其為文，辨而精，醇而肆，旨遠而義近，舉大而不遺小，能言諸儒所不能言，不知者以為乾隆間經學之別流，而知者以為乾隆間經學之巨彙也。（董士錫：《易說序》，《味經齋遺書》卷首。）
徐世昌說：
方耕於六經皆有撰述，深造自得，不斤斤分別漢宋，但期融通聖奧，歸諸至當，在乾隆諸儒中實別為一派。（徐世昌：《清儒學案·方耕學案》。）
在他們看來，莊存與的經學，精審超過惠棟父子，宏大超過王念孫父子，合於聖道之真，言諸儒所不能言，是當時“第一流”的經學，為乾隆間經學之巨彙。
這兩種截然相反的評價，都說明莊存與的經學具有不同於時俗，直接漢代經學，追跡三代的新風。這就是宋翔鳳所說的：“目見三代前，思與兩漢並。”（宋翔鳳：《贈何子貞紹基》，《洞簫樓詩紀》，（台北）聖環圖書公司，1997年，第368頁。）而魏源則指明了莊存與經學與當時乾嘉漢學的區別所在，他在列舉了莊存與的著作後說：
崒乎董膠西之對天人，醰乎匡丞相之述道德，醰乎劉中壘之陳今古，未嚐淩雜析，如韓（嬰）、董（仲舒）、班（固）、徐（幹）所譏，故世之語漢學者鮮稱道之。嗚呼！君所謂真漢學者，庶其在是；所異於世之漢學者，庶其在是。（魏源：《武進裝少伯遺書序》上冊，《魏源集》，第237-238頁。）
董仲舒、匡衡、劉向都是西漢的今文經學家。所謂韓、董、班、徐四子所譏，據魏源所引四子之語，是指韓嬰的反對言說天地之災之類的無用、不急之辨，而主張用心於切磋君臣之義、男女之別；董仲舒的聖人所欲說在仁義，而不在鳥獸；班固的反對後世說經繁瑣之風，認為不合古學之道；徐幹的學當以大義、明道為先，名物為後。魏源所說的四子所譏，其實就是乾嘉漢學的弊端所在；又說莊存與的經學有董仲舒的崒、匡衡的醰、劉向的醰，而無四子所譏之弊，這不正是說莊存與的經學不同於乾嘉漢學，而同於西漢董仲舒等人的今文經學嗎？魏源是劉逢祿的弟子，深許莊存與之學，而此段話出於莊存與的孫子莊綬甲在刻印莊存與遺書時請魏源所作的序中，這是對莊存與經學精神的正確說明。
在雍正、乾隆之時，經學言義理者，還是以程朱理學為主，而莊存與則以西漢董仲舒及其《公羊》學為宗。雖然《公羊》學的微言並未被莊存與有所發明，但是，他以《公羊》學的書法為闡釋大義的主要手段，發明《公羊》學所重的大義，卻無疑開啟了一個新天地。而他的重《公羊》、宗西漢，引導了清代後來學者對《公羊》學微言的重視，甚至發展為借微言以譏時政，我們正是從這個意義上來說莊存與是清代《公羊》學的開創者。
錢穆先生對莊存與的經學評價獨樹一幟。他說：
莊氏為學，既不屑屑於考據，故不能如乾嘉之篤實，又不能效宋明先儒尋求義理於語言文字之表，而徒牽綴古經籍以為說，又往往比附以漢儒之迂怪，故其學乃有蘇州惠氏好誕之風而益肆。（汪中與畢沅書，自謂為考古之學，實事求是，不尚墨守，以此不合於元和惠氏。王引之與焦理堂書，亦謂惠定宇先生考古雖勤，而識不高，心不細，見異於今者則從之，大都不辨是非。王念孫《拜經日記序》，亦謂世之言漢學者，但見其異於今者則寶貴之，而於古人之傳授，文字之變遷，多不暇致辨，或以細而忽之。惠學流弊，當時已多能言之。）其實，清代漢學考據之旁衍岐趨，不足為達道。而考據既陷絕境，一時無大智承其弊而導之變，彷徨回惑之際，乃湊而偶泊焉。其始則為《公羊》，又轉而為今文，而常州之學，乃足以掩脅晚清百年之風氣而震蕩搖撼之。卒之，學術治道同趨澌滅，無救厄運，則由乎其先之非有深心巨眼、宏旨大端以導乎夫先路，而特任其自為波激風靡以極乎其所自至故也。（錢穆：《中國近三百年學術史》下冊，第525頁。）
錢穆此說包含有三層含義：一是莊存與的經學是在乾嘉漢學陷於絕境時出現的；二是莊存與其人不是有深心巨眼的大智者，其經學不過是徬徨回惑、湊而偶泊的產物，而無有宏旨大端；三是莊存與的經學並沒有為漢學的困境找到出路，隻是惠氏好誕之風的肆虐，所以，由莊存與開創的今文經學雖然在晚清風靡百年，但最終不脫學術治道同趨澌滅的結局。錢穆此說明顯帶有貶斥莊存與經學之義，並且否定了莊存與經學出現的必然性及其本有的時代價值。如果說莊存與及其後來的今文經學僅僅是彷徨回惑、湊而偶泊的產物，僅僅是在乾嘉漢學沒有出路時，由一批非有深心巨眼、宏旨大端的人偶然為之，就不能解釋為什麼今文經學可以在晚清風靡百年的現象。一種能夠在社會上風靡百年的思潮，一定有其曆史的合理性及相應的價值，不可一筆抹殺。
但是，錢穆此說卻較梁啟超等人肯定莊存與經學的觀念要深刻得多。梁啟超等人肯定莊存與的經學有其曆史必然性，然而，這種必然性所體現的並不是今文經學在清代的必然複興，而隻是在晚清的特定曆史轉型期，變法革新已經明顯成為時代發展的趨勢之時，由於全新的代表時代發展方向的理論還不具備形成的條件，隻有今文經學尤其是其中的《公羊》學，最為適合這個時期的變法需要，所以，今文經學、《公羊》學才得以風靡百年。而這個風靡，並不是《公羊》學、今文經學在學術上、政治上的輝煌；恰恰相反，從總體上來說是今文經學、《公羊》學被彎曲、異化，成為新學家反對舊製度、舊文化的理論形式，最終則導致了經學的終結與清王朝的滅亡。所以，錢穆的否定更合於曆史發展的趨勢，並且高於梁啟超等人的肯定。