我國國有及國有控股公司治理問題主要表現在國有資產管理部門與國有及國有控股公司之間的委托代理產權契約關係不健全、內部治理產權契約關係不健全、外部治理產權契約關係不健全和國有控股公司與子公司之間存在治理衝突等四個方麵。
一、國有資產管理部門與國有及國有控股公司之間的委托代理產權契約關係不健全
國有資產管理部門與國有及國有控股公司之間的委托代理產權契約問題主要是委托代理契約產權主體存在缺陷和契約關係不健全，具體表現在以下幾個方麵。
（1）委托代理產權契約鏈過長，導致監督機製存在內在缺陷。國有及國有控股公司的委托代理鏈為全體公民—全國人大—國有資產管理局—國有控股公司—國有及國有控股公司董事會/監事會—高級管理團隊—國有及國有控股公司員工。一是委托代理產權契約鏈過長導致監督責任被多重稀釋。在這種多重委托代理鏈中，由於存在多重委托代理關係，剩餘索取權和剩餘控製權被多層分解，委托人的監督責任被多重委托關係稀釋。其中，作為全體公民的初始的委托人，由於遠離國有及國有控股公司的真正代理人——經理人員，導致缺乏對國有及國有控股公司經理人員的監督與激勵。二是委托代理產權契約鏈過長導致監督與激勵信息不對稱。一方麵，由於委托代理鏈過長，代理人比委托人掌握的信息更多，且由於委托層次過多，委托人遠離代理人，導致委托人不可能掌握充分的信息，很難實施有效的監督與激勵。另一方麵，由於委托人具有官員身份，且非資產的真正所有者，導致缺乏足夠激勵和動力去獲取信息。同時，委托人掌握的信息不充分和委托人與代理人的信息非對稱性影響了監督效果。三是由於存在多層委托代理關係，導致委托人和代理人的激勵成本過高。國有企業與非國有企業的委托人和代理人一樣，其監督積極性需要激勵，而國有企業委托代理產權契約鏈過長，往往導致激勵成本過高。
（2）在委托代理產權契約關係中，政府作為產權契約主體角色的多重化導致政府責任多重化。政府既是全民資產的代理人，相對國有及國有控股公司的經理人員來說又是實際的委托人。這種雙重角色導致政府責任的多重化。一是政府作為國有企業委托代理產權契約中的代理人主體，要對眾多的初始委托人負責，實現其國有股股權效益的最大化。二是政府作為國有企業委托代理產權契約中的委托人主體，負有監督和激勵國有及國有控股公司經理人員、確保國有及國有控股公司資產增值的責任。三是政府作為國有企業委托代理產權契約中的利益相關者主體，分享企業剩餘索取權和剩餘控製權。
（3）以國有股為主導的公司化改革在解決經營者選擇問題上存在障礙。根據張維迎（1999）等人的解釋，其原因主要表現為：一是國資委和國有持股公司的經理人員仍然是政府官員而非資本所有者。他們掌握選擇國有企業董事會成員和經理的權力，但不必為其選擇承擔任何後果。由於其掌握的投票權是廉價的投票權，導致其沒有激勵去發現和任命有能力的經理人員。二是很難或不能解決政企分離問題。張維迎（1999）認為僅僅考慮把作為管理者的政府和作為資產所有者的政府分開就能夠解決政企分離問題是很不充分的，認為關鍵是界定政府幹預程度。三是國有股東缺乏信息和激勵來解決動力問題。
（4）作為代理人的經理人員角色的多重化。一是經理人員角色的官員化。國有及國有控股公司經理人員往往由作為國有資產代理人的政府國有資產管理部門任命。其考核和評估也往往由黨的組織部門和政府國有資產管理部門實施。即國有及國有控股公司經理人員既要對上級黨組織負責，又要對政府主管部門和國有資產初始委托人負責。二是國有企業經理人員角色的利潤最大化。即國有企業經理人員作為企業的經營者必須以利潤最大化為追求目標。作為利潤最大化角色的經理人員對企業的利潤增長、經營發展和職工報酬等負責。三是國有企業經理人員角色的公共利益化和社會利益化。國有企業作為公共物品提供者，具有實現公共利益和社會利益的義務。國有企業經理人員角色的多重化導致國有及國有控股公司經理人員的責任不明確、多重化，甚至存在衝突。
