所以，孔廣森自立的三科九旨，與何休三科九旨的根本區別就在於沒有了王魯說等《公羊》學的微言，隻是對《春秋》所謂天道、王法、人情的闡發。而所謂日月時的天道，在《春秋》中不過就是宋衷所說的詳略之旨，也就是孔廣森所推許的趙汸的日月之法，如所傳聞世大夫卒，恒不日，日則有故，如強牙卒日；所聞世恒日，不日者有罪，如得臣、仲遂卒不日；所見世無論有罪無罪，有故無故，皆恒日之類。所謂王法的譏貶絕，不過是宋衷所說的輕重之旨，是依據身份的不同與過失罪惡的不同而采用不同的文辭，以示譏貶絕的程度差別。所謂人情的尊親賢，不過是尊尊親親賢賢原則，及其所謂為尊者諱、親者諱、賢者諱的筆法。因而，孔廣森三科九旨實際上就是《春秋》學的褒貶筆法及由此體現的尊尊親親賢賢諸大義。難怪孔廣森即使在引《公羊》學之時，也會放棄改製諸微言，如隱公三年“春王二月”，《解詁》以改製、存二王後、通三統為說，而孔廣森僅以天地人三正的正朔來說三統，隻說什麼“正朔三而改，文質再而複”，“若曰文王所因地布教之月”，（《公羊春秋經傳通義》卷一。）而毫無改製的內容。
稍後的劉逢祿就認為，孔廣森所立的三科九旨不講微言，背離了《公羊》學的基本精神，進而在《春秋論》對其作出了激烈的批評：
乃其三科九旨，不用漢儒之舊傳，而別立時、月、日為天道科，譏、貶、絕為王法科，尊、親、賢為人情科，如是則《公羊》與《穀梁》奚異？奚大義之與有？推其意，不過以據魯、新周、故宋之文疑於倍上，治平、升平、太平之例等於鑿空，不知《孟子》言《春秋》繼王者之跡，行天子之事，知我罪我其惟《春秋》，為邦而兼夏、殷、周之製，既以告顏淵；吾豈為東周，又見於不狃之召；夏、殷、周道皆不足觀，吾舍魯何適，複見於《禮運》之告子遊，是故以日月名字為褒貶，《公》、《穀》所同，而大義迥異者，則以《穀梁》非卜商高弟，傳章句而不傳微言，所謂中人以下不可以語上與！（《劉禮部集》卷三。）
視《公羊》學的王魯諸說不僅於《公羊傳》無據，而且有背上的嫌疑，以《公羊》學的三科九旨為鑿空之論，這是孔廣森不講王魯諸說的認識原因。而王魯等說的三科九旨恰恰是《春秋》的根本所在，沒有了何休的三科九旨就不是《公羊》學。所以，孔廣森的《公羊春秋經傳通義》，名義上是解《公羊》的著作，卻失去了《公羊》學的根本精神。這隻能是《春秋》學中“傳章句而不傳微言”的“中人”之學，而與《穀梁》學沒有了區別。所以，劉逢祿對孔廣森的《公羊春秋經傳通義》中否定《公羊》微言的許多內容，進行了公開的批評，指責孔廣森對《公羊》學精神的偏離。（魏源整理的劉逢祿《廣墨守》，就是采取劉逢祿讀《公羊春秋經傳通義》的條記作為後半部分，其中都是批評孔廣森不合《公羊傳》與何休《解詁》。據筆者所見，劉逢祿的批評有五大方麵，一是“書爵進退之例，《通義》不如《解詁》者”；二是“《通義》褒貶之例不如《解詁》者”；三是“《通義》卒葬之例不如《解詁》者”；四是“《通義》論滅人日月之例不如何氏者”；五是“《通義》所論禮製之未安者”。其中還說，“孔氏《通義》……皆據誤本而為之說”等等。）
因而，孔廣森的《春秋》學同莊存與一樣，都具有不講微言，隻重大義的特點。而對微言的否定，孔廣森較莊存與又顯得更為明顯。所以，他雖然名義上是以會通《公羊》經傳為目標，但是，同莊存與一樣隻是停留在對《春秋》學大義的講求上。他所謂探求《春秋》的新意，也隻能僅僅是對《春秋》大義的探討。所以，孔廣森所說的《春秋》新意，其內容自然不脫尊尊親親賢賢，君臣夫婦父子各居其位的那一套。他說：
《春秋》監四代之令模，建百王之通軌，尊尊親親而賢其賢者，尊者有過，不敢譏；親者有過，是不可譏；賢者有過，是不忍譏。爰變其文，而為之諱，諱猶譏也。（《公羊春秋經傳通義敘》。）
四代之令模，百王之通軌，不過就是以尊尊親親賢賢為內容的儒家經學原則，而《春秋》新意也就主要體現在這種等級名分的禮製上。故《春秋》之義亦即《春秋》之禮，禮與義是二而為一的，所以，孔廣森說：“重其禮，不重其事，製作之意也，察於此，可以治《公羊》之學矣”（《公羊春秋經傳通義》卷一一。）。這是漢代《公羊》學及莊存與以《春秋》為禮義之大宗的說法。孔廣森所謂《春秋》大義，就其內容來說與莊存與大致是相同的。然而，孔廣森與莊存與的出身與經曆的不同，使其所言《春秋》大義的側重點有所不同。莊存與所說的《春秋》大義以大一統的尊王為核心，而孔廣森則尊尊賢賢親親並重。尊王重視的是君主的地位與作用，尊尊親親賢賢是對孔子所確立的一般政治倫理原則的肯定。莊存與的《春秋》學是寄希望於帝王，而孔廣森的《春秋》學重在尊尊賢賢親親的聖人之義。相對於漢代以後的《春秋》學，這都不是什麼新東西。
當然，孔廣森所言大義還是有一點新內容，這就是他受其師戴震重情觀念的影響，將人情與天道、王法並列為三科之一。而且，他還在書中多次發揮此說，如釋文公十五年，“十有二月齊人來歸子叔姬”一條說：
無罪時，有罪月，子叔姬有罪矣。而猶若不欲其罪。《春秋》有以義治，有以恩治；恩不本義，私恩也；義不本恩，則非公義也。雖有法度不足以一天下，天下唯情出於一，故義者必因人之情而為之製，君臣以義合者也。（《公羊春秋經傳通義》卷六。）