宋翔鳳以《周官》出於西漢之末，為戰國陰謀之書，無有師傳，皆為何休、劉逢祿已有之說。不同的是宋翔鳳在論說《周官》不同於今文經學時，特別強調今文經學的《春秋》、《論語》、《王製》、《孟子》、七十子之說、漢代博士的“所言製度，罔不合一”，具有上升到今古文兩個經學基本派別對立高度的意義；而他以古文經學是據《周禮》轉詁他經而形成，則含有以《周官》為古文經學之宗的觀念。他明確從製度上肯定今文經學的無不合一，更帶有從製度區分今古文經學之義。而宋翔鳳所謂製度也就是禮製，他在區分《春秋》與《周官》的不同時，就專門以禮製為說：“孔子之《春秋》也，故《春秋》之法而不合於《周禮》。禮，今文家所傳具在，惟知禮而後可以作《春秋》”（宋翔鳳：《論語說義十》，《皇清經解續編》卷三九七，第1-3頁。）。這些都是後來廖平以禮製平分今古文經學的基本觀念。
正因如此，宋翔鳳在否定《周官》時，常常是將《周官》與整個今文經學相對立。如他說：“《小戴記》與《春秋》、《論語》同一家法，不與《周禮》同也。”（宋翔鳳：《論語說義八》，《皇清經解續編》卷三九六，第3頁。）以今文經學各派為“同一家法”，則《周官》與今文經學的任何派別都是不同的。這就將《周官》與《春秋》等今文經學的不同上升到經學兩個基本派別的不同。
對於《左傳》，宋翔鳳據劉逢祿之論，以其書為不傳《春秋》的史記。他說：
孟子曰：“晉之《乘》，楚之《檮杌》，魯之《春秋》，一也，其事則齊桓晉文，其文則史，其義則某竊取之矣。”趙岐注曰：“《春秋》以二始舉四時記萬事之名……”孔子自謂竊取之，以為素王也。按：所謂其文則史者，謂左丘明之書也，丘明為魯太史，自紀當時之事，成魯史記，故漢太常博士鹹謂左氏為不傳《春秋》。求《春秋》之義則在《公羊》、《穀梁》兩家之學，然考當時諸侯卿大夫之事，莫備於左氏，其人質直有恥，孔子引與相同，故其書宜為良史，終不可廢，但當辨其古字古言，而芟夷其竄亂，固在好學深思之人矣。（宋翔鳳：《論語說義三》，《皇清經解續編》卷三九一，第7頁。）
《左傳》為左丘明所著的史書，可用以考辨春秋時期的諸侯大夫之事；而《春秋》是孔子素王之義的寄托，為《公羊》、《榖梁》兩家所傳，故《左傳》與孔子的《春秋》是沒有關係的。這是從經史之分來區分《左傳》與《春秋》，為曆代主《公羊》學者的共識，劉逢祿亦早有詳說。
宋翔鳳還沿襲劉逢祿《左氏春秋考證》之說，認為今存《左傳》有劉歆的偽竄：
《左氏》不傳《春秋》，其雲春正月、夏四月，以《史記》引《左氏》校之，往往無春、夏字，知劉歆以傳合經，始依經文加之，實違《春秋》之義。自歆改左氏而班固撰《漢書》，於《史記》幾月之上皆加春、夏字以歸畫一。（如史記高祖紀漢元年十月沛公至霸上，漢書作冬十月，不知尚是建申之月，為孟秋也。）（宋翔鳳：《論語說義八》，《皇清經解續編》卷三九六，第2頁。）
《左傳》以閏月不告朔為非禮，此劉歆竄入，與兩家立異，《左氏》不傳《春秋》，凡釋經之處皆竄入也。（宋翔鳳：《論語說義二》，《皇清經解續編》卷三九〇，第10頁。）
《左傳》紀事原本無春、夏等字，現在所有“春”、“夏”諸字及解釋《春秋》的文字，皆為劉歆所加。這些說法，亦是劉逢祿已經一再申論之說，宋翔鳳並無自己的發明。
宋翔鳳對於《左傳》的否定有新意之處，依然是同否定《周官》一樣，將其上升到今古文經學兩個基本派別的對立上。他說：
《春秋》古經十二篇，經十一卷。《公羊》、《穀梁》兩家，古經十二篇；《左氏》之學無博士所傳，經十一卷，出今文家係閔公與莊公下，博士傳其說曰：“子未三年，無改於父道。”傳曰：“曷為於其封內三年稱子，緣孝子之心，則三年不忍當也。”（見何休《公羊》閔二年傳注）《論語》微言與《春秋》相通，明三年無改之道，以示繼體為政之法，而孝道以立，孰謂七十子喪而大義乖乎？（宋翔鳳：《論語說義一》，《皇清經解續編》卷三八九，第6頁。）（此以“三年無改孝道”指繼體為政之君）