從治學方法上看，莊述祖的用鍾鼎古文與《說文》相對照進行小學研究是可取的，不失為較為科學的研究方法。但是，他首先預設有所謂軒轅等古聖賢所造的籀文，以為這才是完美無缺的文字，這就否認了文字的完善是一個不斷發展的過程。這是莊氏家學在政治上以三代為最理想的時代在文字學上的表現。莊述祖所謂許慎以前的籀文實際上就是許慎以前的鍾鼎古文，而所謂鍾鼎古文本身就存在許多問題，所以，盡管莊述祖有很深厚的經學與小學造詣，他的以恢複籀文為目標的小學研究也有不可否認的成就，然而，在總體上他的努力是不成功的。正如李慈銘評論《說文古籀疏證》時所說：“鍾鼎多贗物，又傳模多失真，讀者亦多以意說，莊氏條例中亦自言之，而據此欲正秦篆之失，追頡史之遺，大率支離謬悠鑿空可笑。”（李慈銘：《越縵堂日記》，（台北）世界書局，1975年，第518頁。）雖然如此，莊述祖在小學上的成就還是主要的，故受到許多人的推許，如丁寶銓就說，“本朝莊氏葆琛、吳氏荷屋為用金文證經之巨子，畢氏秋帆、阮氏文達公為用文考史之大宗”（《丁寶銓序》，傅山《霜紅龕集》，（台北）漢華文化事業股份有限公司，1971年，第1頁。）。
莊述祖的追求籀文，是希望能夠找到準確解釋經典的文字，這是漢學家的重文字訓詁的精神。他追溯籀文並不否定《說文》，而且以為舍《說文》的“小篆無可征信”，對許慎之學多有稱許之詞。而尊《說文》、崇許慎，是清代漢學家所具有的共同特點。故宋翔鳳以此說他以漢學為根株，是有道理的。
在許慎以外，鄭玄也是漢學家所最推崇的人。莊述祖的以漢學為根株，還表現在他的治經以鄭玄為宗。他在《鄭家法序》中稱讚鄭玄：
鄭君獨博稽六藝之文，為之注述，剖析眾說，兼綜百家，略揃誤文，推廣遺義，揆厥源委，典禮以行。（莊述祖：《珍藝宧文鈔》卷五，第15頁。）
許慎的主要著作是《說文解字》，鄭玄則以古文經學為主，兼采今文經學，遍注群經，帶有綜合兩漢今古文經學的意義。所以，莊述祖對許慎主要是尊其聲音文字，而對鄭玄則是崇其治經能夠博稽六藝，剖析眾說，兼綜百家。宋翔鳳的《莊卿山外兄》詩也說：
家法相傳世不輕，絳帷同拜鄭康成。（《億山堂詩錄》卷四，《續修四庫全書》，上海古籍出版社，2002年。）
宋翔鳳以為莊氏之學家法相傳，都宗奉鄭玄之學。關於此點，莊綬甲在《周官記跋》中也有敘及：
先大父（指莊存與）之治經也，最先致力於《禮》……為《周官記》五卷……次《周官說》二卷……凡七卷，皆手定之。先大人手錄其副，歲癸亥，仲父（指述祖）以授授甲，校刊於吳門……先大父治禮，本鄭氏學，又偏覺晉、唐、宋、明已來說禮之書，擇善而從，為鄭氏拾遺補闕……授甲愚不自量，竊窺而好之，學為《周官禮箋》十卷，法鄭君箋《毛》之義，有疑不能明之事，雖不敢質而自有，亦不敢不直貢其是非，為之有年矣。
這裏說從莊存與到莊綬甲莊氏三代人，治《周官》皆宗鄭玄。宋翔鳳、莊綬甲都是莊氏之學的重要成員，他們都肯定莊氏家學在經學上對鄭玄的尊奉，這是合於事實的。
同時，對莊綬甲這一說法也值得分析。從莊氏家學來說，他們雖然特別推重西漢的董仲舒，但都沒有如劉逢祿那樣的完全以西漢今文經學的《公羊》學為主，而是今古文經學不分，既講今文經的《公羊》學，也重古文經的《周官》、《毛詩》；既尊西漢的董仲舒，也尊東漢的鄭玄、許慎。所以，宋翔鳳、莊綬甲說莊氏家學尊鄭玄是有依據的，但是，這絕不是莊氏家學的全部。如蔡長林在其博士論文中反複指出，莊氏之學是以追求三代聖人之道為終極目標。在經學上凡是合於聖人之道的經典，無論古文經學還是今文經學，莊氏都是肯定的，莊存與甚至連已經被學術界認定的古文偽經，也會因存有所謂聖人之道而予以承認。
莊氏家學從莊存與到莊綬甲三代之中，有共同的東西，但是，莊氏內部也是有差異的。就莊述祖而言，他的經學除了尊鄭玄、許慎的一麵，較之莊存與更多的是帶有西漢今文經學的特色。馬宗霍先生在《中國經學史》中說：“常州學者說經必宗西漢，解經必宗籀文，自莊氏始。”所言莊氏就是指莊述祖。正是莊述祖的說經宗西漢，才有隨之而來的劉逢祿以《公羊》為宗。
二說經宗西漢
治學以漢學為根株，企圖通過恢複所謂古籀文來揭示經典的本義，反映的是莊述祖在治學觀念與方法上受到乾嘉漢學的深刻影響。而就後來經學的發展來說，莊述祖的說經宗西漢具有曆史發展意義。
莊述祖的以西漢為宗，較為嚴格地說是以劉向、劉歆父子以前的西漢經學為宗。他認為聖人的經典在劉歆之前，基本上沒有遭到竄改；但是，自從經劉歆校書中秘以後，就遭到了淆亂。所以，莊述祖在莊氏家學中首先對劉歆進行了激烈的批評，如他在《書校對逸周書世俘後》就說：
謹按《世俘》文頗闕略，成帝時詔校書，劉向等以為周史記，傳《尚書》家言，值漢中微，王莽專政，向子歆作聰明以亂舊章，自謂古文畢發；揚雄見之於符命，欲以媚偽新，誣當世。而古文之藏於秘府者，不能盡通，雜取他書充數，以是篇有武王伐紂時語，文又闕略，世罕知，乃傅會《武成序》所雲“武王伐殷，往伐，歸獸（狩），識其政事”者羼入篇中，又恐與《周書》不類，句刌字絕，倒置前後，與舊文相亂，意複世有能讀之者，見其適與《書序》相應，必共信為真古文，無複疑議，其用心亦良苦也。（《書校定逸周書世俘後》，《珍藝宧文鈔》卷五，第31頁。）