《公羊》學的三科九旨出自何休的《文諡例》：
三科九旨者，新周，故宋，以《春秋》當新王，此一科三旨也；所見異辭，所聞異辭，所傳聞異辭，二科六旨也；又內其國而外諸夏，內諸夏而外夷狄，是三科九旨也。
徐彥疏說：
三科九旨，正是一物。若總言之，謂之三科；科者，段也。若析而言之，謂之九旨；旨者，意也。言三個科段之內有此九種之意。（《春秋公羊傳注疏》卷一，《十三經注疏》下冊，中華書局，1982年。）
此即何休所說的三科九旨。在何休、孔廣森之外，還有宋衷的三科九旨之說，但所言不同。《春秋公羊傳注疏》卷一說：“宋氏之注《春秋說》，三科者，一曰張三世，二曰存三統，三曰異外內，是三科也。九旨者，一曰時，二曰月，三曰日，四曰王，五曰天王，六曰天子，七曰譏，八曰貶，九曰絕。時與日月，詳略之旨也；王與天王、天子，是錄遠近親疏之旨也；譏與貶、絕，則輕重之旨也。”從中可見三人的三科九旨說，宋衷與何休之說其實有一致之處。何休的新周、故宋、以《春秋》當新王，就是宋衷的存三統；所見異詞、所聞異詞，所傳聞異詞，即張三世之說；內其國外諸夏，內諸夏外其國，也就是異外內之說。就是說，宋衷的三科就相當於何休的三科九旨。二人不同的地方在於，何休以三科即包含九旨，宋衷則在三科之外另立所謂九旨。宋衷所另立的九旨，實際上就是《公羊》學所說的褒貶書法。何休的三科九旨不包括褒貶書法，宋衷的三科九旨則以三科概括何休的三科九旨，並在三科之外，以日月時等褒貶書法為其九旨。所以，何休與宋衷三科九旨的差異，隻是在有無褒貶書法而已。
與宋衷的三科九旨說相較，孔廣森的三科九旨不同之處是沒有宋衷的三科說，隻有宋衷的九旨說；九旨也有同有異，宋衷的九旨分為詳略之旨、遠近親疏之旨、輕重之旨三方麵，但不以其為三科，孔廣森則講天道、王法、人情，並以其為三科之目；在九旨的具體名目方麵，宋衷有王、天王、天子，孔廣森則異為尊、親、賢，而九旨中另外六旨的名目卻是相同的。所以，孔廣森既不同於宋氏，但又雜用宋氏。陳卓人在《公羊義疏》中說：“孔氏著《公羊通義》遺何氏，而雜用宋氏。”正指此而言。由於宋衷的九旨主要是褒貶書法，所以，孔廣森的三科九旨僅僅隻是就《公羊傳》的褒貶書法立論了，而沒有了何休、宋衷所說的張三世、通三統、異內外的微言大義，也完全異於何休的三科九旨說，所以，徐世昌《清儒學案·顨軒學案》說他：“其於公羊，別立三科，自成一家之言，與武進莊氏、劉氏諸家墨守何氏之說者，宗旨故殊也”（但是，徐氏同書又說：孔廣森“於胡母子都、董仲舒、何邵公條例師法不墜”。未免有所抵牾。至於說莊存與劉逢祿一樣墨守何氏之學，也非其實。對於此點，請參見本書莊存與的論述。）。這與孔廣森否定《公羊》學的微言是有直接關係，因為不承認《公羊》學的微言，就一定會否定何休的三科九旨。
但是，孔廣森講三科九旨雖然不取何休之說，他的著作除了對何休三科九旨的新周、故宋、以《春秋》當新王的存三統之說根本否認外，似乎仍有三世說與異內外之說。他在書中不僅有內其國而外諸夏、內諸夏而外夷狄的內外之異之說，而且講到所傳聞世、所聞世、所見世的三世遠近之異說。（如孔廣森釋三世異辭：“世疏者其恩殺，若桓之無王，莊之不複仇，納鼎歸寶，文薑淫佚，皆得質言之，以立其義；移於所見之世，則義有所尊，恩有所諱，定公受國於季氏，不敢名其篡，昭公娶同姓，不忍斥其惡，是以《春秋》正名分，誅亂賊之大用，必托始於乎所傳聞之世，而後可以施也；近者微辭，遠者目言，以義始之，以仁終之，別其世而不亂期，異其辭而不糅。”（《公羊春秋經傳通義》卷一二）。）然而，孔廣森隻是從“內外之義例，遠近之異辭”的例與辭為說，沒有與新周、故宋、以《春秋》當新王之說的聯係；而何休的三世說與異內外之說，與新周、故宋、以《春秋》當新王之說是相聯係的。而所謂以《春秋》當新王，是以王魯的形式來體現的，所以，孔廣森的否定新周、故宋、以《春秋》當新王，同否定王魯說是完全一致的，都是對以孔子改製說為中心的《公羊》學微言的否定，而三世說、異內外之說沒有與新周、故宋、以《春秋》當新王之說相聯係，隻是對《春秋》十二公分為三世，於所傳聞世以魯為內、諸夏為外，所見世以諸夏為內、以四夷為外的不同書法原則的說明，根本沒有了何休《公羊》學的孔子改製之義，因為何休的三科九旨說不過就是以王魯說等為內容的孔子改製說。