍雲等部，由貴州經獨山，進攻廣西慶遠以為助；餘親率滇軍師長朱培德、旅長楊益謙等部由鎮遠經湖南洪江，及廣西三江口，策應前方。先遣軍司令官胡若愚，率部會同粵第二軍旅長吳忠信，及贛軍彭程萬等部，圍攻桂林。胡部奮不顧身，前仆後繼，卒以寡勝眾，首先擊敗桂軍沈鴻英部於桂林，克桂林。同時李友勳部，亦接受胡司令官之通報，改道直逼柳州，克柳州。餘既據報以上各情，遂率所屬滇軍，逕入桂林，整理廣西軍民各政府。值陳炯明在粵，恃功驕恣，頗為不法，總理乃於是年雙十節親赴桂林（孫中山十二月四日抵桂林），整軍北伐。設大本營於桂王府，命餘兼任參謀總長。參謀部設於巡撫衙門，任胡漢民為文官長，並任朱培德為滇軍總司令、穀正倫為黔軍總司令、彭程萬為贛軍總司令，統由餘節製指揮，策劃北伐。
時陳炯明已與北方勾結，有謀叛意。十一年二月二十日，段祺瑞代表周善培到粵。粵軍參謀長鄧鑒，素為總理所倚重，雖不慊於陳，因周為其師，乃赴港迎周。陳黨恐其阻撓降北計劃及泄於總理，乃暗殺之於廣九車站。總理在桂聞訊，深為震悼，遂於四月中，由桂返粵。至梧州，下令免陳陸軍總長、粵軍總司令、廣東省長各職。陳匿廣州不出，反情益露。五月十七日，總理命陸軍總長程潛、內政總長居正往諭，但能毋撓北伐，允畀以兩廣巡閱使職。開諭達兩日夜，陳陽允奉命，而陰布其黨於廣州城郊，並嗾其索餉甚急。六月六日，程潛複至白雲山鄭仙祠陳部葉舉駐地，與陳黨商議，知其必反，歸報總理，請速返韶。不許，遂有六月十六日，陳部炮擊觀音山總統府之變。
餘於四月間，率滇、贛兩軍出發桂林，順流東下。舟次三水，聞陳有布防意，乃急轉舟，溯蘆苞入北江抵韶，以泯猜嫌。時總理親蒞韶，授北伐方略，因率滇、贛兩軍，會粵軍許崇智、黃大偉兩部，分途北進。不旬日下大庾，旋克南康，下贛州，勢如破竹。餘亦進次大庾督師。月餘之間，先頭部隊，已達吉安，其向贛東前進部隊，且已壓迫撫州。薑伯彰、何猶興、方軔叔、王舟、曹錫福、糜燮元、李潤生等，在贛北各縣組民軍內應，聲勢大振，贛督陳光遠出走。不意觀音山之變突起，全軍士氣，胥受影響。餘憂憤成疾且劇，乃亟令各軍撤回，作援救總理之備。而陳已派重兵分駐粵北，餘亟由大庾趨南雄防堵。以眾寡懸殊，黃、許各部未少駐，即繞道赴閩，滇軍則仍退桂邊。餘乃率贛軍李、卓兩團，赴湘暫駐，而自赴滬養屙。是為北伐之役。