其二，是對後來的否定古文經學及借以懷疑兩千年來的傳統文化有直接的影響。
劉逢祿的否定《左傳》，攻擊劉歆作偽，在當時就引起了巨大的反響。而對後來的影響更是大大超過當時，可以與劉逢祿《公羊》學對後世的影響相提並論，甚至有過之而無不及。繼劉逢祿之後，思想界形成了一股以否定《左傳》、《周禮》為代表的古文經學，乃至借以懷疑兩千年來的傳統文化的思潮，其代表人物龔自珍、魏源、崔適、廖平、康有為諸人，無不受到劉逢祿否定《左傳》的影響，甚至近代顧頡剛為代表的古史辨偽派也極其推崇劉逢祿對《左傳》的否定。
龔自珍在道光十三年，曾撰《左氏春秋服杜補義》與《左氏決疣》各一卷，據《己亥雜詩》第五十七首的注說：“癸巳歲，成《左氏春秋服杜補義》一卷，其劉歆竄益左氏顯然有跡者，為《左氏決疣》。”《左氏決疣》雖然已佚，但是，其書攻擊劉歆作偽，與劉逢祿的認為《春秋左傳》為劉歆之偽，顯然是一脈相承。同時，龔自珍對《周官》也多有否定，也認定其與劉歆的作偽、王莽的篡漢有關，這些都源自劉逢祿。魏源的著作也有不少否定《左傳》與批評劉歆的論說。其後廖平所著《古學考》（即《辟劉篇》）更以《周官》為古文經學的根本，並對其作出完全的否定。康有為則以《新學偽經考》，進一步地對《左傳》等古文經學徹底否定。他的《新學偽經考·漢書河間獻王辨偽第四》雖然認為劉逢祿的否定《左傳》等古文經學還不徹底，但也公開承認自己受到劉逢祿的影響：“餘讀《史記·河間獻王》、《魯共王世家》，怪其絕無獻王得書、共王壞壁事，與《漢書》絕殊。竊駭此關《六藝》大典，若誠有之，史公何得無敘之？及讀《儒林傳》，又無《毛詩》、《周官》、《左傳》，乃始大疑。又得魏氏源《詩古微》、劉氏逢祿《左氏春秋考證》，反複證勘，乃大悟劉歆之作偽。”到顧頡剛先生等人古史辨偽時，否定《左傳》仍是最為重要的內容。同時，顧頡剛、張西堂、錢玄同都有對劉逢祿否定《左傳》的稱許。如錢玄同先生的《左氏春秋考證書後》，曾追溯一百年來的“今文學運動”，論及龔自珍、魏源、康有為、崔適的否定古文經學，而以劉逢祿為其起點：
偽經的推翻，劉氏此書為第一部。自此書出而後考辨偽古文經的著作相繼而起，至康長素作《新學偽經考》而偽經之案乃定……這樣一步進一步的辨偽運動，實以劉氏此書為起點……我是極佩服劉申受這部《左氏春秋考證》……康、崔二君之說固精，但實是集一百年今文學考辨之大成而更加以精密的修正者，此考辨偽經最先之一人即是劉申受……偽古文經這個大騙局把人家蒙了一千八百年，從劉申受開始偵查，經了一百餘年之久，到崔觶甫師，才把它完全破案。
盡管錢玄同特別讚揚他的老師崔適的完全破案，但是，對劉逢祿的開拓之功及其重要影響，仍是給予了充分肯定。可以說，晚清以後從龔自珍到古史辨偽派的否定古文經學、懷疑經典文獻的辨偽都與劉逢祿有直接的聯係，都受到過劉逢祿否定古文經學的影響。