歆雖改《世俘》為《武成》，其《三統》、《世經》所載，皆《世俘》舊文，謹是正其月日，目為《周書·武成》以別於《書經·湯誓》之等。……更由此而推劉歆所欲立學之《書》十六篇，未必皆出於孔壁，而古文之藏秘府者，應毀於新莽之時，不待至永嘉之亂矣。歆之顛倒五經，其弊可勝言哉？（同上。）
莊述祖對於劉歆的批評在他的其他著述中，也可以經常看到。僅從莊述祖對劉歆竄改《世俘》的批評中，我們就可以看到他的批評劉歆，已經包含著劉逢祿及其晚清《公羊》學家批評劉歆的一些重要論點，如劉歆的竄改經典是為了迎合王莽專政，欲立學官；劉歆的竄改顛倒五經，是對聖人經典的全麵顛覆。自莊述祖起，攻擊劉歆作偽就成為晚清今文經學家用以否定古文經學的一個重要手法。但是，與後來廖平等人在批評劉歆作偽的同時又批評鄭玄的混淆今古文經學不同，莊述祖在批評劉歆的同時，對鄭玄雖有批評，卻主要是推崇。清代經學對鄭玄態度的變化，是清代漢學向今文經學轉化的一個標尺。隻是到了晚清今文經學較為成熟之時，鄭玄才完全成為被否定的人物，而在這之前帶有今文經學傾向的經學家，絕大部分是稱許，或者基本肯定鄭玄的。當然，莊存與批評鄭玄是較為嚴厲的，這一點是莊述祖與莊存與在經學上的一個重要差別。
與後來的清代今文經學家批評劉歆就一定要否定整個古文經學不同，莊述祖的說經宗西漢仍帶有對今古文經學都同樣肯定的特點。他著《毛詩考證》，就是以古文經的《毛詩》為正，對今文經學的齊、魯、韓《詩》多有批評，其批評所依據的也是《毛詩》之說。他治《尚書》也多以所謂真古文經為據，如《洪範序》說：
《漢書·五行誌》雲：“周既克殷，以其子歸，武王親虛己而問焉。”其說本劉歆《三統》，謂即在伐紂之歲，故梅賾所獻古文在《分器》前，此誣亂聖經之一端也。今文《尚書傳》、《太史公書》、《周本紀》，皆以為在克殷後二年，《漢書·儒林傳》以遷書《洪範》為古文說，是孔安國及歐陽大小夏侯皆無異義。倡自劉歆一人之臆說，而班固、鄭氏、王肅皆以為十三年伐紂，是不可不辨者也。（《珍藝宧文鈔》卷三，第9頁。）
這裏討論武王克殷伐紂的時間，就肯定孔安國、司馬遷的古文說。而對《尚書》的其他論說，也往往是以孔安國、司馬遷的古文說為依據。他認為，孔安國、司馬遷在劉歆之前，他們所傳的古文經是可信的經典，他也相信有壁中所藏的古文經。可見，莊述祖批評劉歆的作偽，隻是否定劉歆對有關古文經的竄改，對所謂西漢初年的古文經學還是承認的。而劉逢祿、龔自珍及晚清的今文經學家都不相信有什麼劉歆作偽之前的真古文及壁中書一類的說法，他們認為西漢古文經學的傳授是出於劉歆的偽造，根本不能夠相信。對古文經學否定的程度，是隨著清代今文經學的逐漸發展而日益加強的。從莊存與的不否定古文經學，經莊述祖的部分否定，到劉逢祿的全麵否定，及廖平、康有為的徹底否定，是一個不斷加劇的發展過程。
較之莊存與的不分今古文經學，莊述祖已經重視今古文經學的區分，並在總體上帶有重視今文經學的傾向。這特別地表現在他對《春秋》的看法上，而這一點也是莊述祖對劉逢祿及後來的今文經學家的最大影響。他說：
《春秋》之義，以三傳而明，而三傳之中，又以《公羊》家法為可說，其所以可得而說者，實以董仲舒綜其大義，胡母生析其條例，後進遵守，不失家法；至何邵公作《解詁》，悉隱括就繩墨，而後《春秋》非常異義可怪之論皆得其正。凡學《春秋》者，莫不知《公羊》家，誠非《穀梁》所能及，況《左氏》不傳《春秋》者哉？假設無諸儒之句剖字析，冥心孤詣，以求聖人筆削之旨，則緣隙奮筆者皆紛紛籍籍，以為《左氏》可興，《公羊》可奪矣。《夏時》亦孔子所正，《夏時》之取夏四時之書，猶《春秋》之取魯史也，聖人之旨於是乎在，其以大正、小正、王事科為三等，蓋出於遊、夏之徒，高、赤之等……故先到其等，次求其例……然後古聖王所以省躬、所以授時，所以敷政，皆可得而說，庶幾或附任城之後塵。（莊述祖：《夏小正音讀考序》，《夏小正經傳考釋》卷首，道光年間莊氏脊令舫藏板，第5-6頁。）
莊述祖不僅嚴格地區分《春秋》三傳的不同，而且最為推許《公羊》，稱許《公羊》有家法，特別讚賞董仲舒、胡母生、何休之說，認為《穀梁》不及《公羊》，甚至提出《左傳》不傳《春秋》之說，具有明顯的貶斥古文經學、推崇今文經學的傾向。他還指斥《左傳》有劉歆的竄改、杜預的誤寫，如“壹戎殷”，劉歆改“壹”為“殪”；經杜預誤寫者如“不飧”讀為“不夕食”，此皆不明古義。“劉之逞臆虛造，杜之襲陋傳訛，其失一也”（《說文古籀疏證目·條例》之一，第25頁。）。他既說《左傳》不傳《春秋》，又說《左傳》有劉歆的私改、杜預的誤寫，這就不僅否定了《左傳》與《春秋》的聯係，而且將《左傳》視為劉歆的偽作。這樣嚴厲地批評《左傳》在莊存與的經學思想中是沒有的。莊存與雖然在三傳中以《公羊》為主，但是，並不完全否定《左傳》，更沒有《左傳》經劉歆作偽一說。莊述祖還在《讀左雜詠》中比較三傳說：“赤唯傳大義，高獨受微言……劉歆未受左，古字古言多，妄意開經例……褒諱難書見，良由口授傳。”（見《珍藝宧文鈔》卷二，第20頁。莊述祖此處以微言與大義區分《公羊》與《穀梁》，其實也說明《公羊》之為《公羊》在微言而不在大義。所以，一個講《公羊》的經學家，如果不講微言，未必就是《公羊》學，如莊存與與孔廣森；而隻有以微言來言說《公羊》者如劉逢祿，才是真正的《公羊》學家。）他認為《穀梁》傳大義，《公羊》傳微言，微言的褒貶之義不宜書見，所以，隻能口授相傳。至於《左傳》，則有劉歆竄改古文，及其妄開經例。莊述祖以《公羊》有家法，《穀梁》不如《公羊》，所以，他是以微言高於大義。隨後劉逢祿對《春秋》三傳的看法及劉歆偽造《春秋左氏傳》的說法，正是直接承繼莊述祖之說而來的。