孔廣森盡管采六經及其他著作，以至用文字訓詁解《春秋》，但是，會通三傳還是他的主要傾向。在三傳中他又以《公羊傳》為主，因為他以為三傳唯“公羊家獨有合於孟子”（《公羊春秋經傳通義敘》。）。他比較《公羊》與《左傳》及《穀梁》的得失說：“《左氏》之事詳，《公羊》之義長，《春秋》重義不重事，斯《公羊傳》猶不可廢。”（《公羊春秋經傳通義敘》。）認為在三傳中隻有《公羊》知《春秋》新意，如論哀公十四年，西狩獲麟時說：“《左氏》馳騁於文辨，《穀梁》圈囿於詞例，此聖人製作之精意，兩千年未有言焉，知《春秋》者，其唯公羊子乎？”（《公羊春秋經傳通義》卷一二。）又如，僖公二十二年，“宋公與楚師戰於泓，宋師敗績”，《公羊》認為宋公雖敗，卻有“王心”，予以讚賞，《左氏》、《穀梁》則以成敗論宋公，孔廣森以為隻有《公羊傳》之說得孔子之義，而“左氏、穀梁氏親傳《春秋》，（孔廣森對《左傳》的基本看法是，《左傳》以史解經，故不傳《春秋》，此處又說左氏親傳《春秋》，以《左傳》為傳《春秋》之書，這是自相矛盾的。）猶徒以成敗論事則甚矣，習俗之不易變，而王化之難成也。”是“先功利而後仁義”（《公羊春秋經傳通義》卷五。），與聖人之義相違背。故他一再稱許“《公羊》之說誠得《春秋》微旨”（《公羊春秋經傳通義》卷六。）。
除了《公羊傳》在義方麵勝於二傳，孔廣森認為《公羊傳》還有兩個優點：一是《公羊傳》的經文較二傳為優。盡管三傳同傳《春秋》，在經文上基本相同，但是，因其對《春秋》理解不同，經文也有一些差異。如昭公十三年，《公羊傳》“楚公子棄疾弑公子比”，而二傳經文皆作“殺”。孔廣森說：“《音義》二家皆作殺。若然，比專得弑君之罪，而棄疾反類於討賊之人矣，不亦頗乎？此條及晉裏克弑其君之子奚齊，《公羊》經文皆特長於《左》、《穀》。”（《公羊春秋經傳通義》卷一〇。孔廣森對此的解釋是“棄疾奉比為王，而己為之司馬，比雖不成君，棄疾固君之矣，故經曰，弑公子比。既不與比君之名，仍罪棄疾以弑之實。《春秋》一言，而權衡各當如此。”）二是《公羊傳》得讀經要法，他多次講《公羊傳》的“《春秋》見者不複見”等說，“皆讀經之要法也”（《公羊春秋經傳通義敘》。），並且在書中常常據《公羊傳》所言書法來解說《春秋》之義。在三傳中，孔廣森對《公羊傳》的肯定，較之莊存與的偏重《公羊》更為明顯。
然而，孔廣森對三傳更多的是批評。對《左傳》為代表的《春秋》學的批評已見前敘，對《公羊》學的批評將在下一節專論，這裏隻講對《穀梁》的批評。由於《穀梁》較《左傳》更接近於《公羊》，所以，孔廣森對《穀梁》的批評比較緩和，也沒有對《左傳》的批評多。他不僅從總體上批評《穀梁》的“圈囿於詞例”，“先功利而後仁義”，不明聖人之義，而且，還指出了《穀梁》的諸多誤說。如僖公十八年，“夏，師救齊”，《穀梁》雲：“善救齊也。”孔廣森卻說：“非也。宋儒且謂凡書救，未有不善者。呂不韋有言：兵苟義，攻伐可，救守亦可；不義，攻伐不可，救守不可。若齊之事，乃伐者義，而救者不義也。”（《公羊春秋經傳通義》卷五。）這是據《呂氏春秋》之說來批評《穀梁》的以救齊為善、合於道義的誤說。類似指責，就不一一列舉了。
孔廣森在批評三傳時，還把孔子以後對《春秋》的許多謬說，歸源於三傳。如，桓公八年，“春正月己卯烝”，《公羊傳》據“常事不書”說，而以此所書為譏，孔廣森以為“傳於田狩祭祀，特發常事不書例者，每歲舉之，不可勝書，第書其失禮者而己，至於婚姻喪紀，雖有常禮，而無常年，故隨事悉書。《穀梁》雲：親迎恒事不誌。似襲常事不書之言，而失其本旨。遂課宋元學者以一經所書，皆為非常，而事事鑿求其說。隱三年，《解詁》謂平王崩，魯隱往奔喪，其意亦以為得禮不書，則何氏已謬解此傳矣”（《公羊春秋經傳通義》卷二。）。他認為《公羊》、《穀梁》的常事不書的誤說，不僅影響了何休的誤解，也開啟了宋元經學解《春秋》、事事鑿求其說的謬解。而《左傳》的以史解經，更把《春秋》學引向了邪路。總之，漢以後的《春秋》學的得失都與三傳密不可分。所以，孔廣森的評判曆代《春秋》學，是以三傳為其主要對象的。
自三傳出現以後，說《春秋》者基本上不脫三傳。孔廣森以為，三傳以後的《春秋》學可以說是每況愈下，離《春秋》之義愈來愈遠。何休解詁《公羊》，範寧集解《穀梁》，杜預集注《左傳》，是三傳的代表性注解，曆代被作為欽定的經學教材，影響極大。然而，孔廣森卻說：“方今《左氏》舊學湮於征南，《穀梁》本義汩於武子……《解詁》體大思精，詞義奧衍，亦時有承訛率臆，未能醇會傳意”（《公羊春秋經傳通義敘》。）。他認為杜預與範寧的注解，變亂賈逵、服虔等漢儒的古訓，不僅沒有正確地解釋《左傳》與《穀梁》，反而使其傳義被淹汩；雖然何休的《解詁》得到稱許，但是也不脫“時有承訛率臆，未能醇會傳意”的指責。孔廣森認為三傳有得有失，而對三家注解則僅認為何休的《解詁》有可取之處，其餘兩家則基本上是予以否定。