不可否認，劉逢祿在形成今文經學的體係時，並沒有完全擺脫乾嘉漢學的影響，也有對《左傳》、《周官》、《毛詩》的一定限度的承認。所謂一定限度是指劉逢祿在治《公羊》時，也偶采《左傳》來廣其異義；在論禮製時，也兼采《周官》為說；早年論《詩經》時，也承認《毛詩》有義例可說，以至將鄭康成與何休相提並論。但是，從總體上說他是自漢代以後曆史上第一位全麵激烈否定古文經學的經學家。他站在今文經學的立場，撰寫《申墨守》與《廣墨守》、《申廢疾》與《廣廢疾》、《申膏肓》與廣膏肓》，重申何休《公羊》今文經學，不遺餘力地否定古文經學《左傳》、《穀梁》，對何休與鄭玄關於《春秋》三傳今古文經學得失高下之爭，完全站在何休的一邊，尖銳地批評鄭玄對古文經學的維護，使漢代的今古文經學之爭在清代被重新引發。而劉逢祿的今文經學體係的核心仍是《公羊》學的三科九旨，他的批判古文經學的主要出發點也是有無三科九旨的經學微言。所以，清代常州《公羊》今文學的形成是以劉逢祿發明三科九旨為基礎的，沒有劉逢祿的重視三科九旨，就沒有清代常州《公羊》今文學。錢穆先生說：“常州之學，起於莊氏，立於劉、宋。”（錢穆：《中國近三百年學術史》，第532頁）孫海波稱常州今文學“至劉氏始專主家法、創條例，重新何氏一家之言，夫而後今文之學，壁壘始森嚴，與方耕麵貌雖似，而精氣迥絕”（孫海波：《中國近三百年學術思想論集·莊方耕學記》，香港崇文書局，第135頁）是合於事實的。從此，清代《公羊》學開始了從重大義轉向重微言的發展階段，也因其重微言的轉變，才使《公羊》學能夠在道鹹以後風靡一時。因為，講求微言給道鹹以後思想發展的需要提供了合適的理論形式。
四劉逢祿《公羊》學的曆史影響
所有在思想文化上具有承前啟後曆史地位的理論，都會對後來的思想文化發生深遠的影響。劉逢祿的經學也不例外，其影響主要體現在兩個方麵：
其一，是其後《公羊》學的興起及社會思潮的形成都同劉逢祿的經學有較為直接的關係。
清代道鹹以降，《公羊》學成為社會思潮的主流，直接的理論來源就是劉逢祿。道鹹間最有影響的思想家龔自珍與魏源，都接受過劉逢祿《公羊》學的教育。龔自珍在嘉慶二十四年，曾從劉逢祿學習《公羊》學；魏源則於嘉慶十九年，在京城從劉逢祿學《公羊》，較龔自珍還早五年。從龔自珍與魏源的思想來看，都明顯受到劉逢祿《公羊》學的影響。梁啟超在《中國近三百年學術史十三·清代學者整理舊學之總成績（一）》中論劉逢祿說：“劉申受逢祿著《公羊何氏釋例》，於是此學大昌，龔定庵自珍、魏默深源、淩曉樓曙、戴子望高都屬於這一派。”無論如何評價龔自珍、魏源的思想，都不可否認他們的思想內容有《公羊》學的成分，而且在他們的思想中這一成分還占有較多的分量。龔自珍與魏源正是發揮劉逢祿的《公羊》學，才形成了富有特色的思想體係，其中《公羊》學的經世致用觀念、批判現實的理念等在他們身上體現得尤其明顯。從莊存與到劉逢祿，《公羊》學都隻是停留在理論的學術層麵，而沒有與現實的社會問題結合起來；龔自珍、魏源則有意識地將其聯係起來，從而使《公羊》學獲得了現實的生存土壤。正是有了這樣的土壤，《公羊》學才真正地獲得了發展的現實基礎，成為晚清社會思潮的主流。其後，廖平、康有為分別借《公羊》學的素王改製說論證各自的政治、曆史哲學，尤其是康有為的學說在晚清產生了暴風雨般的曆史影響，而溯其源則都與劉逢祿的《公羊》學有密切聯係。有了劉逢祿的《公羊》學從大義向微言的轉變，孔子改製說的微言才得以風行，廖平、康有為才得以在其著作中提出各自的具時代內容的新觀念。1923年呂思勉先生在《武進西營劉氏清芬錄序》中說：“蓋自我武進莊氏、劉氏始紹《春秋》之學於既絕，再傳至仁和龔氏、邵陽魏氏，而其說益昌。近世巨儒乃推其說以見之於行事，乃有晚近數十年之變。天人之際，莫知其然而然，然世運將極，有開必先，三數巨儒之功豈少也哉？”就是對劉逢祿的《公羊》學對於晚清影響的最好說明。