一以漢學為根株
在莊述祖的著述中，有不少屬於漢學文字考證，如《五經小學述》、《毛詩考證》、《弟子職集解》、《尚書今古文考證》、《說文古籀疏證》、《石鼓然疑》、《甲乙偏旁條例》、《說文諧聲考》、《說文轉注》、《鍾鼎彝器釋文》等。莊述祖曾與許多漢學家如王念孫、段玉裁、盧文弨、江聲等有所交往，而且是很好的朋友，一些有名的漢學家如臧庸還是莊述祖的學生。（參見蔡長林：《常州莊氏學術新論》，第35、37、38頁。）這些漢學家經常進行學術討論，並且對莊述祖的漢學很推許。宋翔鳳說：“同時王給事念孫作《廣雅疏證》、段大令玉裁作《說文正義》，每采先生之說，歎為精到。”（宋翔鳳：《莊先生述祖行狀》，《樸學齋文錄》卷三，《續修四庫全書》本，上海古籍出版社，2002年。）連王念孫、段玉裁這樣的小學大家都歎服莊述祖的小學精到，足見其成就之高。
莊述祖從事漢學，是在他科舉考試不如意之後。宋翔鳳說：
先是，（述祖）於經學之外，製詩賦詞章甚富，以不入翰林，遂棄去。從事小學，治許氏書，以先求識字。謂六書之義，轉注、諧聲最繁而無定說，用《爾雅》之例編《說文》，轉注用《廣韻》例，又博考三代秦漢有韻之文，編《說文》諧聲，《說文》之學，以是遂明，而周秦之書，無不可讀者。遂校《逸周書》，解《夏小正》，《詩》、《書》次第皆有撰著。（宋翔鳳：《莊先生述祖行狀》。）
早年莊述祖以父親、伯父為榜樣，一心希望在科舉上有所作為，但結果卻隻中了進士，與他父親的中狀元、伯父的舉榜眼相差懸殊，因而無法進入翰林院。這雖然使莊述祖在仕途上受到很大的打擊，卻因此而使他得以專心學術，由應付科舉的製詩賦詞，轉向小學的研究。
他的小學研究以許慎《說文解字》為出發點，並參照《爾雅》、《廣雅》，用三代秦漢之文為證，來建立他的古文字學說。宋翔鳳《撰舅氏莊葆琛先生行狀竟係之以詩即呈孫淵如觀察三首》說：
東京一喪亂，六籍鹹榛蕪；
鄉壁誤後生，師心皆俗儒。
寂寥過千載，昌明由聖謨；
四經及三禮，漢學求根株。
碩儒生應運，接跡遵斯途；
莊子宦不達，解經得其腴。
聲音文字原，畢生托奇脈；
求是從實事，精意追亡逋。（宋翔鳳：《洞蕭樓詩記》卷三，江寧劉文楷家刻本，第7頁。）
宋翔鳳這裏所說的莊子就是莊述祖。莊述祖以漢學為根株，是希望通過追溯聲音文字的小學之原，來探求聖人經典之“是”與“實”，這是莊述祖研究小學的目的與出發點。在這一點上，莊述祖與當時的漢學家是一致的。但是，在對聖人經典的具體認識上，莊述祖則帶有明顯的西漢今文經學特色，這又不同於當時的漢學家。
莊述祖的研究小學，求聲音文字之原，是要恢複所謂古代的籀文係統。與漢學家的唯《說文》是守不同，他雖然肯定許慎的《說文解字》保留了小篆，對許慎與《說文》也有很高評價，同時，又以為小篆並不是聲音文字之原，並指責漢學家的死守《說文》“以為不可增損一字”是“抱殘守缺”。（莊述祖：《臧和貴小徐說文纂補序》，《珍藝宧文鈔》卷五，道光年間莊氏脊令舫藏板，第24頁。）他認為，在小篆之先還有所謂古籀文，應該由《說文》的小篆，去求古籀文之原。他在《說文古籀疏證序》中說：
《說文》所收九千三百五十三字，有轉寫之訛，無虛造之妄，惟分析偏旁，以篆文為主，古籀從之，或有古籀為部首者，亦必篆文所從之字，蓋古文自嬴秦滅學之後，久絕師傳，當時初除扶書之律，閭裏書師，各以意指授，皆小篆也。……古籀既亡，建武時大篆亦殘缺，故舍小篆無可征信。（莊述祖：《說文古籀疏證序》，《珍藝宧文鈔》卷五，第17頁。）
他的《說文古籀疏證》一書，就是希望通過用鍾鼎古文來補《說文》的不足，以恢複所謂軒轅所始造的籀文的本來麵目，甚至借《說文》以求《歸藏》，由《夏小正》以求《連山》。潘祖蔭《說文古籀疏證跋》曰：
武進莊珍藝先生，著《說文古籀疏證》，原名《古文甲乙篇》。先生之意以為書契造於軒轅，而大撓所作甲子，與誦、頡同時，是幹支實為文之祖，許叔重生炎漢之季，其時古文燔滅殆盡，而郡國所得鼎彝猶罕，五百四十部不得不仍用小篆建首，而以甲乙等二十二部歸於篇終，則明乎其為正名百物之本也。先生嚐：《連山》亡，尚有《夏小正》，《歸藏》亡，尚有始一終玄之《說文》，略可稽求義類。蓋以《歸藏》為黃帝《易》也。自漢以來，古器日出，縱真贗不無雜揉，要為許氏所未及見者，實難枚數，先生於是蹈閑覃思，就許書偏旁條例，以幹支別為敘次，先古文而後小篆，一一探其原本，惜屬草未竟而歿。……而先生複古之銳意，可藉以略窺焉。（莊述祖：《說文古籀疏證》卷末，（台北）新文豐出版社，1985年。）