他甚至指責整個漢學界說：“曆觀諸家之書，所以標榜宗旨，峻門戶，上援通賢，下讋流俗，眾口一詞，不出於訓詁、小學、名物、製度，棄本貴末，違戾詆誣，於聖人躬行求仁，修齊治平之教，一切抹殺。名為治經，實足亂經；名為衛道，實則叛道……但通其訓詁，而不辨義理。”（方東樹：《漢學商兌》，第312頁。）認為漢學的全部學問不過是訓詁、小學、名物、製度之流，名義上是依據古義，標榜實事求是，實際上是穿鑿附會，隻講訓詁，不顧義理，完全是棄本貴末的亂經叛道。方東樹的批評漢學的不辨義理，抹殺修齊治平，無疑抓住了漢學的兩大弊端。所以，他以為漢學是可有可無的，既無關於個人的身心修養，也無關於天下國家的國計民生：“漢學諸人，堅稱義理存乎訓詁典章製度，而如《考工》車製，江氏有考，戴氏有圖，阮氏、金氏、程氏、錢氏皆言車製，同時著述，言人人殊，訖不知誰為定論……竊以此等明之固佳，即未能明，亦無關於身心性命、國計民生、學術之大”（方東樹：《漢學商兌》，第405頁。）。以實事求是為旗幟，批評宋學空虛無實，本是漢學的特點。而方東樹卻恰恰批評漢學才是最大的無實，如塵飯木胔一般，於個人國家都毫無價值，所謂“無關於身心性命、國計民生、學術之大”。可見，方東樹從宋學立場對漢學的批評，較之宋代以後的理學有一重大的不同，這就是重點已經不在對性理義蘊的闡發，而是強調程朱理學中的經世功用。（馮天瑜：《晚清經世實學》，上海社會科學院出版社，2002年，第81頁。）這與戴震在晚年對漢學的反省異曲同工，都表現了對乾嘉漢學斤斤於文字訓詁的不滿與厭惡，而希望用一種可以有利於國計民生的學說來取代乾嘉漢學，以滿足時代的經世致用的需求。
但是，從漢學的文字訓詁本身是不可能產生出這樣的學說的，以心性學說為中心的宋學也不可能催生出這樣的學說，而當時也不具備形成適應時代需求的新理論的曆史條件，所以，人們隻能從以往的學術中去尋求新的理論，而西漢的《公羊》學無疑成為最適合的選擇。正如朱一新所說，漢學家既“瑣碎而鮮心得，高明者又悟其非，而又炫於時尚；宋儒義理之學，深所諱言。於是求之漢儒，惟董生之言最精；求之六經，惟《春秋》改製之說最易附會”（朱一新：《無邪堂答問》卷一，中華書局，2000年，第25頁。）。朱一新之說有欠準確，因為以改製附會為說成於晚清的廖平、康有為，而在清代《公羊》學成於劉逢祿之時，並沒有用改製說附會為說的現象，而且這恰好是劉逢祿所忌諱的，劉逢祿的著作基本上不言孔子為素王，無一講孔子改製，就是最好的證明。但是，朱一新之說道出了《公羊》學在嘉慶、道光年間得以確立的原因：一方麵是學術界對漢學的不滿；另一方麵是在傳統學術中，董仲舒、何休為代表的《公羊》學是最適合需要的理論，因為《公羊》學本為漢學的一家之學，此學重義例的發揮，又以義理為主，它既不至引起重家法、重條例的漢學的反對，又可補漢學之失，也可以與宋學的重義理相協調，同時又是與乾嘉漢學、宋學不同的“新”理論。劉逢祿的《公羊》學正是在這樣的曆史背景下，適應時代學術風氣的變化要求而出現的。正如錢穆先生所說：“值時運世風之變，而治經之業乃折而萃於《春秋》，治《春秋》又折而趨於《公羊》焉。”（錢穆：《中國近三百年學術史》，第528頁。）
如梁啟超、錢穆等人所說，從經學史的發展來看，劉逢祿的《公羊》學是沿著莊存與、莊述祖而來的，但是，劉逢祿的《公羊》學不僅與莊述祖有較大的不同，更與莊存與有所區別。正是有了劉逢祿的《公羊》學，以尊奉《公羊》為主的常州學派才得以形成，並為晚清的《公羊》學的風行提供條件。劉逢祿可以說是清代《公羊》學形成的關鍵性人物，如果沒有他的《公羊》學，一方麵，莊存與與莊述祖所講的《公羊》學絕不可能發展為帶有體係性的完整學說，《公羊》學也不可能發展為與漢學相抗衡的學術；另一方麵，也不可能有可供利用的較為現成的《公羊》學為龔自珍、魏源乃至廖平、康有為發揮附會，從而使之成為風行一時的顯學。這也說明劉逢祿所建立的《公羊》學的確適應了時代要求變化理論的需求，否則，劉逢祿的經學絕不可能在後來引起那樣大的社會反響，《公羊》學也不可能一度成為思想文化的主流。
但是，劉逢祿的《公羊》學對於時代變革需求的適應是相對的。在古今中外的曆史發生變化尤其是發生帶有轉型性質的變化時，總會出現與以往不同的“新”理論，這些理論都是時代發展要求的反映。但是，並不是所有“新”出現的理論，都能夠充分滿足時代變化的需要。一種理論對時代變化的滿足程度，決定了其理論價值的高低。隻有充分符合時代要求的理論，才是最有價值的理論。所謂充分符合時代需要的理論，不僅指它是一種不同於舊理論的新理論，更是指它可以回答時代需要解答的課題，並給出未來社會發展的答案，也唯有這樣的理論才是具有真正“新”義的理論。而這樣的新理論較之以往的理論往往是具有某種質的變化的理論，是代表一個新的時代、新的社會階層的要求的新理論，這樣的理論隻有在具備了它得以產生的曆史條件之後才可能出現。劉逢祿的時代乃至龔自珍、魏源的時代，都不具備這樣的曆史條件。所以，劉逢祿的經學較之乾嘉漢學，雖是一種“新”的理論，是時代發展要求新學術出現這一需求的體現，但是，它的“新”隻是相對於乾嘉漢學與宋學而言，它本質上仍然是曆史上已有的理論，並不具有能夠回答時代課題需要的意義，更不具備提供未來社會發展答案的價值。它隻是從學術的角度，建立起了一個不同於乾嘉漢學與宋學的今文《公羊》學體係。