經過全體教師的不懈努力和建設，2003年“機械電子工程”學科獲得博士學位授予權，這一曆史性的突破為學院的學科建設搭建了新的平台，拓展了更大的發展空間。2005年，“機械設計及理論”、“電力電子與電力傳動”學科獲碩士學位授予權，使得學院以機械工程為主體，以工業工程、電力電子為兩翼的學科體係結構更加完善。在此基礎上，凝練出了“微機電係統設計及測試”、“智能機電係統及微機電係統”、“MEMS智能傳感器係統”、“可靠性及故障診斷技術”4個重要的學科方向，形成了5個學術團隊。同時集中學院有限的財力、物力和人力，構建了院級“公共實驗平台”，目前該平台的總投入已達到300萬元，較大地改善了學院學科和科研工作的硬件環境。
學院近幾年不斷加強國際交流與合作，積極參與和組織國際學術會議，為師生提供前沿學術交流及展示學術研究成果的平台。1988年、1997年、2002年成功舉辦了三屆“中日機械電子學”國際會議，2004年舉辦了首屆“智能機電一體化及自動化”國際會議（IEEE ICMA），該會議被列為IEEE係列會議，會議論文集獲得IEEE書號，並被EI光盤版檢索。學院還組團參加了2003年在日本舉行的第二屆“中日多領域工程國際學術會議”和2005年在加拿大舉行的ICMA學術會議。通過承辦和參加各種國際學術交流，提升了學院的知名度和學術影響力。近年來，共邀請了近30名國外專家來院講學。目前，學院已與美國、英國、日本、法國、加拿大、新加坡等國家的許多知名大學和研究機構建立了學術合作、聯合培養研究生等協作關係。
學院堅持學、研、產協調發展，以學科建設為龍頭，大力開展科學研究和校企合作，目前學院擁有2個省部級重點實驗室和1個工程中心。近幾年來，科研經費快速增長，2005年的科研經費已是2001年的10倍。在科研經費增長的同時，學院的科研水平和質量也有了很大的提高，科研項目從原來單一的橫向項目向縱向和軍口項目發展，在自然科學基金、“863”項目、軍口項目、博士基金項目上都取得了突破。先後有50餘項成果獲得省、部、市級科技進步獎，發表學術論文數百篇，其中被SCI、EI、ISTP檢索近百篇，申請專利7項。科研工作取得的成果對於提高學院承擔國家、國防等重大項目的能力，加強學科建設和人才培養起到了至關重要的推動和促進作用。
學院現有專職教師57人，其中博士生導師4人，教授、副教授26人，四川省學術帶頭人1人。學院認真貫徹和落實人才強校戰略，通過內培、外引和人事分配製度改革等措施，加快師資隊伍建設，近幾年來，選派多名青年教師到國外學習，新增教師17人，其中10人具有博士學位，3人具有海外學習經曆。通過一係列的改革措施，大大改善了師資隊伍的結構，中青年教師絕大部分具有博士、碩士學位。今後幾年還將重點做好中青年學科、學術帶頭人的引進、選拔和培養工作，爭取在5年內建設一支20人左右的中青年學術帶頭人隊伍。
目前，機械電子工程學院下設機械工程係、電力電子工程係、工業工程係和工程訓練中心，設有6個基礎實驗室。有本科專業3個（機械設計製造及其自動化、電氣工程及其自動化、工業工程），擁有5個碩士點（機械電子工程、機械製造及其自動化、精密儀器及機械、電力電子與電力傳動、機械設計及理論）、2個有工程碩士學位授予權（機械工程、工業工程）和1個博士點（機械電子工程）。學院始終以學生為本，注重素質教育，狠抓學風和教風建設，深化教學改革，創建現代教學體係，培養知識結構合理、創業精神和創新能力強的高質量人才。在教學改革方麵，學院貫徹“以精品課程建設為主線，全麵推動教學質量工程建設”的思想，大力加強校、省、國家三級精品課程體係建設，現已取得2門省級精品課程，編寫出版了20餘部專著，發表教改論文數十篇，獲教學成果獎4項。學院在本科人才培養方麵，堅持機電融合與滲透的特色，突出實踐環節和創新能力的培養，在加強課堂教學的同時，開展多種形式的課外科技活動，如學術活動周、汽車設計大賽、網站設計大賽、科技電影周等，營造學術氛圍，培養科技興趣，使得學生在校期間能夠得到更多的知識和實踐機會，努力提高人才培養的質量，取得了較好的效果。以學生為主體代表學校組隊參加由中央電視台組織的“機器人電視大賽”，2002年獲最佳策略獎，2005年獲優秀獎，2006年獲得第八名。2005年參加電子設計大賽，獲得全國一等獎1項、二等獎2項、三等獎多項，學生還獲得實用新型發明專利授權一項。學院現有在校生1300多人，培養的學生受到用人單位的好評，每年的畢業生就業率達到90%以上。