《發微》一書今不見，故關於宋翔鳳的《發微》之作，學術界有不同意見。陳靜華在其碩士論文中說：
然《發微》一書今未見之，而學者稱引之間頗見歧異，或以《說義》、《發微》為宋氏不同之二作，或以《說義》為《發微》之前身。（此為錢穆先生之說，《中國近三百年學術史》第十一章說：“（宋翔鳳）著《論語發微》，大意謂《論語》微言通於《春秋》，蓋亦申受述何之旨，今《續皇清經解》有宋氏《論語說義》十卷，乃《論語發微》之前稿。”）然從宋氏《纂言》二度刊刻及其與《說義》的關係來看，將《說義》改為《發微》的可能性極高，且可斷言的即若宋氏將《說義》改為《發微》，此二作重複之程度必極高。今見凡稱引《發微》者，亦見於《說義》。（陳靜華：《清代常州學派論語學研究（以劉逢祿、宋翔鳳、戴望為例）》（台灣政治大學中國文學研究所碩士論文），第181頁。）
從有論著稱引《發微》來看，宋翔鳳有《發微》之作是可以肯定的，而且其書很可能是以直接闡發微言大義的形式來解說《論語》。
盡管陳靜華對宋翔鳳是否有《發微》之作存有疑問，卻仍在其碩士論文中據以將宋翔鳳的《論語》學發展分為三個階段：
且學者多雲宋氏後來乃將《說義》改為《發微》，則宋氏之《論語》學實有三個階段，由《纂言》而至《說義》，由《說義》而到《發微》，今根據《纂言》與《說義》之間的變化上看，明顯可看出宋氏的企圖乃在於建立一完備的公羊家之《論語》說。（陳靜華：《清代常州學派論語學研究（以劉逢祿、宋翔鳳、戴望為例）》（台灣政治大學中國文學研究所碩士論文），第181頁。）
錢穆先生稱《發微》為申何之旨，是用微言以《論語》通《春秋》。陳靜華說此二作重複程度極高，從宋書凡對《發微》的稱引亦見於《說義》來看，宋翔鳳的《發微》與《說義》都是對微言大義的發揮，在基本精神上是一致的，這一點應該是無疑問的。所以，盡管《發微》成書於《說義》之後，但是，《發微》並不是在《說義》之外去另創新義，而是與《說義》基本相同，所以，說宋翔鳳的《論語》學有三個發展階段是難以成立的。
宋翔鳳一生學術變化有從以文字訓詁為主向重微言大義的轉變，他的《論語》學的變化也應與這一總轉變相應，所以，他的《論語》學隻有兩個階段的變化，一是早年的以文字訓詁為主解《論語》，其代表作是《論語纂言》；二是中年以後以微言大義解《論語》，以《論語說義》為代表。雖然《說義》之後，仍有《發微》，但其書不見，又今見稱引《發微》之語，皆見於《說義》，故完全可以《說義》為宋翔鳳以微言大義解《論語》的代表作。
第二節區分微言與大義
劉逢祿是清代經學史上言《公羊》學的學者中由重大義轉向重微言的關鍵性人物。但是，劉逢祿並沒有明確意識到這一點，他雖然實際上是以微言為宗，卻常常以微言大義混而不分。宋翔鳳則較為清楚地意識到微言大義之分，他是清代經學史上第一個明確區分微言與大義的人，並且提出了他的微言大義說。
一兩種微言大義說
宋翔鳳對微言大義的區分，早年與晚年有不同的說法。他早期的微言大義說見於26歲時所作《經問》，其《自序》說：
夫六經定而異端絕，傳注出而聖學明。……按經者，常也，恒久而不已，終古而不變，謂之曰常。故聖人之言曰微言，傳記所述曰大義。微者至微無不入也，大者至大無不包也。原其體類，皆號為經，是則象、數之說無非《易》也，古文、今文無非《書》也，齊、魯、韓、毛無非《詩》也，《公羊》、《穀梁》、《左氏》無非《春秋》也，《儀禮》經傳雖出於一塗，而其指意所周遍，可以盡法製之變，浹人事之紀。要而論之，微言之所存，非一事可該；大義所著，非一端足竟。古人一經立數博士，學者講貫，每廣異義，則深悟此理也。……蓋道德統紀、治亂條貫，六藝之本也。門戶別立，師傳互異，又其枝流也。循乎陳跡，以求一是；去其謬妄，乃得歸趣。是則可以合異為同，由末反本也。（樸學齋：《文錄》卷二，《續修四庫全書·集部·別集類》，上海古籍出版社，2002年，第6頁。）
此一微言大義說，是從聖人之言與賢人所述、六經與傳注、本源與支流來區分微言大義，以聖人之言、六經、本源為微言，以賢人所述、傳注、支流為大義。就此而論，這基本上是對《漢書·藝文誌》說的“昔仲尼沒而微言絕，七十子喪而大義乖”題中之義的發揮。但是，宋翔鳳又以今文經學、古文經學、不同的師說、家法都是大義，把漢代的今古文經學及其師說、家法都納入了大義之中，帶有統宗今、古文經學的特點。鍾彩鈞先生在《宋翔鳳學術及思想概述》中，以這一微言大義說相應於“聖人之學整體觀”，並以經書為微言，這是有道理的。但是，鍾氏的以家法為大義，似乎不能概括宋翔鳳所說的大義，因為經學家法出於漢代，宋翔鳳說的大義還包括傳注、七十子之說，這些不是家法所能包括的。