莊存與所謂至尊，與董仲舒、何休等《公羊》學家所說的天子，是同一含義的概念，指的是受命於天的君王。所以，他的“全至尊”、“奉至尊”並不是一般意義上的尊王，而是尊奉受命於天的君王。他說：“王者承天以撫萬邦，為生民主。”（莊存與：《春秋正辭敘目》。）“王者，天之繼也。”（莊存與：《春秋正辭·外辭第六》卷八。）“天下不可以一日無王者，此之謂天道。”（同上。）他的《春秋正辭》首列“奉天”，次列“天子”，正是此意。而他在“奉天辭”中，不厭其煩地大談特談五行災變的天人感應（如《天子辭》說：天子“不若德，不聽罪，乃先出災害以遣告之，不知自省，又出怪異以警懼之，不知者謂之災害、謂之怪異；知之者曰：此天之孚命也。所以正人君之德，扶持安全之也。”）及其通三統、備四時等論說，都是要說明天命的不可抗拒性與至高無上性，以人君承天，天佑君王，為在人間的天子的至尊地位製造天命的根據。
在整部《春秋正辭》中，莊存與都突出了全至尊這一中心。而他所謂全至尊，不過是對王室、君主的絕對權威的處處維護，一切有損於王室、君主絕對權威的言行事件，都在莊存與的痛斥之列。如他說：“諸侯不知有天子，此可忍言，孰不可忍言。”（莊存與：《春秋正辭·天子辭第二》卷二。）以“成公三年晉使荀庚來聘”條為惡魯，而對所以惡，則以“以共京師者共晉”（莊存與：《春秋正辭·內辭第三中》卷四。）來說明。甚至連《公羊》學肯定的齊桓晉文，莊存與也因全至尊的需要而予以否定。如莊公十六年、二十七年的齊桓公幽之盟，無論是《公羊傳》，還是何休之說都是予以肯定的，但莊存與卻以為有天子存，“諸侯不得主諸侯也”，而以“大惡”予以強烈地批評（莊存與：《春秋正辭·二伯辭第四》卷六。）。又如《春秋》僖公十七年“夏，滅項”，《公羊傳》以為是為賢者諱，莊存與則說是誅絕之罪，“桓公之事以滅項終乎？為桓公諱滅項，則滅項惡矣；滅譚遂不諱，而滅項諱，則滅項善矣。凡諱，必皆誅絕之罪也”（莊存與：《春秋正辭·禁暴辭第七》卷九。）。為賢者諱，本來是從《公羊傳》、董仲舒到何休的一貫說法，而莊存與為了強調全至尊的大義，竟根本不顧《公羊》學的說法。在《公羊傳》無說的地方，莊存與也不惜用大量篇幅來凸出全至尊之義，如《春秋》隱公三年“冬，十有二月，齊侯、鄭伯盟於石門”，《公羊傳》與《穀梁傳》皆無發明，而莊存與卻用了五百多字，以為“東方諸侯莫肯用力於王室，自此始矣”，認為是對“全至尊”的違背，而以“大惡”目之（莊存與：《春秋正辭·諸夏辭第五》卷七。）。在《春秋正辭》中舉凡有涉及不尊王室、天子的段落，如禮樂征伐自諸侯出、僭禮、篡立等，總是莊存與論說文字最多的地方，而且往往是用最嚴厲的“大惡”、“誅絕之罪”等言詞來抨擊。
從全至尊出發，莊存與特別強調君臣之義，他說：“君臣之義，在斯須之間，而萬不可改。”（莊存與：《春秋正辭·內辭第三上》卷三。）而他的君臣之義，不過是君命臣行，臣承君命的關係：
《春秋》之義，用貴治賤，君命行於臣，臣承命而致之民，曰君命也；君命不行於其臣，行於其民，民承命而行誅於其臣，曰君命也：君命不行於其民，其民不聽，其臣而誅之，以承其君，曰君命也。見君命之無不通也。（莊存與：《春秋正辭·誅亂辭第八》卷一〇。）
故一切不承君命者，無論是臣還是民在莊存與看來，都應當殺無赦。至於弑君者，更是罪不容誅的賊子。而按照莊存與所說的天子本義，他的全至尊不過是要維護能夠“配天”可以為“生民共主”的君王。這與董仲舒的無德之君不能算作君王而隻能是一夫之人，誅殺無德之君是殺一夫之人的觀念本來是相通的。這是《公羊》學中極有價值的成分。但莊存與卻未能將此貫穿到底，有時他又認為即使是誅殺罪大惡極的君王，也是犯了弑君之罪，如莊公八年“齊無知弑其君諸兒”，諸兒雖是禽獸之行、罪當“誅絕”的君王，但是臣子隻能“義去”，故莊存與判定無知是弑君的賊子，“不稱公孫，絕也”（同上。），以為無知遭到聖人筆法的誅絕。莊存與這一說法不僅與他君王的本義相衝突，否定了君王與天命神聖性的聯係，而且帶有不分善惡一概肯定君權的絕對化含義。當然，這不是莊存與全至尊的主要意義。