十三世達賴時期，藏醫學也有一定的發展。除開展醫療活動和整理古代藏醫學文獻外，醫學教育也得到高度的重視。大約在1916年，著名醫學大師欽饒諾布建立一個醫學和天文曆算機構“門孜康”，意為“醫學曆算部”，專門培養藏醫學和天文曆算的人才，編製藏族年曆。學校十分重視學以致用的教學方法。要求學生能辨認200種以上的藏草藥，能說出其產地、性味和醫療作用。課堂學習以《四部醫典》為主，有嚴格的考試製度，全部學習達六年之久，學生最多時達150名。
五、新生時期
盡管藏醫學在西藏地區有其形成和發展的曆史，在不同時期也曾興盛一時，取得一些成就。但在一個舊的、政教合一的封建農奴製社會裏，這些成就，主要是為上層統治階級服務的。中華人民共和國建立後，這種情況得到徹底的改變。一方麵，藏族聚居地區的“門巴紮倉”（藏醫學校），都逐步改造成現代藏醫教育和醫療機構；另一方麵，還新設了一些藏醫醫療、教育和研究機構。如“門孜康”擴建為西藏自治區藏醫院，分住院部和門診部，是一所大型的、設備現代化、藏西醫相結合的醫院。西藏、甘肅、青海、四川、雲南等藏族較集中的地區，還設有大專性質的藏醫藥學院或係，還有藏醫中專學校和科學研究機構。僅西藏自治區藏醫藥人員就從1959年的800人發展到1989年的1500多人。教育機構由藏醫培訓班到藏醫學校、藏醫係乃至藏醫學院，學生最多時達到348人，先後為本區及區外培養藏醫人才1000人以上。僅自治區藏醫院現在每年診治病人就達26萬人次以上。其附屬藥廠每年生產藏藥達20萬斤。其中珍珠七十、然納桑培、常覺等藏藥，均獲國家不同級別的獎勵。科研工作主要根據青藏高原自然環境的特點，以防治常見病、多發病為主，取得不少成果。如藏藥治療萎縮性胃炎獲中國衛生部科技進步三等獎；《四部醫典係列掛圖全集》（藏漢、藏英版）獲中國圖書獎和自治區科技進步一等獎等。此外，還整理出版了《月王藥診》《四部醫典》《晶珠本草》《祖先口述》《藍琉璃》等古醫籍，並新編各種藏醫藥書籍《藏藥標準》《新編藏醫學》《中國醫學百科全書·藏醫學》《藏族曆代名醫略傳》等。
近一個世紀以來，藏醫已經成為國際藏學界研究的重點之一。被西方稱為藏學研究創始者的匈牙利人喬瑪，最早向西方介紹《四部醫典》。從此，西方逐漸興起一門藏學研究，藏醫是其中的重要組成部分。西方研究藏醫，不論在理論還是醫療方麵，都發展很快。有不少國家設有藏醫研究所及學術團體，專門研究藏醫理論，整理文獻以及從事臨床研究，如設在印度達姆薩拉的藏醫研究所，錫金的納姆嘉爾藏學研究所等。美、英、法、德、瑞典、匈牙利等國的一些大學，也有研究藏學的計劃。印度還出版了一種不定期的刊物《西藏醫學》，這是世界上惟一的英文藏醫學刊物。國際上以各種文字出版的藏醫著作已有數十種之多，研究藏醫珍貴的彩色掛圖“唐卡”，更是一個熱門科學。前蘇聯已經將整套掛圖中的77幅的內容譯成俄文出版，還計劃出版英、法、德等文版。美國、瑞典及印度也都收藏這種“唐卡”。聯合國教科文組織近年還撥出專款用來研究藏醫的“唐卡”。
國際上已召開兩次藏醫學術會議。一次是1983年由意大利的“佐誠協會應用醫學心理學中心”主辦，在意大利召開，會議名稱為“人-醫學-社會”，另一次會議是1986年由英國威爾康醫史研究所主辦，在倫敦舉行，會議名稱為“關於中亞文獻中所反映的古典藏醫學的醫學史學術討論會”，會議還同時舉行題為“藏醫學中的人體和思想”的展覽。展出圖書、掛圖、實物。
當前國際上還重點研究藏醫古代文獻，如《四部醫典》與印度壽命吠陀醫學古典著作《妙聞全集》文獻考證比較研究，與《大藏經》中古代醫經的比較研究等等。研究者大多有較好的梵文、藏文和其他有關文字的功底，對於藏醫學的起源，以及藏醫與古印度醫學的關係等問題，都有較深入的研究。已有不少國家開始用藏醫來治療疾病。在前文提到的意大利國際藏醫會議上，美籍波蘭人（祖籍為中國的藏族）巴德瑪耶夫研究的“蓮花-28”引起與會代表的極大興趣，據實驗室研究，祖傳藏藥“蓮花-28”具有促進人體免疫機能的效力。因此，藏西醫結合的工作也取得一定進展。