1963年，在工業調整和企業整頓取得初步勝利的基礎上，根據中央指示，強調與開展增產節約運動結合，使企業整頓工作更向前推進了一步。由於工業調整與企業整頓雙管齊下，使一些在“大躍進”中受到破壞的國營工業企業較快地恢複了元氣，各項工作有很大進步，表現在兩個方麵：一是克服了過去幾年中的一些片麵性，例如隻強調產品數量的發展，忽略了產品質量、品種和成本；隻強調擴建、改建，忽略了設備的維護、檢修和現有生產力的合理利用；隻強調破除迷信，忽視實事求是；隻強調大搞群眾運動，大轟大嗡，忽視經常性群眾工作等等。這樣，企業就走上了健康發展的道路。另一方麵，企業工作也增加了一些新的內容，主要是學習解放軍加強了思想政治工作，開展了比學趕幫的社會主義競賽活動。
進行企業整頓工作要取得成效，必須密切結合全國工業的調整速度整頓工作。從1962年，第二季度起，對《工業七十條（草案）》的貫徹執行就開始重視執行這一精神。例如結合工業調整和工業關停並轉，確定企業的產品方向，查定企業綜合生產能力，進行填平補齊；結合壓縮城市人口、精簡職工，搞定員定額，加強勞動管理，結合清倉核資，相應建立和健全有關管理機構；結合清理拖欠貸款，查經營管理中的漏洞，健全必要的規章製度；結合全國性的扭虧增盈工作；整頓企業內部，健全黨委領導下的廠長負責製為中心的各種負責製。這是按照《工業七十條（草案）》整頓企業的根本經驗。
通過幾年的企業整頓工作，使企業工作有了深刻的變化和重大的進步，有力地促進了生產的穩步增長。產品質量大幅度的提高，產品品種顯著增加。據統計，僅1961和1962兩年裏就增加了大約一百個鋼的新品種，一千五百個機械產品的新品種，多種產品質量達到和超過了曆史最好水平。反映工業企業經濟效益狀況的經濟技術指標，也接近或超過了過去的曆史最好水平。1963年到1965年國營工業企業全員勞動生產力平均每年增長23.1%，1965年達到8943元，比1960年提高了53%，為曆史最好水平；每百元產值占用的流動資金，1965年比1962年減少三分之一以上，1965年的資金利用率為29.8%，已接近1957年34.8%的水平；工業部門虧損額由1961年的46.5億元下降為6億元；盈利額由1962年的76.3億元增加到217億元，增加近兩倍。
（3）加強勞動管理的整頓工作。根據《工業七十條》的要求，每個企業都必須做好定員工作，改善勞動紀律，加強勞動保護，堅決消除人浮於事、效率低下的浪費現象。我局勞動工資處除了貫徹“七十條”這方麵要求以外，還承擔了國務院副總理兼國家經委主任薄一波同誌交辦的一些部委關於勞動工資方麵的指示落實工作。1964年5月，中央決定在全國範圍內逐步推行兩種勞動製度和兩種教育製度。首先在一些礦山進行輪換工製度，在一些季節性生產工廠，如糖廠試行季節性臨時工製度，在一些企業推行半工半讀製度。實踐證明，這種亦工亦農，半工半讀的新製度，擴大了就業渠道，有利於搞好勞動製度。
在工資、獎勵、生活、福利方麵，要求企業實行計時工資或計件工資製。無論是計時或計件都必須要有合理的勞動定額。職工工資級別調整要求每年進行一次。1963年4月，中央決定拿出近九億元給部分企業職工增加工資，一是提升了40%職工的工資級別，二是提高了部分地區的工資級別，三是適當擴大了企業計件工資範圍，並改進了獎勵製度，整頓和改進了津貼製度。這就使“大躍進”以來積存的職工工資問題部分得以解決。
（4）加強企業財務管理和經濟核算。企業局成立之後在企業財務方麵首先配合財政部進行企業清倉核資和清理拖欠工作。到1960年10月，這一工作基本結束。為了繼續進行整頓，中央和國務院又及時發出《關於堅決扭轉企業虧損和增加盈利的通知》，要求全國工商企業減虧增盈。經過幾年努力，改善經營管理，到1965年全部工業虧損減到4.9億元，基本消滅了經營性虧損，工業產值利稅達到39.8%。
在企業財務管理中，要求企業必須實行全麵經濟核算，必須精打細算，認真做好經濟活動分析，挖掘潛力，降低成本，倡導發揚“一厘錢”精神。在北京墨水廠提出的“從每件包裝材料降低一厘錢”口號的推動下，形成了一個全國性節約生產費用的運動。1960年代初期，黨中央和國務院先後表彰過一批全國先進企業，例如1963年7月，國務院周恩來總理就接見並表彰了獲得全國勤儉辦企業光榮稱號的五麵紅旗企業。這五麵紅旗是：上海嘉豐紡織廠，山西潞安礦務局，湖北襄樊紡織廠，湖南橡膠廠，甘肅蘭州煉油廠，這對於推動當時開展全國增產節約勤儉辦企業，勤儉辦一切事業的活動起了重要的作用。
2.組織生產的專業化協作
