1991年，校黨委製定了《中層幹部管理條例》（試行），對中層幹部的管理、選拔、考核、培訓、任免、任期、交流以及後備幹部的管理等作了明確規定。
1993年，學校組織全校幹部、黨員和師生員工認真學習黨的十四大報告、《鄧小平文選》以及中央重要文件，並聯係學校實際進行了認真的討論和落實，為學校的改革和發展奠定了堅實的思想基礎。
1995年5月，學校召開了第五次黨代會。黨委書記王明東做了題為“團結拚搏，開拓創新，為把學校辦成國內一流、國際知名的社會主義大學而努力奮鬥”的工作報告。報告指出：要用鄧小平建設有中國特色社會主義理論武裝全黨；加強黨委領導班子建設；加強總支、支部建設；加強後備幹部的培養，完善幹部管理製度。
1978到1999年的12年裏，電子科技大學經曆了學校隸屬關係的幾度改變，學校更名和領導體製變化，同時也經曆了在市場經濟新形勢下社會競爭日益激烈以及國際形勢急劇變化的考驗。在這期間，學校黨委始終堅持黨的基本路線，為推動學校及社會的發展做出了應有的貢獻，學校幹部隊伍建設和黨建工作也取得了較大的進展。
3.深化改革、快速發展階段（2000－2006年）
2000年3月，學校劃轉教育部。2001年4月，教育部黨組調整、充實學校黨、政領導班子。6月和10月，學校黨委分別下發了《關於公開招聘電子科技大學機關中層領導幹部的通知》和《電子科技大學公開選拔聘任各黨總支（直屬支部）和學院及直屬單位領導幹部的通知》，進行校部機關機構改革，院、係及所的調整和幹部全員公開選拔和競聘上崗。此舉在較大程度上推進了幹部年輕化、知識化的進程。
同年11月，學校開展了“三講”教育。校領導班子成員和處級幹部按照“三個代表”的要求，剖析了領導班子和領導幹部在黨性黨風方麵存在的問題，製定了整改方案和措施。
2001年12月，校黨委書記胡樹祥在第十次全國高校黨建工作會議上做了題為《立足發展、深化改革、錘煉作風、按照“三個代表”思想建設高素質的學校幹部隊伍》的大會發言。
2003年1月，學校召開了第六次黨代會。校黨委書記胡樹祥做了題為“認真貫徹十六大精神，全麵加強黨的建設，為建設國內外知名的高水平大學而努力奮鬥”的工作報告。報告提出：要按照“三個代表”的要求，加強黨的思想建設、組織建設和作風建設，為建設國內外知名的高水平大學提供有力的政治保障和精神動力。
為了加強幹部隊伍建設，同年5月，校黨委下發《電子科技大學關於選派領導幹部出國進修的辦法（試行）》，每年選拔2～4名優秀幹部出國進行為期3個月以上的進修學習。12月，校黨委下發《電子科技大學中層幹部年度考核辦法（試行）》，對機關、院、部全體中層幹部進行了考核。
2004年10月，校黨委書記胡樹祥在第十次全國高校黨建工作會議上做了題為《提高學校領導班子領導能力和領導水平，推進學校快速協調發展》的大會發言。
2005年4月，學校行政領導班子換屆。同年7月，根據黨中央和四川省委的部署，學校開展了為期半年的保持共產黨員先進性教育活動，實現了“提高黨員素質、加強基層組織、服務凝聚師生、解決突出問題、促進各項工作”的預期目標，取得了明顯成效。
2006年3月，學校黨委積極貫徹落實第十四次全國高校黨建工作會議精神，製定2006年黨建工作思路，並以文件形式下發各總支。工作思路重點指出：進一步鞏固和擴大整改成果並進行“回頭看”工作；探索保持共產黨員先進性的長效機製；加強黨政班子建設；積極創新基層黨組織活動方式。
在上述工作的推動下，學校幹部隊伍建設和黨建工作在這一時期取得了長足的進步。不僅統一了思想，提高了認識，還拓寬了工作思路，創新了工作途徑，實現了工作的規範化、製度化，更加有力地推動了學校各項中心工作的快速和持續發展。
二、幹部隊伍建設和黨建工作取得的成就
1.提高學校領導班子領導能力和水平，推動學校快速持續發展