（5）國有股“一股獨大”所形成的行政權力控製泛濫。由於國有股在企業中處於絕對控股地位，這往往導致行政權力泛濫，不能有效地解決政府與企業之間的分離問題。在這種體製下，政府在選拔、考核和監督經理人員方麵仍然起絕對的行政支配作用。這種支配作用主要是“一股獨大”造成的。行政權力代替了以產權為基礎的契約權力，政府憑借著絕對控製的股份支配著公司治理結構中各產權契約主體。國有股“一股獨大”形成的行政治理關係是對公司治理結構中各產權契約方治理權力的破壞。
二、國有及國有控股公司內部治理的產權契約關係不健全
我國國有及國有控股公司內部治理的產權契約關係不健全主要表現在股東大會與董事會之間的產權契約關係不健全、董事會和經理人員之間的產權契約關係不健全、監事會缺陷和高層經理人員人力資本產權激勵契約扭曲等方麵。國有企業法人治理產權契約製衡機製存在缺陷。國有企業的股東大會、董事會、監事會和總經理之間是一種利益製衡機製。這種利益製衡機製反映了企業契約各方的利益製衡必須以各方的獨立產權為基礎，以市場選擇的企業契約方為紐帶。沒有合法獨立的產權，就不能形成有力的製衡機製，就不能形成包括各契約方的權責利關係。完善國有及國有控股公司治理結構的關鍵是形成以產權為基礎的企業各契約方的利益製衡機製。各契約方的製衡不是以產權契約權力為基礎，而是以行政權力代替契約權力。
（1）我國國有企業治理中的產權行政約束與產權契約約束在國有企業內部治理問題上存在差異。盡管企業內部存在行政指揮關係，但股東大會、董事會、總經理與監事會之間是基於不同產權形成的製衡關係。股東行使出資者所有權，董事會行使法人財產權，經理行使經營權，監事會行使出資者監督權，它們之間是一種基於產權契約的約束關係。產權的行政約束在我國國有企業治理內部表現為股東大會、董事會、總經理與監事會之間治理關係的行政化，二者所作出的治理決策帶有行政性質。從任免關係來看，國有企業董事、總經理和監事人員由上級主管部門任免，而非按照公司法或章程要求，由公司治理法人製衡機製產生。即公司治理內部的產權行政約束是基於非契約約束的一種治理機製。而產權契約約束在國有企業治理內部表現為國有企業股東大會、董事會、總經理和監事會之間治理關係的契約化。
（2）我國國有及國有控股公司股東大會與董事會之間基於產權契約的治理關係不健全。主要表現在以下幾個方麵：董事會治理職權與股東大會的治理職權存在衝突。如根據我國《公司法》，關於“決定公司的經營方針和投資計劃”問題，董事會和股東大會都具有此項權力。這種權力的衝突和重疊反映了二者作為產權契約主體在治理權力安排方麵存在衝突。股東大會與董事會之間治理關係的行政化。作為我國國有及國有控股公司治理主體的股東大會與董事會之間的關係本來應該是一種基於產權契約的治理關係，但由於缺乏契約關係的構建，二者的治理關係主要是行政治理關係。這種行政治理關係產生的原因表現在兩個方麵。一方麵，作為國有股東大會的股東本身的官員化，這些官員本身並不是國有股份的真實所有者。這些國有股份的真實所有者是每一個國民。官員化的股東大會作出的治理決策帶有行政性質。另一方麵，作為國有及國有控股公司董事同樣也存在官員化問題。這導致國有及國有控股公司董事會中官員化的董事會與官員化的股東大會之間的治理關係被行政化。在所有權和法人產權兩權分離的現代法人公司製度安排下，在我國國有及國有控股公司董事會的權力存在擴張或超越股東大會的情況下，董事會的治理決策取代或高於股東大會治理決策，股東大會的治理功能被虛化。國有及國有控股公司的股東大會往往成為實現政府官員決策的橡皮圖章，有名無實，而通過股東大會任命的董事長及其董事會則實際上擁有至高無上的權力。