長孫皇後的病拖了兩年時間，終於在公元636年夏天逝於立政殿，享年僅36歲。彌留之際尚殷殷囑咐李世民善待賢臣，不要讓外戚位居顯要；並請求死後薄葬，一切從簡。
李世民並沒有完全遵照長孫皇後的意思辦理後事，他下令建築了昭陵，氣勢十分雄偉宏大，並在墓園中特意修了一座樓台，以便皇後的英魂隨時憑高遠眺，這位聖明的皇帝想以這種方式來表達自己對賢妻的敬慕和懷念。
長孫皇後以她的賢淑的品性和無私的行為，不僅贏得了李世民及宮內外知情人士的敬仰，而且為後世樹立了賢妻良後的典範，到了高宗時，尊稱她為“文心順聖皇後。”
在李世民的晚年，對他影響較大的是賢妃徐惠。徐惠十分聰明，博覽群書，能詩會畫，是當時著名的才女，還未成年就有了很大的名氣。
徐惠入宮以後，雖然位列妃嬪，但對國家大事也是十分關心，經常和李世民談論國家大事，議論朝政，並提出自己的一些見解和看法。李世民喜歡她知書善文，縱論古今的才華，把她看作是長孫皇後一樣的人物，對她的見解也頗多接受。貞觀後期，由於李世民頻繁的發動戰爭，徭役和兵役的征發空前嚴重，造成了社會矛盾的激化。因此公元648年，徐惠向李世民上疏，進行勸諫。這篇奏章結構嚴謹，聲情並茂，論據充實，真切感人，深受李世民的讚賞。
李世民死後，徐惠十分憂傷，不吃不喝，24歲就死了。由於她寫過桂花頌歌，並為老百姓做過好事，人們尊她為桂花神。
承乾謀反改易太子
李世民是唐初一代名君，具有“洞察秋毫，審時度勢”的超凡能力，但他“聰明一世，懵懂一時”，在立皇儲的問題上出現了失誤。
李世民即位後，立八歲的長子李承乾為皇太子。李承乾年輕時非常聰敏，很受李世民喜愛，李世民每次外出巡視，也讓他留守長安，代行處理國政。不料，隨著時光的流逝，李承乾逐漸變壞了，他習性散慢，生活奢侈，嬉戲無度。李世民對他越來越不滿。
當時東宮太子府中有個14歲的女樂手，名叫尹伊，彈得一手好琵琶，長得也十分美麗，還能歌善舞。李承乾對她十分寵愛，給她起個綽號叫“稱心”，每天都和她廝混在一起，簡直寸步不離。李世民知道這件事後非常生氣，派人把尹伊殺了，和尹伊有牽連的幾個人也都被處死。李承乾對尹伊痛悼不已，便把尹伊埋在宮中，立墳頭，樹石碑，命宮人每天早晚祭奠，他自己也常來到這裏祭唁，太子為了尹伊之死而對父親心生怨恨，所以長時間不上朝參拜李世民。
李承乾從此也無心學習朝政，整天沉浸在歌舞酒宴中。對於李承乾的日漸墮落，李世民很著急，為了加強對太子的教育，他選派了許多有學問的人做太子的老師。右庶子李百藥是太子比較早的老師，他針對李承乾留心典籍和愛好嬉戲的特點，寫了一篇《讚道賦》的文章，以古來儲君成敗的事跡對李承乾進行諷諫。由於李承乾毫不覺悟，兩年後李百藥不得不辭職。
李世民又選中書郎杜正倫當太子的老師。當時李承乾正犯腳病，不能上朝。李世民特意囑咐杜正倫說：“太子有病不來上朝不算大事，可他不愛惜賢才卻令人擔憂。如果太子不聽教導，可來告我。”李承乾果然不聽杜正倫教誨。為了給太子施加壓力，杜正倫便用李世民的話嚇唬他。誰知李承乾上表李世民，反告了杜正倫一狀，詞語中還連帶了李世民本人。一天，李世民責備杜正倫說：“你怎麼能在太子麵前泄露我的話呢？”就這樣，杜正倫也沒有成功。