1989年，學校對院係所的設置進行調整。原三係劃分為兩個單位：半導體材料與器件專業建成“微電子科學與工程係”（仍稱為三係）；電子材料元器件、磁性材料與器件以及應用化學3個專業建成“材料科學與工程係”（十五係），1992年7月在十五係的基礎上成立“信息材料工程學院”，下設電子材料工程係（十五係）、磁性工程係（十七係）、應用化學工程係（十八係）。麵對學校的改革和係所的調整，老三係的師生積極響應學校的號召，繼續在各自的崗位上艱苦奮鬥。雖然行政上是兩套班子，但是在科研過程中，兩單位的師生們密切交流合作，為促進學校的快速發展不懈努力。
這十幾年間，學院乘著學校快速發展的東風，在“九五”期間取得了豐碩的成果。“九五”期間本學科的科研經費（包括縱、橫向科研）合計5500萬元。我院共完成科研項目70餘項，通過省、部級鑒定39項、“九五”期間獲國家級獎勵3項，獲省、部級獎勵19項，其中，獲國家科技進步三等獎1項、獲國家發明四等獎2項、獲省部科技進步二等獎3項、“還原再氧化型半導體陶瓷電容器”科技成果與宏明集團公司聯合轉入生產並投放市場，取得較大的社會經濟效益。“九五”期間發表論文共450多篇（含學術刊物、學術會議），其中SCI、EI、ISTP收錄200多篇。獲國家和部、省級“優秀教材”獎3項，獲省、部級優秀教學成果獎共2項。出版教材（教學用書）共10部。這一時期的發展為學院的跨越發展打下了堅實的基礎。
3.整合資源與大力發展階段（2001—2006年）
隨著全球經濟信息化以及我國電子信息產業蓬勃的發展，微電子與固體電子學院的建設和發展跨入新的曆史階段，學院的綜合實力、科研水平邁上了新的台階。為整合資源，增強學院的綜合實力，2001年11月“微電子科學與工程係”和“信息材料工程學院”兩個單位再次整合成立微電子與固體電子學院。
我院的微電子學與固體電子學在2001年全國重點學科重新申報評議中，本學科通訊評議得票率列微電子學與固體電子學科全國第四。2005年學院成功申報了“電子薄膜與集成器件”國家重點實驗室，顯示出學院雄厚的科研開發實力和完備的軟硬條件。
二、碩果累累
1.學科實力大大增強
經過“211工程”和“985工程”的持續建設，微固學院的學科布局基本成型，優勢學科保持領先，新興學科發展迅猛，學科建設凸顯亮點。其中“微電子與固體電子學”為國家級重點學科，新增“材料科學與工程”一級學科博士點，並建立了博士後流動站。還擁有“微電子學與固體電子學”、“材料物理與化學”、“材料學”、“電子材料與元器件”4個博士點以及應用化學等5個碩士點。2005年新增了“電子薄膜與集成器件”國家重點實驗室，並建立了“國家集成電路”人才培養基地，使得學院的學科實力大大增強，確保了學院持續穩定的發展。
2.科研能力不斷提高
50年來，在全院教職工的不斷努力下，我院的科研能力不斷提高。在“211工程”、“985工程”等幾個重大的戰略機遇麵前，微固人體現出了敏銳的機遇意識和敢為人先的精神風貌，並為後續發展贏得了主動，搶占了先機。在“十五”期間累計共完成科研項目145項。“十五”期間我院的科研經費達到1.3億，“九五”和“十五”的科研經費累計超過2億元。其中包括“國防973”重大基礎研究1項，經費達2500萬元，“總裝934”引進工程2項合計430萬美元等。“十五”期間獲國家級獎勵3項，獲省、部級一等獎5項，省、部級二、三等獎9項。“十五”期間包括在J.A.P和A.P.L等國際重要刊物上發表論文300多篇。獲國家和部、省級“優秀教材”獎3項。獲省、部級優秀教學成果獎共2項，出版專著、教材共13部。這50年來，我院科研水平不斷提高，科研成果碩果累累，累計共獲得國家級獎勵8項，省、部級獎勵63項。
科研論文數量迅速增加，“十五”期間發表論文1040篇，較“九五”450篇成倍增加。發表論文的質量也有大幅度提高，“九五”和“十五”被三大檢索係統檢索的論文近600餘篇。
發明專利申請數也較之以前有大幅度提高，“九五”、“十五”期間共申請專利93項，授權專利23項。同時，學院也非常注重科技成果轉化，在“十五”期間轉換的成果直接經濟效益達4億多元，產生了良好的社會效益。