三孔子微言備於《論語》
宋翔鳳晚年的微言大義說，以《易》與《春秋》為孔子微言的經典，但是，他又認為《易》、《春秋》之微多未顯彰，而其說備於《論語》二十篇，所謂“孔子受命作《春秋》，其微言備於《論語》”（宋翔鳳：《論語說義一》，《皇清經解續編》卷三八九，第1頁。）。所以，探求孔子的微言，應當主要從《論語》中去尋求。
以此出發，宋翔鳳認為《論語》各篇都是發揮孔子微言的作品。如他說：
先王既沒，明堂之政湮，太學之教廢，孝弟忠信不修。孔子受命作《春秋》，其微言備於《論語》，遂首言立學之義曰“學而時習之，不亦說乎！”……“人不知而不慍”，謂當時君子皆不知孔子，而天自知孔子，使受命當素王，則又何所慍於人？……《禮運》記以禹、湯、文、武、成王、周公為六君子，以素王當之，亦繼君子之號。先王興學以治人情，聖人設教以維世，故作君作師，統緒若一也。（宋翔鳳：《論語說義一》，《皇清經解續編》卷三八九，第1頁。）
《論語》於《學而》之後次《為政》之篇者，著明堂法天之義，亦微言之未絕也。（宋翔鳳：《論語說義一》，《皇清經解續編》卷三八九，第7頁。）
《學而》、《為政》二篇，明太學、明堂之法，《八佾》一篇遂明宗廟之禮。曰庭曰堂皆在廟中。《孝經》曰：“宗廟致敬，鬼神著矣。孝弟之至，通於神明，光於四海。”是宗廟之法，見孝弟之至，而為仁之本，如季氏三家之僭，無君臣父子之義，何有於敬，何有於孝弟，禮之本既蕩焉泯焉，故謂之忍謂之不仁，微言之所存，亦可思矣。（宋翔鳳：《論語說義二》，《皇清經解續編》卷三九〇，第1頁。）
此篇（指《子罕篇》）之文皆以說聖人微言之故。（宋翔鳳：《論語說義五》，《皇清經解續編》卷三九三，第1頁。）
《公冶長》一篇言卿大夫之事，故究之以忠信好學。（宋翔鳳：《論語說義三》，《皇清經解續編》卷三九一，第8頁。）
《雍也》篇明人君之道，故究以《中庸》之為德與立人達人之說也。（同上。）
《裏仁》專論人之心術為風俗之所係。（宋翔鳳：《論語說義二》，《皇清經解續編》卷三九〇，第28頁。）
故《論語說義》一書，對《論語》的各篇都有孔子微言的“發現”。在《論語說義》的最後一卷，宋翔鳳更有一大段類似全書結束語的總結性論說，集中地論說了孔子微言備於《論語》的觀點：
子曰：“中庸之為德也，其至矣乎，民鮮久矣。”此孔子之微言也。堯曰：“谘爾，舜天之曆數在爾躬，允執其中，四海困窮，天祿永終。”此堯之中庸也。由是受命有天下者，皆有中庸之德。故《禮·中庸》記曰：“舜其大知也與，舜好問而好察邇言，執其兩端，用其中於民。”《孟子》曰：“湯執中立賢無方。”《洪範》曰：“五皇極，皇建其有極。”《傳》曰：“皇，大極也。”凡此皆言中庸之德也。庸者，用也，能用中者斯謂中庸，蓋學問不出於中，則邪辟隱怪而不可用以為治，是中庸之為德乃自古聖王相傳之大法，而莫之可改，此其所以為至也。文武既遠，斯理絕續，五德之運將歸素王，故孔子歎為民鮮久矣，而己當應其時也。故《堯曰》一篇，敘堯舜禹湯及周，而繼之以子張問從政，言尊五美，屏四惡，皆本執中之義而用之。複繼之曰：“不知命，無以為君子。”命者，天命，知天命之所與，而受之，見素王之成功，遂發之於此，則孔子受命之事顯然可知矣，《春秋說》：“孔子母夢黑帝而生，故曰元聖。”《堯曰》篇述元牡者，見受命之應也。繼之言知禮，《為政篇》曰：“子張問十世可知也，子曰：殷因於夏，所損益可知也；周因於殷禮，所損益可知也；其或繼周者，雖百世可知也。”此明三統之義，故舉夏殷周而不及虞。《春秋》於三正並冠以春王，蓋知其所損益，則三代之理自見，其或繼周者，孔子之《春秋》也，故成《春秋》之法而不合於周禮。禮，今文家所傳具在，惟知禮而後可以作《春秋》，以為後世有天下者之則，故聖人所以為百世師也，終之曰：“不知言，無以知人也。”可以見《論語》一書，皆聖人微言之所存。子貢以夫子之文章與夫子之言性與天道為二，又曰：“子罕言利與命與仁。”又曰：“子曰：‘餘欲無言。’子貢曰：‘子如不言，則小子何述焉。’”子曰：“天何言哉？四時行焉，百物生焉，天何言哉？”此孔子微言之所在也。人之所以異於禽獸者幾希，庶民去之，君子存之，有知命之君子傳微言，以治天下之人，別之於禽獸之域，存之於幾希之間，知人之非易易也。子思明聖祖之意，為《中庸》一篇。而曰“仲尼祖述堯舜，憲章文武”。於《易》成既濟，《春秋》受命致太平之道，昭揭無遺，日而月之，而終言“上天之載，無聲無臭，至矣”，即“天何言哉”之義，此發揮微言，以著大義也。《孟子》稱：我知言，先陳詖淫邪遁之害，如百家之說是也，而後言願學孔子，又記宰我、子貢、有若之辭。趙岐說曰：“從孔子後百世上推，等其德於前百世之聖王，無能違離孔子道者。”其說與繼周之義相為發明，吾故曰：仲尼沒而微言絕，七十子喪而大義乖。蓋其命意備於傳記，千百世而不泯者，故好學深思者之所任也。（宋翔鳳：《論語說義十》，《皇清經解續編》卷三九七，第1-3頁。）
宋翔鳳在這段話中，對孔子的微言作出了多方麵的論說，可以說是他的微言說的集中體現，這點將在後麵分別論述。這裏需指出的是，宋翔鳳的“繼之以子張問從政”、“複繼之曰”、“繼之言知禮”、“而終言”雲雲，不過是要說明《論語》全書都是孔子微言的闡發，而且這些微言是具有內在邏輯聯係的，這就是所謂“《論語》一書，皆聖人微言之所存”。而他的引《易》、《春秋》、《中庸》、《孟子》與《論語》相互發明，則是要說明《論語》的微言與《易》、《春秋》、《中庸》、《孟子》是相通的。因此，宋翔鳳實際上是以孔子的微言集中體現於《論語》，是以《論語》統綜六經與諸子傳記。漢儒趙岐曾說：“《論語》者，《五經》之，《六藝》之喉衿也。”（趙岐：《孟子題辭》，轉引自焦循《孟子正義》卷一，中華書局，1987年。）宋翔鳳以孔子微言備於《論語》，與趙岐之說不同，但同樣是將《論語》視為理解五經的關鍵所在。這與劉逢祿的以微言集中見於《公羊》，《論語》隻是《公羊》微言的發揮有所不同。因此，在孔子微言的論說上，劉逢祿是重《公羊》，宋翔鳳則是重《論語》。