阮元此說基本上是合乎孔廣森的思想的。對於自西漢以後的曆代《春秋》學，尤其是注《左傳》的杜預之學、注《穀梁》的範寧之學、解《公羊》的何休之學，以及以啖助、趙匡為代表的《春秋》學，孔廣森都有所否定，這與莊存與認為《春秋》三傳及曆代諸賢的《春秋》學都有可取之處，正好形成對照。正如莊存與肯定曆代《春秋》學，同時也對他們有所批評一樣，孔廣森的否定曆代《春秋》學，也有對他們的肯定，即使是對他最為反對的以史解經的《左傳》及杜預之學，也不是完全否定的。然而，莊存與與孔廣森雖然對曆代《春秋》學都有肯定與否定，前者卻是從肯定出發，在肯定的基礎上的否定；後者則是從否定出發，在否定基礎上的肯定。即孔廣森是以否定為主，莊存與則是以肯定為主。隻有對孟子、趙汸的《春秋》學，孔廣森是稱許的，沒有否定之語；在對《春秋》的解釋上，孔廣森較之莊存與也更為接近趙汸。
據可靠文獻記載，最早對《春秋》有較為詳細論說的是孟子。孔廣森認為，“孟子最善《春秋》”（《公羊春秋經傳通義敘》。），並把孟子關於《春秋》的論說作為評判其他論說的標準。孟子之後，出現三傳之學，孔廣森認為“公羊、穀梁、左丘明並出於周秦之交，源於七十子之黨……古之通經者，首重師法，三傳要各有得失”（同上。），三傳雖未必全合於《春秋》，但源出七十子，多少保留有先師的師法，而各有得失。孔廣森這一觀點，突出了漢代經學所強調的師法，對清代今古文經學之分及各家經學的分野具有深遠影響。
孔廣森認為，三傳的得失主要表現在《公羊》的知其義而不知事與《左傳》的知其事而不知義。而“《春秋》皆假事以托義者也”（《公羊春秋經傳通義》卷一。），如《春秋》的褒貶之義，就是假天子之事以行之：“《春秋》假天子之事，設七等之科，所善者進其號，所惡者降其秩，君子雖有其德，苟無其位，諸侯大夫之功罪，非匹夫得而議也，是故以文王之法臨之而黜陟焉。孟子曰：《詩》亡，然後《春秋》作。《詩》有美刺，《春秋》有褒貶，其義一也”（同上。）。所以，事與義並不是完全排斥的，而是相互印證的，可以用《左傳》之事來證《公羊》之義。他說：
《左氏》得其事，而不知其義；《公羊》得其義，而不詳其事。每以《左氏》之事證《公羊》之義，乃益決《公羊》之可信雲。（同上。）
這裏是以義為主，強調《公羊》之義的可信。另外，在批評《左傳》與杜預時，他也講到以史解經是錯誤的，甚至以為《春秋》之義連三傳都不需要就可以明白，《左傳》不傳《春秋》之說；但是，孔廣森並沒有從根本上否定《左傳》，否定事對明義的作用。他的書雖然以《公羊》為主，但也兼取《左傳》、《穀梁》，或用以證明《公羊》之義，或用以糾正《公羊》的失誤。如宣公八年，“冬十月，己醜葬我小君頃熊，雨不克葬”。《左傳》以為雨不克葬，禮也；《穀梁傳》以為既有日，不為雨止，禮也。孔廣森說：“《王製》：庶人懸封葬，不為雨止。明士以上皆為雨止也……可知雨不克葬者，禮典之故常，《春秋》之垂訓矣。”（《公羊春秋經傳通義》卷七。）這是以《左傳》證《公羊》之義。隱公二年，“紀子伯”，《公羊傳》以為“無聞焉”，孔廣森據《左傳》以為作“子帛”，伯與帛乃是隸書書寫之異，（《公羊春秋經傳通義》卷一。）這是補《公羊》之失。桓公三年，“九月，齊侯送薑氏於”，《公羊傳》以為是譏齊侯，何休解釋是因違反了送女父母不下堂之禮，孔廣森則據《左傳》諸侯嫁女於小國，應下大夫送之為說，（《公羊春秋經傳通義》卷二。）這是糾《公羊》的誤說。（此外，莊公十七年“春，齊人執鄭瞻”等條，孔廣森也偶取《左傳》為說。）至於他取《穀梁》與《公羊》互證，或用以補糾《公羊》的情況就更多了，僅在莊公十九年、二十二年、二十三年，孔廣森就五次引《穀梁》為說。孔廣森的兼取《左傳》、《穀梁》來補證《公羊》之說的做法，反映了他會通三傳的觀念。
孔廣森不僅有三傳會通的觀念，而且有六經相通的觀念。他說：“六經皆聖賢之語，曷為不可相通？”並斥責趙匡《春秋》之例不可通於六經之說的觀點是“妄之妄也”。（《公羊春秋經傳通義》卷六。）因此，他解《春秋》不僅采三傳為說，而且時常與六經相互引證。《易經》、《尚書》、《詩經》、《周禮》、《禮記》、《儀禮》都被孔廣森多次引用。此外，《爾雅》、《音義》、《竹書紀年》等書也時常被孔廣森用來解釋《春秋》。這種引用三傳、六經乃至文字訓詁書籍以解《春秋》的做法，是清代《公羊》學開始複興時，莊存與與孔廣森都具有的特點。而孔廣森較之莊存與，更重視以文字訓詁來訓解《春秋》。他在許多地方，往往取文字訓詁來代替《公羊》學的微言大義，如隱公元年，據《爾雅》“正，長也”，釋“王正月”為十二月之長，而不同於何休的大一統之說；（《公羊春秋經傳通義》卷一。）隱公四年，“九月，衛人殺州籲於濮”，《公羊》學講討賊之義，而孔廣森則重在對濮的地點的考證；（同上。）隱公五年，“公觀魚於棠”，莊存與對此條重在批評公不愛民，而孔廣森則重在用語言學解釋《公羊傳》的“登來”為齊語及其讀音；桓公六年“秋，蔡人衛人陳人從王伐鄭”，《公羊》以“得正”為解，何休以“美得正義”說，而孔廣森則重在訓解以、從的區別：“以人從己曰以，以己從人曰從，言從王者，諸侯畏威服義，不召而至，不令而行，有征而無戰”（《公羊春秋經傳通義》卷二。）。這就沒有了《公羊》學所肯定的尊王之義。這些類似的訓解，離開了孔廣森自己強調的探求《春秋》新意的道路，而接近於乾嘉漢學的文字訓詁路數。所以，孔廣森雖然以探求《春秋》新意為目標，但是，又常常用文字訓詁來代替對大義的探討。這是孔廣森的《春秋》學較多地受到乾嘉漢學影響的表現。反倒是莊存與的《春秋》學，比較不受文字訓詁的影響，而真正貫穿了探求大義的趣旨。