1979年，應用所電磁場與微波技術學科獲得碩士點，1981年獲得國家首批博士點，1985年建成首批博士後流動站，1987年成為首批國家重點學科。1993年，光學博士點和無線電物理、保密學碩士點獲得批準。1999年，無線電物理博士點獲得批準。從1978－2000年間，形成了包括電磁場與微波技術、通信與信息係統、信號與信息處理、保密學、光學、無線電物理在內的6個學科點，除保密學外，均是碩、博士招收單位。
物理係也是學校光學碩士點、博士點以及無線電物理碩士點的組成單位之一。
2000年，學校集中3個單位的師資優勢，申報成功物理學博士後流動站。
4.對外交流影響擴大
改革開放為學術交流帶來了生機和活力。先後有耶魯大學的赫希菲爾德教授、俄羅斯的列別捷夫教授等專家學者來訪高能所；劉盛綱院士被聘為國內外10所知名大學的客座教授；俄羅斯、美國等13個國家和地區與高能所進行了合作交流。從1981年開始，應用所采用“走出去，請進來”的方式，派出人員到美國、英國、日本等國家進行對外交流，並先後邀請了俄羅斯、美國等國家的專家學者來所講學，這樣不僅加強了學術交流，而且擴大了學校的國際影響。
二、深化改革促發展（2001年至今）
最近5年是物理電子學院改革發展的5年。學院黨政領導組織全院師生，積極參加學校各項改革，推動了學院學科建設、師資、教學、科研以及其他各項工作的快速發展。
1.學科建設創一流
堅持以學科建設為龍頭，大力加強學科建設。2003年9月，經過國務院學位辦公室批準，新增設等離子體物理博士點和凝聚態物理碩士點，2005年又申報成功獲得物理學一級學科博士學位授予權。現在，學院擁有電子科學與技術和物理學兩個一級學科博士學位授予權點，2個博士後流動站，4個二級學科博士授予權點，6個學科點招收碩士研究生，而且理學、工學兼有，理工結合，特色明顯。2002—2005年間，學院“985工程”、“211工程”學科建設得到學校支持經費2400萬元，為學院學科建設提供了重要保證。
學院學術活動頻繁，邀請了國內外知名學者上百人次來院講學，多次主持召開國內學術會議，並成功舉辦了4次大型國際學術會議，這既提高了教師的學術水平，又有力地促進了學院學科建設的快速發展。2001—2005年學術交流統計：舉辦學校交流會議9次，參加會議2次，舉辦物理電子論壇97期，碩士生做報告23人次，博士生做報告14人次，在校專家做報告99人次，國內外專家做報告48人次，院士級專家做報告14人次。
2.教書育人創優秀
2005年學院新增真空電子技術本科專業。全院本科生每年招生人數，從2001年的90人增加到2005年的197人，增加了119%；研究生招生規模每年也大幅增加，到2005年，碩士研究生招生人數增加了220%，博士研究生招生人數翻了一番。目前，學院有研究生500餘人，普通本科生700餘人，成人教育本、專科學生近1000人。
本科教學方麵，“大學物理”和“大學物理實驗”課程的建設水平和教學質量大幅度提高。大學物理、大學物理實驗以及數學物理方法3門課程先後成功申報四川省精品課程。出版教材6本、專著一本。有兩位教師被評為學校“教書育人”優秀個人，有3位教師被評為學校“優秀青年主講教師”。
學院學生工作成績突出，在學生中初步形成了“誌存高遠，勤奮學習，追求卓越”的良好學風，使得人才培養質量有了顯著提高。被公認為在本科生中實現了各科成績合格率高、英語四級通過率高、授位率高、讀研率高、就業率高，違紀率低，即“五高一低”的目標。學生在參加各種競賽中，也成績突出，獲省、部級以上獎項12個。
3.科研成果顯實力
學院一直以來都是學校的重點科研單位，現擁有“大功率微波電真空器件技術”國防重點實驗室和“國家863計劃強輻射”重點實驗室，另外，學院還擁有一些高水平的研究室。承擔了包括國家自然科學基金、國防預研基金、國家“863”高新技術在內的大量研究項目，一些研究項目已取得國內領先、國際先進的科技成果。