至於唐宋以後的《春秋》學，更是遭到孔廣森的嚴厲抨擊。他說：
啖、趙橫興，宋儒踵煽，加以鑿空懸擬，直出於三傳之外，淺識之士動為所奪，其訾毀三傳，率摭拾本例而膚引，例不可通者，以致其詰。（《公羊春秋經傳通義敘》。）
趙匡好駁先儒，以其說不可通於《易》、《詩》、《書》，則雲《春秋》之例，不可通於它經，妄之妄也。（《公羊春秋經傳通義》卷六。）
啖助、趙匡是唐代治《春秋》的代表性人物，他們的經學思想對宋代疑經思潮起到了直接的影響。孔廣森以“啖、趙橫興，宋儒踵煽”為說，是有道理的。如果說，晉唐以後，《公羊》、《穀梁》幾成絕學，唯《左氏》不絕於講誦，是《春秋》的大厄，那麼，唐宋以後的三傳皆遭訾毀，以至《春秋》經文也被視為斷爛朝報，更是《春秋》學的巨大災難。三傳之後，經過杜預、範寧、何休的注解，尤其是唐宋儒生的鑿空訾毀，《春秋》之義已經淆亂不堪。
在對曆代《春秋》學的評判中，孔廣森認為自三傳以後，“唯趙汸最為近正”，隻有趙汸的《春秋》學值得推許。趙汸據《禮記·經解》的《春秋》之教“屬詞比事”，而發展出自己的《春秋》學。孔廣森極其稱讚趙汸據“屬詞比事”以論《春秋》：
夫唯有例而又不囿於例者，乃足起事同異辭之端，以互發其蘊。《記》曰：屬詞比事，《春秋》之教也。此之謂也。十二公之篇，二百四十二年之紀，文成數萬，赴問數千，應問數百，操其要歸，不越乎同辭異辭二途而已矣。（《公羊春秋經傳通義敘》。）
他認為《春秋》千言萬語，其要歸不出屬詞比事，“辭不屬不明，事不比不章”（同上。），隻要運用屬詞比事，就可以明白《春秋》之義了，即使是難解的同詞異事或是同事異詞，也可以通過屬詞比事得到解答。他還特別讚許趙汸的因日月以明類說：
孔子之修《春秋》也，至於上下內外之無別，天道人事之反常，史之所書，或文同事異，事同文異，則皆假日月以明其變，決其疑，大抵以日為詳，則以不日為略；以月為詳，則以不月為略；其以日為恒，則以不日為變；以日為恒，則以不日為變；甚則以不月為異。其以月為恒，則以不月為變；以不月為恒，則以月為變；甚則以日為異。將使學者屬辭比事以求之，其等衰勢分甚嚴，善惡淺深奇變極亂，皆以日月見之，如示諸掌。善哉！自唐以來迄今，知此者，惟趙汸一人哉！（同上。）
這段話的大部分是孔廣森敘趙汸《春秋屬詞》卷十四的“因日月以明類”之說。在孔廣森看來，隻要知道屬詞比事，再運用日月之例，即使“等衰勢分甚嚴，善惡淺深奇變極亂”，也能夠像“如示諸掌”一樣，明白無誤。所以，孔廣森在書中多次據趙汸的日月時例來論說《春秋》。試舉孔廣森對月例的引用，如桓公六年，秋“螽”，據趙汸“凡螽蝗月，唯秋初不月”的月例之說，而斷為七月之事。（《公羊春秋經傳通義》卷二。）僖公元年，“夏六月，邢遷於陳儀”，又據趙汸遷國避夷狄月，叛中國不月為說，以為邢之遷是為了避夷狄。（《公羊春秋經傳通義》卷五。）莊存與在《春秋正辭》中對趙汸的《春秋》學隻是“善之”，而且很少引用趙汸之說，孔廣森則極力稱許，並且多次引以為說，所以，我們看到的是孔廣森的著作與趙汸的著作更為接近。而趙汸的《春秋》學雖然強調《公羊》之義，實際上主要還是據《左傳》以史解經，莊存與的《春秋》學才真正轉到了以探求《春秋》之義為主的道路上，孔廣森對趙汸的推許使他在《春秋》之義的探求上，較之莊存與反而有所倒退。
經學史上的《春秋》學，除了孟子與趙汸沒有被批評以外，其餘的《春秋》學派都遭到孔廣森的斥責。而孔廣森在批評曆史上的《春秋》學時，對任何一家都沒有完全的否定。即使是對於他激烈批評的趙匡的理論，有時也會采用，如他批評《左傳》就引趙匡之語：“凡左氏謬釋經文，必廣加文辭，欲以證實其事”，還許為“信哉，斯言！”（同上。）所以，《公羊春秋經傳通義》一書，從漢代到清代的曆代學者，如董仲舒、胡母生、劉向、劉歆、何休、王祖遊、何焯、劉敞、胡康侯、蕭楚、徐彥、啖助、趙匡、趙汸、黃道周、惠士奇、戴震、姚大夫、莊存與等人關於《春秋》的論說，都有采獲，這也是孔廣森在經學上能夠博采眾家之長的一個優點。
任何一種學術發展到一定階段尤其是後期，總會有人出來評判以前的學術，總結其是非得失，或求得學術的進一步發展，或是突破舊有的學術，為新學術的形成找到出路。經學發展到清代乾嘉年間，已經快要走到盡頭，孔廣森對曆代經學的評判，實際上也具有這樣的曆史意義。孔廣森在評判曆代《春秋》學時所表現出來的以《公羊》為主，會通三傳、六經，強調經主義、史主事的區別，反對以史解經的觀點，在客觀上推進了清代經學由講求文字訓詁的漢學向講求微言大義的今文學的轉變，具有反對乾嘉漢學僅以文字訓詁解釋經典的曆史意義，隻是孔廣森的以經學微言大義代替文字訓詁還做得不徹底罷了。