劉逢祿的《公羊》學是以三科九旨為核心的經學體係。無論是他對《公羊》學的正麵闡述，還是以《公羊》解說《論語》、遍說群經，或者對背離三科九旨的人物（如孔廣森、錢大昕）、著述（主要是《左傳》、《穀梁》）的激烈批判，都是以《公羊》學的三科九旨為其最終的依據。而三科九旨正是今文《公羊》學的重心，說劉逢祿的經學是向西漢今文經學的回複是有道理的。但是，劉逢祿的這一經學思想，又決不僅僅是西漢今文《公羊》學的簡單回複，而是清代乾嘉漢學盛極而衰的物極必反的表現。它適應了社會發展變化需要新的理論出現的時代要求，在晚清思想文化史上具有承前啟後的地位，並產生了重大的社會影響，具有極其重要的曆史意義。
一世運學風的轉變
清代在乾隆年間達到鼎盛的局麵，但在乾隆後期就開始了由盛轉衰的曆史變化。如果說莊存與生活的乾隆時代，這種由盛轉衰還不明顯，那麼劉逢祿所主要生活的嘉慶時期，尤其是道光初年，這種變化就較為顯著了。曆史的變化總會在思想文化上表現出來，劉逢祿的經學可以說就是這一世運變化的反映。
錢穆先生在《國學概論·清代考證學》中談到學術變遷嬗遞時說：“夫學術猶果實，成熟則爛而落，而新生之可見者也。”（錢穆：《國學概論》，商務印書館，1997年，第257頁。）清代乾嘉漢學到劉逢祿的時候，可以說是其成熟而爛的時期。在劉逢祿出生（1776）前後，吳學與皖學的代表人物惠棟（1667-1758）與戴震（1723-1777）相繼去世，段玉裁、王念孫等一輩人也已經名聲顯赫。乾嘉漢學如日中天，人人汲汲於聲音、文字、訓詁、考據、典章、製度、輯佚，並成為時尚，同時漢學不重義理、脫離現實、不講求國計民生、不談經世致用的弊端也暴露出來。而社會日益走向衰敗的現實，也迫使人們對漢學作出反思，在漢學之外尋求挽救衰敗的新理論。伴隨著清王朝統治的削弱，文字獄在嘉慶時也被逐漸淡化，使人們有了在漢學、宋學之外另尋理論出路的政治、文化空間。所以，乾嘉漢學開始受到包括一些漢學家在內的批評與懷疑，從而出現了與文字訓詁不同的新趨向。
被稱為乾嘉漢學集大成者的戴震，晚年其實也已經不滿於漢學的文字訓詁，而以批判理學的以理殺人、闡發義理為其學術的最後歸宿，以達其“正人心”、“施政利民”之用。所以，他撰寫了《孟子字義疏證》，並自許：“仆生平著述之大，以《孟子字義疏證》為第一，此以正人心之要。”（戴霞：《孟子字義疏證》，中華書局，1982年，第186頁。）他的弟子段玉裁在《戴東原集序》中也說：“淺者乃求先生於一名一物一字一句之間，惑也。”並說先生之學“用則施政利民，舍則垂世立教而無蔽”。間於戴震與劉逢祿之間的漢學家汪中，在《廣陵通典跋》中也宣稱自己“尤服膺顧處士（即顧炎武）為經世之學”。這些學者都以經世利民為其思想學術的指歸，與乾嘉漢學的文字訓詁異趣。比劉逢祿稍大的皖派經學家淩廷堪（1775-1809）則公開批評當時漢學末流之弊，他在《與胡敬仲書》中批評漢學的“浮慕者”“襲其名而失其實，得其似而遺其真”，“不明千古學術之源流，而但以譏彈宋儒為能事，所謂天下不見學術之異，其弊將有不可勝言者”（淩廷堪：《校禮堂文集》，卷二十三，中華書局，1998年。）。漢學陣營內部出現這些不同聲響，說明漢學界的有識之士也不再迷信漢學，轉而承認漢學是有缺失弊端的，並希望用儒學傳統的關心國計民生、經世致用的理念來矯正漢學之失。
在劉逢祿46歲的嘉慶二十三年，漢學家江藩出版了《漢學師承記》一書，這部書在漢學與宋學中都引起了較大的反響。隨後，以理學正宗自居的桐城派學者方東樹撰寫《漢學商兌》，對漢學進行了公開的反擊與激烈的批判。他批評漢學有六蔽，指名道姓地批評漢學最有代表性的戴震、惠棟、錢大昕三位大家。他批評戴震說：“戴氏號漢學魁傑，諸人推之，以為集大成者，而其論乃失真，抵牾如是，則其餘可知矣。”（方東樹：《漢學商兌》卷中之下，《漢學師承記》（外兩種），三聯書店，1998年，第314頁。）他說戴震的學說“考實案形，全屬影響……陋妄無稽，最為可笑”；他批評錢大昕說：“錢氏於時，號稱通儒，而罔氣如此，固知漢學皆亂道，由其隻顧力標宗旨，不顧是非，蔑義理，而不求於心也”（方東樹：《漢學商兌》，第317頁。）；他批評惠氏說：“漢學家立論矯誣，大率如此，新學小生，無識傅會，堅執並為一談，牢不可破，弗思耳矣！惠氏為漢學之祖，影響浮遊如此，固知漢學不足信也”（方東樹：《漢學商兌》，第319頁。）。他認為乾嘉漢學的主要代表在學術上不是失真抵牾、陋妄無稽、傅會浮遊，就是惑亂聖道、蔑棄義理。漢學之祖、漢學的通儒、漢學的集大成者都不過如此，其他漢學家的學說自然就更不值一談。盡管方東樹的批評充滿不同學派間的敵對攻擊之義，不恰當地完全否定了乾嘉漢學的價值，但是，也確實觸及到了乾嘉漢學的弊端所在。