夏允彝見山河破碎，民族危亡，而自己又無力挽救，便決心以身殉國。他把自己著的《幸存錄》手稿交給兒子，命兒子繼續寫下去，還叮囑他變賣家產，充做軍餉，然後懷著滿腔悲憤和遺憾，跳進鬆江自殺了。夏完淳繼承父親的遺誌，和他的老師陳子龍、嶽父錢飲血酒盟誓，又一起參加了吳日升領導的抗清隊伍。但是後來，這支軍隊的鬥爭又失敗了，吳日升和陳子龍也相繼犧牲。
夏完淳沒有因義軍失敗而罷休，繼續組織鬥爭，曾在太湖地區聯絡抗清義士，但由於南明政權無心抗清，使得他的種種努力都成了泡影。
公元1647年秋天，夏完淳寫給在浙江地區被立為帝的魯王一封奏折，不慎被清軍查獲。幾天之後，他的他的嶽父錢一起被抓，被押送到了南京。
當時，在南京主持軍務的，是早已投降清朝的洪承疇。洪承疇本來是明朝的薊遼總督，公元1641年在鬆山、杏山大戰中戰敗被俘而投降清朝，後被清廷任命為招撫南方總督軍務大學士。
洪承疇聽說聲震江南的“神童”夏完淳被抓到了，很是興奮，立即令人將夏完淳帶上堂來，要親自勸他降清。
夏完淳昂首來到堂上，立而不跪，洪承疇為了勸降，也沒強其所難，反而假惺惺地說：“你年紀輕輕，懂得什麼是造反啊？一定是上了壞人的當。我看你年幼無知，不予計較，隻要你歸順大清，回去好好讀書，本督保你將來高官厚祿，榮華富貴！”
夏完淳明明知道坐在堂上審問他的，就是叛明降清的洪承疇，但卻故意說：“我聽說明朝有個大忠臣，名叫洪承疇，在鬆山、杏山的戰鬥中，他身先士卒，奮勇殺敵，戰死疆場，以身殉國；我年紀雖小，卻仰慕他的美名，今後我還要像他那樣殺敵報國，怎麼會投降呢？”
洪承疇身邊有個衛士，以為夏完淳不知道上麵坐的就是洪承疇，就過來悄悄地告訴他：“洪大人並沒有死，而是歸順了大清，當上了大官，現在正坐在堂上審你呢！”
夏完淳聽了，顯得很氣憤的樣子，哼哼冷笑了兩聲說：“洪先生早已殉國，天下誰個不知，哪個不曉？當時皇帝得到他殉國的消息後，曾親自設祭，淚流滿麵，滿朝文武東向遙拜，痛哭失聲。你們這些小人算什麼東西？一個個狗仗人勢，竟還敢假冒忠臣的大名，汙辱忠魂，實在是可恨可惡！”
洪承疇本來以為，夏完淳一個十六七歲的小孩子很好對付，萬萬沒想到，他竟當著這許多文武官員的麵，口口聲聲稱他是以身殉國的大明忠臣，這比打他兩個耳光還讓他感到無地自容，不由得惱羞成怒，氣急敗壞地吩咐衛兵：“快快……快，把他拉下去，往死裏打！”
夏完淳自堂上大罵洪承疇後，就被下到獄中。他在獄中已經料到，洪承疇一定不會放過他的。然而，他根本沒把生死放在心上，終日坦然自若，談笑風生，吟詩作文，無事一般。在這過程中，他寫下了有名的《獄中上母書》、《遺夫人書》(他在十五歲時結婚，婚後一個月便參加了抗清隊伍)和詩集《南冠草》。
他在《獄中上母書》中，向母親訴說了自己忠貞不屈的愛國之心，並安慰母親說：“人生誰不死，最要緊的是要死得有價值，為國而死，正是盡了我的本分。”
夏完淳的嶽父錢沒有夏完淳那麼堅定，在獄中整日愁眉苦臉，唉聲歎氣，言談中常常流露出乞求活命的意思。夏完淳則耐心地開導他要正確對待人生。
他對嶽父說：“你還記得當初我們與陳公(即陳子龍)一同飲血盟誓時候的情景嗎？從那時起，我們為了報效國家，就已經把生死置之度外了。今日兵敗被擒，我當和嶽父大人一起慷慨就義，對得起陳公和死難義士的在天之靈，也算得上堂堂男子漢、大丈夫，怎麼能貪生怕死，在人世間苟且偷安呢？”
夏完淳說完，又寫了一首詩，贈給了嶽父。
詩是這樣寫的：
樂今竟如此，五郎又若斯。
自羞秦獄鬼，猶是羽林兒。
月白勞人唱，霜空毅魄悲。
英雄生死路，卻似壯遊時。
在這首詩裏，夏完淳把為國犧牲看得像出遊那樣平常。他這種英雄氣概，深深地感動了他的嶽父錢，使其克服了悲觀情緒，毅然和夏完淳一塊吟詩填詞，視死如歸。
就在這年秋天，夏完淳和他的嶽父錢等三十多人，在南京西市刑場同時被害。臨刑前，夏完淳神色不變，昂首挺立，笑傲天下，倒使那行刑的劊子手戰戰兢兢，不敢正視這個年僅16歲的少年英雄。
夏完淳死後，他的童年好友杜登春、沈羽霄收殮了他的屍骨，把靈柩運回鬆江，埋在小混山下蕩灣村夏允彝墓側。夏氏父子之墓，年年受到後世人的瞻仰憑吊，成為當地的勝跡。
夏完淳短短的一生，留下詩文三百餘篇，收集在《內史集》、《南冠草》等書中，成為我國文學寶庫中的千古絕唱，受到人們的珍視。