三孔老同源說的援道入儒
自戰國以後，儒家與道家之間就一直存在著紛爭。儒家尊孔子，道家崇老子，各有宗主，其學術旨趣也不同。宋翔鳳治《論語》，《論語》為儒家典籍，當尊孔子而貶老子，但是，宋翔鳳卻孔子、老子並尊，提出孔老同源說。宋翔鳳此說是將道家之說引入儒家經學，為莊存與、劉逢祿的經學所無，是宋翔鳳經學的又一個特色。
宋翔鳳的孔老同源說，將黃帝追溯為老學、孔學共同之源。他在《論語說義》中有一大段論說，以彭祖為殷之守藏史，在周為柱下史，老子繼彭祖為周之守藏史；而殷《易》名《歸藏》，《歸藏》本為黃帝《易》，由此而得出“《易》、《老子》之學出於黃帝”（宋翔鳳：《論語說義四》，《皇清經解續編》卷三九二，第1頁。此說亦見《說義七》，第2頁。）的結論。為證老學本於黃帝，宋翔鳳說：
老子為黃帝之學何證？考黃帝號曰自然……故老子自然之說皆黃帝之說也。（宋翔鳳：《論語說義四》，《皇清經解續編》卷三九二，第2頁。）
黃帝始造文字，始一終亥，皆本《歸藏》……知《老子》所述，皆黃帝之說，《歸藏》之說也。（宋翔鳳：《論語說義四》，《皇清經解續編》卷三九二，第3頁。）
他認為黃帝號自然，老子學說以自然為宗；黃帝造文字，從一終亥，《老子》一書亦據以發揮，所以，老子的學說都出自黃帝。所謂黃帝號自然之說，其說並不見於先秦典籍，而是出於《白虎通·號諡章》“有熊”之偽。清人梁玉繩早在乾隆五十一年成書的《漢書·人表考》卷一中已經指出：“《白虎通·號諡章》曰黃自然，餘姚盧學士文弨校本以自然為有熊之偽，甚確。”（梁玉繩等：《史記漢書諸表訂補十種》下冊，中華書局，1982年，第497頁。）故此說實難以為據。孔子在春秋時已有文獻缺失，夏禮、殷禮不足征之歎，二千五百年後的宋翔鳳又從何而得知遠比夏代、殷代更古老的黃帝之說，而且就認定《老子》之學即本於黃帝呢？這既難驗之於事，也難證之於理，而與他的“揆之事理”的治學理念相違背。
在論說《老子》之學歸本黃帝、《歸藏》之後，宋翔鳳緊接著又提出孔子之《易》與《春秋》多取《歸藏》之說：
又觀《十翼》之文，則孔子讚《易》，亦多取於《歸藏》。《易》、《春秋》為微言所存，故從“竊取”之者也。《春秋》去文從質，般禮也，宋不足征，求於柱下，得之老彭，問禮老聃，《春秋》之禮皆般禮也，《小戴》所錄七十子之記皆為殷禮，合乎《春秋》，蓋問乎老聃而折其中，不徒《曾子問》之所記也，故《春秋》為禮義之大宗。（宋翔鳳：《論語說義四》，《皇清經解續編》卷三九二，第3頁。）