宋翔鳳的這一微言大義說，既強調微言帶有根本性，微言先於大義，又注重微言與大義的一致性，認為二者都是聖人之道的體現。在微言與大義之間，宋翔鳳更重視的還是微言，他不僅認為微言與大義有本末之分，還主張應該由末反本，合異為同，以為這樣才可以得其歸趣。而宋翔鳳所說的歸趣，不過是“道德統紀、治亂條貫”，即儒家的道德政治學說，這也是宋翔鳳所說的微言的基本內容。
從大義不過是微言的闡發來看，大義也應該是微言的表現。宋翔鳳將傳記、漢代今古文經學的師說與家法都說成是發揮微言的大義，也就是說七十子的傳記、漢代今古文經學的師說與家法，雖然不可以說是微言，但是，可以說都是對微言的體現。宋翔鳳的這一微言大義說與劉逢祿的觀念是不同的，劉逢祿隻以《公羊》得孔子的微言，宋翔鳳則是以七十子的傳記、漢代今古文經學的師說與家法都存有經學的微言。所以，宋翔鳳早年對微言大義的解說是用包容的精神，把七十子的傳記、漢代的今古文經學的師說與家法都包容在內的解說，沒有所謂家法、師說的門戶之見，與劉逢祿的今文《公羊》學的微言大義觀是完全不同的。劉逢祿說的微言是以《公羊》為宗，至多包括五經、《論語》；宋翔鳳說的微言大義則以六經為宗，包括七十子傳記與漢代的今古文經學的各種師說、家法。可見，宋翔鳳早年的微言大義說是不分今古文經學的。
在後來，宋翔鳳又提出了新的微言大義說。他在《漢學今文古文考》中說：
微言者即夫子之言性與天道不可得聞。如子罕言利與命與仁，子曰：予欲無言，天何言哉？《易》、《春秋》皆具性與天道之原，利與命與仁之理備於二經。《論語》二十篇多言《易》、《春秋》之微而未嚐顯，故《論語說》曰：子夏六十四人共撰仲尼微言以當素王。如《春秋》始元終麟，《易》六爻發揮旁通，乾道各正性命，費、董、孟、京之徒傳之不絕。大義即夫子之文章可得而聞，如《詩》、《書》、《禮》、《樂》是也。故子所雅言《詩》、《書》執禮，此夫子所正言以告弟子，當時並口授其大義。所謂微言大義並漢世博士所傳。（《文錄》卷三，第9頁。）
從宋翔鳳特別強調《論語》多微言，並與《春秋》相發明來看，這一微言大義說應該與《論語說義》的基本思想相一致。所以，這應該是宋翔鳳晚年的觀念，而以《論語》多微言，並與《春秋》相發明，恰好是劉逢祿《論語述何》的觀念，這說明宋翔鳳晚年的微言大義說受到了劉逢祿經學思想的影響。
這一微言大義說是從六經來區分微言與大義，以《易》、《春秋》為孔子的微言，《詩》、《書》、《禮》、《樂》為聖人的大義；微言即孔子的性與天道不可得聞，大義即孔子的文章可得而聞，微言、大義都是孔子的思想，其區分僅在於可得而聞與不可得而聞，一為性與天道，一為文章，一為《春秋》與《易經》，一為《詩》、《書》、《禮》、《樂》。宋翔鳳的這一觀念在《論語說義》中多有發揮：
《詩》、《書》、《禮》、《樂》者，夫子之文章也，《易》者，夫子之言性與天道也……《易》明天道以通人事，故本隱以之顯，《春秋》紀人事，以成天道，故推見至隱，天人之際，通之以性，故曰性與天道，所謂與者天人相與也。人皆有天命之性，不能率性則群道，（“群道”據後文“合道”，疑當作“離道”。）聖人能率性則合道。道者，天道，戒懼乎不睹，恐懼其不聞，性與天道之學也。……則《春秋》斯作之後，所傳有《禮運》、《中庸》諸篇，暢明旨趣，時七十子者莫不聞，所謂不可得聞者，謂舉世之人不可得聞，非自謂不聞也。……所謂仲尼微言，即性與天道之言，求微言者，在《論語》宰我、子貢列言語科，皆能聖情，互為影響，二子之論獨多也。（宋翔鳳：《論語說義三》，《清經解·續清經解》第十冊，鳳凰出版社，2005年。）
這與他早年的以微言、大義分屬經、傳，為孔子之言與傳記所述、漢代今古文經學所傳是不同的。宋翔鳳早年的微言、大義之分，是本源與支流之分，是聖人之言與傳記師說的區分；晚年的微言、大義之分則是同一聖人之言的不同內容的區分，是可得而聞與不可得而聞之分，是《詩》、《書》、《禮》、《樂》與《易》、《春秋》、《論語》之分，是文章與性、天道的之分。但是，《春秋》少有性與天道之說，所以，宋翔鳳在其論證中主要是牽引《周易》為說，如：“太極為天之北辰，於人性為仁，於《易》為乾元。”（宋翔鳳：《論語說義三》，《皇清經解續編》卷三九一，第9頁。）並將《周易》一書視為窮理盡性的經典之作：“夫窮理盡性以至於命，莫過於《易》，孔子於知命之年，讀至命之書，故曰：五十以學《易》，可以無大過矣，是學莫邃於《易》。”（宋翔鳳：《論語說義三》，《皇清經解續編》卷三九一，第8頁。）這是宋翔鳳晚年與早年的微言大義說的重大區別。
從宋翔鳳晚年的微言大義說不難看出，他晚年特別重視《論語》，認為孔子於《易》、《春秋》微而未嚐顯的微言，都集中見於《論語》，這也可見他著作《論語說義》一書闡發孔子微言的原由。所以，宋翔鳳多次說《論語》與《春秋》的微言是相通的，《春秋》可與《論語》相互發明：
《論語》為微言，故與《春秋》之辭同，《禮運》為七十子所傳大義，故直明魯禘非禮。（宋翔鳳：《論語說義二》，《皇清經解續編》卷三九〇，第8頁。）