1998年5月，司法部和二十一個州一起，提交了一份針對軟件巨人的徹底的指控。
微軟的官員們非常擔心“平常的業務活動會暴露出InlernetExplorer像是一個獨立產品，於是作出決定說“進行一次全麵徹底的尋找用戶接口中需要改正之處”是很“關鍵”的。當他們注意到聯邦法庭正在微軟自己的網站裏尋找證據時，微軟的高級官員建議對IntemetExplorer網站進行一次“清掃”，刪除那些和微軟當前的法律立場矛盾的說法。司法部的代理人還注意到，微軟的高級官員以及“法律部門的人”同意一起進行“Windows98檢查”，以“保證IE被擺在適當的位置”。
司法部，以前還有聯邦貿易委員會，記錄了微軟除靠強大產品的優點來贏得市場外的另一種掠奪方式。
他們注意到，1997年2月，微軟的克裏斯卿·韋爾德弗曾推斷說，“光靠IE4．0的優點來增加瀏覽器份額是非常困難的。更重要的是利用操作係統來使人們使用IE，而不是NaVigator”。
5月初，紐康和蓋菠來到華盛頓，參加和克萊恩及一大批各州首席檢查官代表的和解談判。進行了一天一夜的艱苦談判後，聯邦法庭放棄了。
微軟談到，如果聯邦法庭取消指控的話，它將停止出售Windows98，還說它願意作出一些讓步。談了幾個小時後，蓋茨通知他的律師說，他拒絕做出那些他們以前表示樂意進行的改變。
幾天後，指控被提交了。以前有些問題司法部沒有明確指出，但在法庭上有所提及，這次各州的指控將填補這些空白——包括非法將Office應用軟件和Windows掛鉤。就該問題，蓮花公司、WordPerfect以及其他很多軟件公司，已花費幾年時間提請聯邦貿易委員會和後來的司法部注意。在許多公司早已被微軟的掠奪行為消滅之後，這些問題終於被認識到是對應用軟件市場競爭的破壞。
就在提起指控的幾個星期前，在一次非正式聚會中，蓋茨曾告訴他的朋友們說，聯邦法庭將根據Office軟件和Windows掛鉤來提起指控，他對此感到特別緊張。他們以前從未打開過這個裝滿蟲子的罐子。
在指控裏，司法部還控告微軟和Internet服務提供商簽定非法合同，強迫他們停止銷售和推廣競爭產品。司法部尋求通過一個初步禁令，不是要求軟件巨人停止發售Windows98，而是要求它要麼去掉產品的InternetExPlorel——就像它按照法庭命令對Windows95所做的一樣；要麼同意可以和Windows98一起出售網景的瀏覽器，以便用戶有所選擇。紐康和蓋茨對該建議大為惱火。
克萊恩想證明的是，微軟在Internet瀏覽器市場的份額從1996年初的少於百分之五，穩步增長到現在的百分之六十以上，主要原因是濫用了它的壟斷力量。