孔廣森對何休誤說的糾正重點放在原則性誤說的批評上，阮元序中講孔廣森不同於何休的四點中，就有二點屬於對原則性誤說的批評。徐世昌《清儒學案·顨軒學案》說他：“其於《公羊》別立三科，自成一家之言，與武進莊氏、劉氏諸家墨守何氏之說者，宗旨故殊也。”也是就孔廣森對何休的原則性批評而言。而孔廣森對何休原則性的批評，具體說來主要有二：
第一，否定《公羊》學的王魯說諸微言。
阮元說：“不同於《解詁》者有數事焉，謂古者諸侯分土而守，分民而治，有不純臣之義，故各得紀年於其境內，而何邵公猥謂唯王者然後改元立號，經書元年為托王於魯，則自蹈所雲反傳違戾之失矣，其不同一也。”（阮元：《公羊春秋經傳通義序》。）此據孔廣森《公羊春秋經傳通義》隱公元年為說。《春秋》於隱公元年，首言“元年春王正月”，《公羊傳》據以言大一統，何休以王為王魯之新王。孔廣森以為王當作文王解，是說魯國守文王之法，而否定王魯說。而何休的王魯說不是孤立之說，而是與新周、故宋密不可分的聯係在一起的，並以此構成《公羊》學孔子改製說的具體內容，也是何休言三統的具體化。所以，否定王魯說，必定要否定新周、故宋之說。對此，孔廣森有兩段話代表性的批評：
方東漢時，帝者號以經術治天下，而博士弟子因瑞獻諛妄言，西狩獲麟是庶姓劉季之瑞，聖人應符為漢製作，黜周王魯，以《春秋》當新王雲雲之說，絕不見本傳，重自誣其師以召二家糾摘矣。（《公羊春秋經傳通義敘》。）
治《公羊》者有新周故宋之說，新周雖出此傳（指《公羊傳》宣公十有六年“夏，成周宣榭災”），實非如注解，故宋傳絕無文，唯《穀梁》有之，然意尤不相涉，是以晉儒王祖遊（見《晉書·王接傳》）譏何氏黜周王魯，大體乖硋，誌通《公羊》，而往往還為《公羊》疾病者也。（《公羊春秋經傳通義》卷七。）
黜周即新周。新周、故宋、王魯的孔子改製說，是何休在《解詁》中最重要的觀念。孔廣森則認為，這些說法在《公羊傳》中是沒有依據的。故宋是《穀梁》的說法，桓公二年《穀梁傳》雲：“孔子，故宋也。”範注雲：“孔子舊是宋人。”此說與《公羊》學的新周、王魯是沒有關係的。所以，孔廣森說：“故宋無傳文，惟《穀梁》有之，然意猶不相涉。”（同上。）而所謂新周，不過是周遷徙於成周之義。孔廣森說：
周之東遷本在王城，及敬王遷成周，作傳者號為成周，猶晉徙於新田，謂之新絳，鄭居郭鄶之地，謂之新鄭，實非如注解。（同上。）
孔廣森明確否定何休的王魯說，雖承認有故宋、新周之說，但是，完全是從孔子的家世、東周都城遷徙的曆史為說，這就絲毫沒有了何休新周、故宋、王魯說的微言大義了。（孔廣森否定何休的新周、故宋、王魯說，也得到一些人的肯定。如陳澧在1881年的《東塾讀書記》卷十中就據孔廣森的以上說法，來批評何休、劉逢祿之說，並許孔廣森為《公羊》之功臣：“《公羊》新周二字，自董生以後將二千年，自巽軒乃得其解，可謂《公羊》之功臣矣。”然而，孔廣森的以曆史解說《公羊》，與他自己所說的《春秋》重義不重事，應該注重義理的發揮是背道而馳的。）孔廣森的《春秋》學不同於何休之學，就主要體現在這一方麵。就此而言，孔廣森的《春秋》學與其師莊存與的《春秋》學一樣，都具有否定《春秋》微言的特點。而這一特點，正是清代《公羊》學興起之初所具有的特點。（參見拙文《莊存與春秋學新論》，載《哲學研究》2005年第4期。）
第二，自立三科九旨。
孔廣森否定《公羊》學的王魯諸微言，必然會否定《公羊》學的三科九旨，而導致自立三科九旨。孔廣森的三科九旨，主要是從《公羊傳》的書法方麵立論：
《春秋》之為書也，本天道，用王法，理人情。不奉天道，王法不正；不合人情，王法不行。天道者：一曰時，二曰月，三曰日。王法者：一曰譏，二曰貶，三曰絕。人情者：一曰尊，二曰親，三曰賢。——此三科九旨既布，而一裁以內外之義例，遠近之異辭，錯綜酌劑，相須成體。（《公羊春秋經傳通義敘》。）
這就是孔廣森所立的三科九旨。阮元以此為孔廣森與《解詁》相異的第四點。（阮元在《公羊春秋經傳通義序》說：“謂春秋上本天道，中用王法，而下理人情，天道者一曰時二曰月三曰日，王法者一曰譏二曰貶三曰絕，人情者一曰尊二曰親三曰賢，此三科九旨，而何氏《諡例》雲，三科九旨者新周故宋以《春秋》當新王，此一科三旨也，又雲所見異辭，所聞異辭，所傳聞異辭，此二科六旨也，又內其國而外諸夏，內諸夏而外夷狄，是三科九旨也，其不同四也。”）