先王之立禮也，有本有文。忠信，禮之本也；義理，禮之文也。無本不立，無文不行。……然竟《論語》二十篇，皆言仁、言孝弟、言忠信，而不言從質之故，以禮之本固自有在，而非文質所能與也。此言儉、言戚，以見孝弟忠信之實，主文主質，皆莫能外此也。（宋翔鳳：《論語說義二》，《皇清經解續編》卷三九〇，第4-5頁。）
一者，禮之不可易也、本也。文質者，順時而變者也，禮之末也。《春秋》家謂三代一質一文，以再而複。而《表記》曰：“虞夏之質，殷周之文，至矣。”夫子曰：“虞夏之文，不勝其質，殷周之質，不勝其文。”其文質互言，明王者製度之所消息也。……君子之道當因其勝者這民，順而易行，非質勝而改文，文勝而改質也。（宋翔鳳：《論語說義三》，《皇清經解續編》卷三九一，第11頁。）
孔子受命作《春秋》，去周之文，從商之質，亦以人心風俗，其機可乘也。（宋翔鳳：《論語說義五》，《皇清經解續編》卷三九三，第2頁。）
宋翔鳳明確反對《春秋》家的一質一文、再而複的曆史循環變化觀，認為從文、從質不過是王者順應時局的變化，因文、質之勝所采取的一種措施或策略，而不是質勝就改從文，文勝而就改從質。不論是從質還是從文，都有一個永恒不變的東西，這就是仁義忠信孝弟等，即宋翔鳳稱之為所謂禮之本的道德倫常。這與董仲舒著名的“天不變道亦不變”之說是如出一轍的，而與宋翔鳳在論張三世時所重視的除舊布新是不協調的。但是，宋翔鳳也承認文質的順時而變，並不完全否定發展變化。
宋翔鳳也論及“通三統”，他在解釋“子張問十世可知乎？子曰：‘殷因於夏禮所損益可知也，周因於殷禮所損益可知也，其或繼周者雖百亡可知也’”時說：
素王受命之事子張能知之，故問受命作春秋之後其法可以十世乎，十世謂三百年也，孔子為言損益三代之禮，成《春秋》之製，將百世而不易，何止十世也，如董生所記三代改製質文，而所損益之故，大可知矣。孔子作《春秋》以當新王而通三統，與《論語》答顏淵問為邦，因四代之禮，成製作損益之原，其道如一。（宋翔鳳：《論語說義一》，《皇清經解續編》卷三八九，第12頁。）
由此可見，宋翔鳳對通三統之說的論說，隻是說到孔子以《春秋》當新王，具有通三通之義，倒是較為注重通三通與改製質文、四代損益的“其道如一”，《春秋》的百世不易。
在論宋翔鳳的經學時，人們常常依據宋翔鳳的上述論說，來判定宋翔鳳的經學是對《公羊》今文經學的發揮，這是有道理的；但是，也應該看到宋翔鳳的經學雖然采《公羊》學之說，卻並沒有像劉逢祿那樣以發揮三科九旨為宗，而且基本沒有關於九旨的論說，即使是論張三世、通三統、異內外的三科，宋翔鳳也少有三科本身的論說，更談不上像劉逢祿那樣的係統論說了。在談到《公羊》學的其他重要觀念時也是如此，如論及《公羊》學的“王魯”說，他隻是說：“《春秋》托王於魯，以天下之思周公也。”（宋翔鳳：《論語說義二》，《皇清經解續編》卷三九〇，第9頁。）“《春秋》托王於魯，故亦可謂之魯禮。”（宋翔鳳：《論語說義八》，《皇清經解續編》卷三九六，第3頁。）而沒有對王魯說的本身假魯國為王的論說。而且，宋翔鳳即使是在采《公羊》學之說時，也有取古文經學為說的情況，如論張三世的除舊布新之義時，就取《左傳》之說。因此，我們不應該僅僅從張三世、通三統、異內外等說去過分強調宋翔鳳的經學與《公羊》學的聯係，也應該看到其差異。
而《公羊》學的三科與九旨是有分別的，三科重微言的發揮，九旨重筆法的說明。宋翔鳳於三科九旨，幾乎不言九旨，隻言三科，說明宋翔鳳對《公羊》學感興趣的是三科的微言，對九旨的筆法是不關注的。而宋翔鳳論三科的微言都貫穿著曆史觀的理念，其論文質說也重在對曆史觀的論說，所以，宋翔鳳的發揮《公羊》學主要是曆史觀。盡管宋翔鳳在其論說中將儒家禮義與孔子製作絕對化，以儒家禮義萬古不變，孔子製作可以通行萬世；但是，這不過是自漢代以後思想界、文化界的律條，是宋翔鳳經學思想受到時代局限的反映，並不能代表宋翔鳳經學曆史觀的特點，因此不能據此就判定宋翔鳳的經學曆史觀就是形而上學、反對發展變化的。最能代表宋翔鳳經學曆史觀的是他在論張三世時關於除舊布新的觀念，說明宋翔鳳在《論語說義》借《公羊》學所要闡發的曆史觀，主要是發展變化的曆史觀。在這一點上，宋翔鳳與劉逢祿較為接近，而與莊存與的重視大一統有所不同。對《公羊》學不同內容的重視，隱約地折射出時代變化在經學上的反映。
四對古文經學的否定
宋翔鳳從《公羊》來發揮《春秋》微言，無疑受到劉逢祿的影響。與之相聯係的是宋翔鳳一改早年的相信《周官》與《左傳》，而對《左傳》、《周官》為代表的古文經學持否定的態度。但是，劉逢祿的否定《左傳》、《周官》，一般隻是就二書本身而論，而少有上升到今古文經學的對立。宋翔鳳恰恰相反，他的否定《左傳》、《周官》時常是從今古文經學對立的高度而言。如他批評《周禮》：
公羊何休說曰：（昭元年注）十井為一乘，公侯封方百裏，凡千乘，伯四百七十乘，子男二百三十乘。按：此與包鹹解《論語》義同。孟子武王之伐殷也，革車三百兩，虎貴三千人，此一乘車士十人也。……按：包氏《論語章句》，其書為《魯論語》，今文說也。今文家傳《春秋》、《論語》，為得聖人之意。今文家者，博士之所傳，自七十子之徒，遞相授受，至漢時而不絕，如《王製》、《孟子》之書所言製度，罔不合一。自古文家得《周官》經於屋壁，西漢之末，錄之中秘，謂是周公所作，凡他經之不合者，鹹斯之曰夏股。其實《春秋》為孔子所定，本堯舜文王之意，述三代之製，斟酌至當，百世不易，孟子得《春秋》之傳，故稱周公封魯，太公封齊，為方百裏，今魯方百裏者五，有王者作，魯在所損乎？在所益乎？則大國百裏不可逾也。《周禮》之傳，無所師承，或者戰國諸人刓周公之製作，去其籍而易其文，以合其毀壞並兼之術，故何君譏為戰國陰謀之書，馬、鄭兩君篤信古文，輒就《周禮》轉詁他經，幾使孔、孟之所傳分為兩家之異學，積疑未明，大義斯蔽，後之儒者不可不辨也。（宋翔鳳：《論語說義一》，《皇清經解續編》卷三八九，第3頁。）