物理電子學院於2001年11月由原高能電子學研究所、應用物理係、應用物理研究所合並組建而成（校黨組[2001]58號文）。係、所合並培育了一方優勢互補的熱土，短短5年時間裏，物理電子學院就像成電園裏挺拔俊逸的銀杏林，茁壯成長，枝繁葉茂、碩果累累。
一、艱苦創業夯基礎（1956—2001年）
學院的創業曆史與學校同步。1956年，列別捷夫教授等前蘇聯專家幫助我校籌建了五係“超高頻器件教研室”。1964年，以劉盛綱為首的科研人員組建了五係“微波電子學研究室（530研究室）”。1979年2月，在原“微波電子學研究室”的基礎上成立了“高能電子學研究所”（以下簡稱高能所）。
應用物理研究所（以下簡稱應用所）主要力量最初是由本校原二係微波理論與技術教研室人員加上原物理教研組從事低溫超導的人員組成。1979年2月正式組建了應用所。
應用物理係（以下簡稱物理係）的前身是建於1956年的物理教研室，從1958年起，即開設了“無線電物理”專業，專業方向為毫米波與電磁場理論。1984年9月，根據學科發展的需要組建了應用物理係。
1.科研工作成績突出
高能所、應用所是我校科研的兩支重要生力軍，在劉盛綱院士和林為幹院士的率領下，通過20多年的奮鬥，在國內外的IT行業內產生了重要的影響。
高能所擁有大功率微波電真空器件國防科技重點實驗室、“863計劃”高技術強輻射重點實驗室等9個實驗室。僅“八五”和“九五”期間，高能所共完成科研項目273項，總經費達1.437億元。20多年來共發表論文900多篇，出版教材與專著9部，獲得國家級科技成果獎3項，省、部、國家教委科技成果獎50多項。
應用所則被國家教委、國家科委評為“高等學校科技工作先進集體”；1992年被中國電子科技集團總公司評為“七五預研工作先進集體”。至2000年，共完成了367項科研任務，獲國家獎共8項，省、部級獎60餘項，出版著作26部，發表論文800餘篇。
物理係雖然是以教學為主的單位，卻也十分重視科學研究工作，2001年以前，全係共承擔基礎性科研和開發項目42項，通過省級鑒定19項，其中獲部、省級科技進步二等獎1項，三等獎8項，省教委科技進步二等獎1項，市科技進步三等獎1項，省優秀軟件二、三等獎各一項，同時發表學術論文400餘篇。
2.教學工作成果豐碩
三個單位成立後，招生規模和專業設置都有了不小的變化。高能所與應用所都於1979年開始招收碩士研究生，並於1981年開始招收首批博士研究生。1987年經國家教委批準，高能所正式招收“檢測技術及儀器儀表”專業（1999年更名為“測控技術與儀器”專業）本科生。1996年，應用所正式招收“電子學與信息係統”專業（1999年更名為“電子信息科學與技術”專業）本科生。物理係負責了全校的大學物理和大學物理實驗的教學工作，建係前就招收“無線電物理”專業本科生，1984年8月設“應用物理”專業；1988年4月和1992年12月，又分別建立了學製為三年的製冷設備與低溫、家用電器兩個專科專業。物理係也是學校光學碩士點、博士點以及無線電物理碩士點的組成單位之一，已連續招收20餘屆光學研究生。
教學改革和建設也取得了豐碩的成果。劉盛綱院士編著的《微波電子學導論》（國防工業出版社出版）獲電子工業部優秀教材特等獎和國家教委優秀教材一等獎。應用所獲得了四川省教學成果二等獎一項。物理係先後70餘人次獲得部、省、市、校級的各種獎勵，大學物理課曾被評為學校首批4門優秀課程之一，並被列為省重點建設課程；在實驗教學方麵，物理實驗教研室已發展成為我校物理實驗中心；出版了係列物理教材和專業教材共20餘種。
3.學科建設快速發展
1988年，高能所“物理電子與光電子學”被評為重點學科，所在的一級學科“電子科學與技術”首批被批準建立博士後流動站，是我校當時兩個博士後流動站之一。至2001年10月，已有5個博士學位授權點學科：“物理電子與光電子”、“物理電子學”、“光學工程”、“光學”和“生物醫學工程”。另有“等離子體物理”、“生物物理”和“檢測技術及自動化裝置”3個碩士學位授權點學科。