誠然，這些批評都抓住了宋翔鳳經學的弱點。但是，對宋翔鳳的雜引讖緯、牽強附會還是有辯說的必要。
關於宋翔鳳的雜引讖緯，陳鵬鳴在其《宋翔鳳經學思想研究》中已有辨析。他認為宋翔鳳並不相信讖緯之說。讖與緯在經學中本是有區別的，據《四庫總目提要》的說法：“其實讖自讖，緯自緯，非一類也。讖者，詭為隱語，預決吉凶”；“緯者，經之支流，衍及旁義”（《四庫全書總目》，中華書局，1965年，第47頁。）。宋翔鳳對讖緯的態度是有區別的。他把神仙不死之類迷信說法貶斥為邪議，他甚至說“緯書之曲說，非正經之通義”（《過庭錄》，中華書局，1986年，第72-76頁。）。綜觀宋翔鳳的著作，還沒有看到他神化孔子，詭為隱語，預示當前及未來吉凶禍福的文字。章炳麟是古文經學家，對於宋翔鳳采納今文經學的觀點往往不能接受，遂斥之為讖緯迷信，對此不可不察。（陳鵬鳴：《宋翔鳳經學思想研究》，《中華文化論壇》2001年第4期，第106頁。）
讖緯不僅有預決吉凶的迷信內容，也有經學、諸子、天文、地理、曆史、名物製度等各個方麵的知識內容。我們不能根據某著作引有讖緯，就一定判定其說有視為神秘之詞。宋翔鳳雖然引用過讖緯，但是，基本上隻是引用緯書，他的引用緯書全都是用以說明孔子素王說的。而引用讖書在《論語說義》中僅一見，並且是用來考辨孔子弟子子然的。可見，宋翔鳳基本上是不引讖書的，而多次引用緯書也是為論說其孔子素王說的經學微言的。孔子素王說為《公羊》學，《公羊》為齊學，齊學與讖緯的關係尤為密切。《公羊》學家董仲舒的思想是讖緯的重要來源，讖緯出現後，凡言孔子素王說者，幾乎沒有不引讖緯為說的。所以，宋翔鳳的引用讖緯並不奇怪，他的引用緯書是由其孔子素王說的內容而導致的。而且宋翔鳳的引用讖緯與讖緯神學有一重要的區別，就是讖緯神學言孔子有大量的神秘奇怪之說，宋翔鳳卻幾乎沒有引用讖緯中關於神化孔子的言論。
宋翔鳳對經學的牽強附會之說，也與其發揮孔子素王說相關。孔子素王說與《公羊》學的三科九旨等說是不同的，三科九旨等微言經過董仲舒、何休尤其是劉逢祿的論說，其內容已經是確定的，無論怎樣論說都一定不易。如對張三世，就隻能從所傳聞世、所聞世、所見世，及據亂、升平、太平來論說。孔子素王說則不然，不同的人可以從同一的孔子素王說來說出孔子微言的不同內容，而要由同一的孔子素王說說出各自的所謂經學微言，就必然在論證時墮入牽強附會。離開牽強附會，各自所謂的微言就不可能發揮出來。所以，我們看到宋翔鳳的牽強附會，無不是與發揮所謂微言相關。如果沒有孔子素王說的微言發揮，就不可能有宋翔鳳經學的牽強附會、雜引讖緯。而宋翔鳳經學最有時代意義的，也在其對孔子素王說的微言發揮。