夫子曰：“吾誌在《春秋》，行在《孝經》。”撥亂反正，亦教之孝弟而已矣。（莊存與：《春秋正辭·內辭第三中》卷四。）
《春秋》不過是“教之孝弟”的著作，而非為所謂後王改製立法之書。所以，莊存與講的《春秋》天子之事，不過是說孔子的《春秋》集合了堯舜三代聖王之義。他的“《春秋》製義，以繼王跡”（莊存與：《春秋正辭·禁暴辭第七》卷九。），就是對此的明確說明，與《公羊》學的《春秋》是孔子為新王所立之法含義大不相同。
同時，《公羊》學的《春秋》新王說，是與黜杞、新周、故宋的三統說聯係在一起的。如何休解釋宣公十六年“夏，成周宣謝災”，就以“孔子以《春秋》當新王，上黜杞，下新周而故宋”為說。沒有黜杞、新周、故宋，所謂《春秋》新王說就不能成立。而莊存與在論說此條時，雖羅列了《公羊傳》、《穀梁傳》、《左傳》與董仲舒、劉向諸家之說，（莊存與：《春秋正辭·奉天辭第一》卷一。）卻唯獨沒有一點黜杞、新周、故宋的發明。因此，莊存與的《春秋》新王說與《公羊》學的說法是有根本區別的。
可見，莊存與的《春秋正辭》沒有孔子素王說、王魯說等說，雖有《春秋》新王、《春秋》天子之事之說，但與《公羊》學之義實有不同。因此，可以說《春秋正辭》基本上沒有孔子改製說的發明，而晚清講《公羊》的學者，無不以孔子改製說為其發揮理論的根據，這是莊存與雖重《公羊》而與晚清講《公羊》者在理論上的重大不同。
這一理論上的不同，實際上有著深刻的曆史原因。《公羊》學的孔子改製說，在本質上是一種要求社會變革、革命的理論。它在先秦反映了中國當時社會要求建立大一統的時代要求，在漢初又成為漢王朝建立統一的中央集權國家的理論依據。理論隻有合乎時代需要，才能成為時代的顯學。當運者王，《公羊》學所以能夠在西漢取得最為顯赫的地位，原因就在於此。這樣一種理論，在社會變革時期具有十分重要的意義，是不可或缺的；但是，當時代需要的基本製度已經建立以後，它就完成了曆史的使命。《公羊》學在漢代以後兩千來年雖也時有人提起，《公羊傳》也一直被作為經典受到推崇，曆代也有人利用孔子改製說為其尋求合法性，但是，《公羊》學在總體上卻默默無聞，幾成絕學，孔子改製說更沒有成為時代理論的熱點。隻有當社會變革的時代要求已經被提出，而嶄新的時代變革理論又沒有出現時，《公羊》學的孔子改製說才能再次成為社會的時髦理論，而被人利用來為社會變革作理論上的論證。
其次，從三世說、三統說來看，莊存與也隻是在形式上接受了《公羊》學的說法。對三統說，莊存與將其作為“奉天辭”中的第四項內容，並在後麵有所論說，但也隻是引用何休、劉向之言及孔子之言予以證明，而他隻是從曆法、天命授受方麵引用何休等人之說，絲毫不及何休等人的三統說，至於黜杞、新周、故宋的三統說，莊存與絲毫沒有采納。值得特別注意的是，董仲舒也有三統說的專論，見《春秋繁露·三代改製質文》，莊存與論《春秋》本來是主要據董仲舒為說的，但是，莊存與卻不引以為說。這是因為，董仲舒的三統說就是“改製”說，或者至少是與“改製”密不可分的。可見，莊存與的不引董仲舒之說，是要刻意避免“改製”之義。言三統而無三統更替的改製之義，是莊存與三統說與《公羊》學的區別所在。
而對於三世說，莊存與雖然以其為“奉天辭”的第9項內容，但在後文卻沒有專門的論說。他在《春秋正辭》的其他地方，也有關於三世說的言論，如於《春秋》隱公七年，釋“滕侯卒”說，“滕，微國也。所聞世始書卒，所見世乃書葬，曷為於所傳聞之世，稱侯而書卒”（莊存與：《春秋正辭·諸夏辭第五》卷七。）。又如“小國如曹，所傳聞世已書卒矣；如滕如邾如莒，則書自所聞之世；如薛如許，則書以所見之世；至所見世，舍莒皆書葬矣。”（莊存與：《春秋正辭·諸夏辭第五》卷七。）然而，這些說法隻是取《公羊》學的《春秋》分所傳聞世、所聞世、所見世及其三世不同筆法亦異之說，而根本看不到他對《公羊》學三世說最有價值的據亂、升平、太平之說的任何發明。他在論“張三世”時，似乎有這方麵的含義：“據哀錄隱，隆薄以恩，曲伸之誌，詳略之文，智不危身，義不訕上，有罪未知，其辭可訪。撥亂啟治，漸於升平，十二有象，太平已成。”（莊存與：《春秋正辭·奉天辭第一》卷一。）這裏雖然有撥亂、升平、太平之語，但是，並沒有將所傳聞世三世與據亂三世相聯係。從語義與語法上說，“撥亂啟治”即撥亂反正之義，爾後的升平、太平不過是撥亂反正的結果。因此，他的撥亂啟治與升平、太平的關係，是一種因果關係的語句，而不是三世說的撥亂世、升平世、太平世的並列遞進關係。再結合莊存與其他言三世隻言所傳聞世、所聞世、所見世，無有撥亂、升平、太平三世的跡象來看，他的“張三世”根本沒有“用據亂世——升平世——太平世解釋三世說”（陳其泰：《清代公羊學》，第68頁。）之義，而隻是說孔子在《春秋》的所傳聞世、所聞世、所見世的三世十二公中寓含的聖人之道，可以起到撥亂反正的效果，並使人類社會進入升平、達到太平的理想世界。