為了企業能夠通過協作實現生產計劃，改變那種萬事不求人，盲目發展綜合經營的現象，企業局一度專設生產協作處負責這方麵具體工作，強調專業化生產，協作雙方簽訂經濟合同，企業按照經濟活動組織生產，協作關係凡是能夠固定的都必須固定下來，原有協作關係中需要恢複的盡可能迅速恢複。
在物資協作供應方麵，1963年5月，國家專門成立了國家物資總局，後改為物資部，對於國家統一分配的生產資料，建立垂直領導供應係統。我局專門為此與其相互配合，專門組織了生產資料固定協作定點供應工作。
3.組織工業企業開展增產節約運動
1963年3月1日，中共中央發出《關於厲行增產節約和反對盜竊，反對投機倒把，反對鋪張浪費，反對分散主義，反對官僚主義運動的指示》，要求在全國範圍內，有領導、有步驟地開展一次增產節約和五反運動。經委黨組對此指示非常重視，明確要求企業局要認真組織和推動這一運動的開展。為此，推動國營工業企業，深入開展增產節約運動，檢查和解決生產和流通中所存在的問題，堅決杜絕原材料、燃料和勞動力的浪費現象，改進設備、工具和儀器的維護工作。在增產節約運動中，發動群眾開展技術革命和合理化建議活動，對於增加生產，提高質量，降低成本，提高勞動生產率起了很大的作用。同時，要求各個國營企業不能因為開展運動放鬆對生產的領導，放鬆鞏固和建立正常生產秩序的工作。在增產節約運動中，各個企業都必須扭轉虧損，增加盈利，都必須把提高產品質量放在生產工作的第一位，都必須按照《工業七十條（草案）》的規定，把必要的規章製度建立和健全起來，充分發動群眾，開展增產節約的勞動競賽。這次有領導的增產節約運動實際上成了企業整頓工作的繼續，鞏固和發展了前兩年企業整頓工作的成果。
4.組織試辦托拉斯，用經濟辦法管理企業
六十年代初期，在毛主席周總理鄧小平的提議下，中央決定借鑒西方工業發達國家管理企業的組織形式，在工業交通部門試辦托拉斯，以改善我國的工業組織管理工作，提高企業的經營效益，加快國民經濟的發展。
試辦托拉斯，經過一個醞釀過程，1964年1月7日，經毛主席批準，正式把試辦托拉斯提到議事日程上來。國家經委黨組把這一重要任務交由企業局具體承辦。企業局作為重要任務來完成，具體由經委成員吳亮平直接指導。企業局指定季崇威同誌和工業處組織落實這一試辦托拉斯的任務。
托拉斯怎麼辦，沒有經驗，首先從調查研究入手，一方麵研究國外托拉斯的做法，一方麵研究我們自己的情況。當時經過努力，收集到《美國工業托拉斯的組織和管理》，《美國通用汽車公司的組織結構職權分工和管理情況》，《美國西屋電器製造公司的組織管理情況》，《日本工業公司管理體製演變的趨向》，《英德煤炭工業的組織管理情況》，《瑞士鍾表工業的組織概況》，《蘇聯早期采用托拉斯管理體製的演變情況》等參考資料加以學習吸收，借鑒其有益的經驗。
第二，在借鑒西方辦托拉斯有益經驗的基礎上，同工業交通各部門同誌共同討論。國家經委黨組在1964年10月間草擬出初步方案，即《關於試辦工業、交通托拉斯的意見（草稿）》。報告內容指出：一是首先分析了我國工業管理體製和管理製度存在的弊端，認為它不能適應現代化工業發展的要求。二是闡述了中央關於試辦托拉斯決策的重要意義，認為組建托拉斯是改進工業、交通企業管理工作的一項帶有革命性的重要措施。辦好托拉斯可以實現更高的勞動生產力，更先進的技術水平，更好的質量，更多的品種，更大的積累，並且節約投資促進工業生產建設，多快好省的向前發展。三是說明了組建托拉斯必須進行上層建築的變革，省市工業、交通部門可以減少日常業務，逐步轉向加強思想政治領導，檢查方針政策的執行，負責長遠計劃、年度計劃的製定和綜合平衡，組織協作協調各托拉斯之間的關係等方麵。他們的機構可以逐步精簡合並，大大減少人員。四是報告認為托拉斯的組織形式，應當根據各個工業、交通部門和各個行業的不同情況來確定。有的可以是全國性的，有的可以是地區性的，有的也可以既有全國性的又有地區性的。五是提出了試辦托拉斯的計劃，擬在1964年內先試辦十二個托拉斯，其中全國性的九個，地區性的三個。全國性的九個為汽車工業公司，拖拉機內燃機配件公司，紡織機械公司，製鋁工業公司，橡膠工業公司，原煤工業公司，地質機械儀器公司，煙草工業公司。地區性的三個是華東煤炭工業公司，京津唐電力公司，長江航運公司。
在中央工業交通部門試辦上述托拉斯的同時，部分省市也試辦了一些地方管理的托拉斯，其中有：黑龍江省的糖業公司，遼寧省的榨蠶絲綢工業公司，北京市玻璃總廠和塑料總廠，上海市的輕工機械公司、標準件公司和絲綢公司，天津市的機床公司、造紙公司和燃料化學公司，重慶市的皮革公司。