基本理論
藏醫有一套完整的理論體係，有效地指導著臨床的醫療實踐。藏醫的基本理論包括三因學說、人體類型學說、人體解剖及生理、病因學說、疾病分類等內容。
一、三因學說
三因指隆、赤巴、培根（音譯）。藏醫認為這三者是構成人體的基本要素，各有其生理機能。在正常情況下，它們保持著協調和相對的平衡狀態，維持著人體的健康，而當其中某一成分因故偏盛或偏衰時，人體則陷於病態。三者各司其職。
1．隆
意為風，主呼吸。分成五種：①維命隆。位於頭頂部，運行於胸、咽、喉部，司飲食吞咽、呼吸、分泌唾液，使記憶力增強，五官清明。②上行隆。位於胸部，運行於鼻、舌、喉等處。其作用是潤澤膚色，使發音清晰，精神振奮。③遍行隆。位於心髒，遍行全身各個部位，使四肢能舉動，行走屈伸自如，口鼻開合靈活，並司理語言和思維。④等火隆。位於胃脘部，運行於內髒器官。作用是消化食物，把食物分解為精華和糟粕，使血液生成。⑤下泄隆。位於肛門，運行於大腸、膀胱、陰部及大腿內側。它管理男性精液、女性月經及大小便的排泄、產婦的分娩等。
2．赤巴
意為火，主身體之熱能。分成五種：①能消赤巴。存在於胃腸。能把食物分解成精華和糟粕，增加身體的熱力，並協助其他四種赤巴保持正常的機能。②變色赤巴。存在於肝髒。其功能主要是使血液、膽汁、肌肉和骨骼等保持自己的顏色。③能作赤巴。存在於心髒。它支配意識，使人有膽識謀略，使人驕傲並產生欲望。④能視赤巴。位於眼部。使人眼能視物，主司人的視覺，並使人能辨別客觀世界的各種顏色。⑤明色赤巴。存在於皮膚。使人的皮膚色澤鮮明而潤澤。
3．培根
意為水和土，主體液。分成五種：①能依培根。存在於胸中，是最重要的一種。能協調使其他四種培根保持正常，調節全身水分，使其保持適量。②能化培根。存在胃之上部，食物未經消化的部位。主司食物磨碎和腐熟。③能味培根。存在於舌部。主司人的味覺。④能足培根。存在於頭部。主司眼睛等器官的發育，也使人的欲望滿足和知足。⑤能合培根。存在於所有關節處。其作用為主司骨與骨之間相互聯接，使之能屈伸自如。
隆、赤巴、培根三者的關係是互相依存、互相製約、互相協調以維持人體的正常機能，使其成為整體。例如，對食物的正常消化、吸收，分清糟粕和精華，需要有能化培根、能消赤巴和等火隆三者共同完成，如果三者不協調，消化吸收就會受阻，以致引發疾病。
二、人體類型學說
藏醫把人體按隆、赤巴、培根分成三種類型。隆有粗、輕、寒、微、硬、動六種特性，隆型人體型幹瘦、背曲、麵色偏青灰、多話、不耐寒、睡眠不踏實、體格矮小、喜唱歌與嬉笑、喜爭論、嗜甜酸苦辣味和具有老鷹、烏鴉、狐狸般的性格。赤巴有膩、銳、熱、輕、臭、瀉、濕七種特性。赤巴型的人體型高、身有臭味、易渴不耐饑、頭發及膚色偏黃，聰明而驕傲；嗜甜苦澀涼味和具有猴子、老虎般的性格。培根有膩、涼、重、鈍、穩、柔、黏等七種特性。培根型的人較肥胖、肌肉豐滿、膚色偏白、體型端直、耐饑渴和煩惱、嗜睡眠、嗜酸澀辣等，其性情善良，具有獅子般的性格。
有些人屬混合型，有兩種類型的混合性格。如隆、赤巴混合型者身體較小，培根、隆混合型者身體中等，培根、赤巴混合型者身體高大，其性格、行為、嗜好等則兼有兩者之特點。判定人的類型，與用藥治病的關係極為密切。
三、人體解剖及生理
由於民族習慣及民俗關係，藏醫對於人體解剖及生理有比較深入的了解。在內髒構造方麵，也認為有五髒：肝、心、脾、肺、腎；六腑：膽、小腸、大腸、膀胱、胃和“三木休”（類似中醫的“三焦”）。而且對骨骼關節、腦髓神經等，都有一定的認識。對於胚胎學的認識，在世界醫學史上也占有一定地位。例如，藏醫典籍中已認識到，人胚是由父精與母血所結合，逐漸發育而成的。胎兒從母體吸收營養，猶如水庫通過水渠（臍帶）向莊稼（胎兒）灌溉一樣。在發育過程中，胎兒不斷發生變化，並且要順序經曆與魚、龜、豬相似的幾個時期。這些認識基本與現代研究結果相吻合。